Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | ACB143 | 4,759,531 | G→T | A3S (GCC→TCC) | ligM_KToptimized → | sequence generated by OPTIMIZER for KT2440 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | ACB143 | 4,759,531 | 0 | G | T | 98.4% | 201.4 / NA | 63 | A3S (GCC→TCC) | ligM_KToptimized | sequence generated by OPTIMIZER for KT2440 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (41/21); total (41/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCGCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTACCGAACAGTGG > ACB143/4759400‑4759662 | aCGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTcccc < 6:137403/136‑1 (MQ=255) aCGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTcccc < 3:304769/136‑1 (MQ=255) ccAGGTGCGGTTTTTTGAGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTACGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAg > 5:284441/1‑136 (MQ=255) cAGGTGCGGTTTTTTGAGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAgg > 2:219860/1‑136 (MQ=255) cAGGTGCGGTTTTTTGAGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAgg > 7:137398/1‑136 (MQ=255) gattttttAGCTGTTGAGAATTAATCATCTGCTCGTATAATGTGTGGTATTGTGTGCGGATAACAATTTCACACCAACACATATGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGTTGCTGgcc < 4:322530/134‑1 (MQ=25) gAGCTGTTTAAAATTAATCATCGTGTCGTA‑AATGTGTGTAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACAGATATGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGTCTAAGCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCcgggg < 6:54224/135‑3 (MQ=25) gAGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCcggc < 2:309992/135‑1 (MQ=255) aGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCGCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCcggcgg < 1:284609/136‑1 (MQ=255) aGCTGTTGACAATAAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCcggcgg < 6:267091/136‑1 (MQ=255) cTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTTTAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATCGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCa < 2:206700/136‑1 (MQ=255) ttGACAATTACTCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCaa < 8:252355/134‑1 (MQ=255) tcatcGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATg > 5:151441/1‑136 (MQ=255) atcGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGtt > 1:114590/1‑136 (MQ=255) atcGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGtt > 1:318137/1‑136 (MQ=255) tcGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTg < 5:141821/136‑1 (MQ=255) cGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAAc > 2:236963/1‑136 (MQ=255) tgGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCACCACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTgg > 2:104806/1‑136 (MQ=255) ggAATTGTGCCCGTATAACAATTTAACACCAACACATAGGGTTTAGTAGGTATACTTGAGCTCCCCGACTAACGTGGAGCAGGTGCTGGCGGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCGAGATTGgc < 3:277442/136‑1 (MQ=255) gAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGgc < 1:177284/135‑1 (MQ=255) aaTTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACCCCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGgcgc > 7:283971/1‑136 (MQ=255) aaTTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGgcgc > 4:70523/1‑136 (MQ=255) aaTTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGgcgc > 6:133022/1‑136 (MQ=255) aaTTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGgcgc > 5:289120/1‑136 (MQ=255) aaTTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGgcgc > 1:193012/1‑136 (MQ=255) aaTTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGgcgc > 3:135512/1‑136 (MQ=255) aaTTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGgcgc > 4:293410/1‑136 (MQ=255) aaTTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGgcgc > 4:256576/1‑136 (MQ=255) aaTTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGgcgc > 7:60696/1‑136 (MQ=255) aTTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGcc > 6:11692/1‑136 (MQ=255) gCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTc > 3:124394/1‑135 (MQ=255) gCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTc > 7:181160/1‑135 (MQ=255) ggATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTg < 6:202757/106‑1 (MQ=255) ggATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTg > 5:202757/1‑106 (MQ=255) ggATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTAc > 6:250217/1‑136 (MQ=255) aCAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGgt < 6:151441/136‑1 (MQ=255) aaTTTCACACCAACACATAGTGTTTAGCCGGTATACATGAGCTCCCCGACTATCCTGTAGCAGGTGCTGGACGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGgtcg < 8:64335/136‑1 (MQ=255) aaTTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGgtcg < 7:247753/136‑1 (MQ=255) aTTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGgtcgt > 4:215477/1‑136 (MQ=255) cacCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGcc < 6:123908/136‑1 (MQ=255) acCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCa > 5:72988/1‑136 (MQ=255) acaTAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTtc < 7:265655/136‑1 (MQ=255) gggTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGCAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTaa < 6:113805/136‑1 (MQ=255) gTTTAGGAGGTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACt > 6:56862/1‑136 (MQ=255) aggcggTAAACATGCGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCTCTCAATAGTTCTCTAACTGGc < 3:239280/135‑1 (MQ=255) gaggTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTa > 5:167527/1‑136 (MQ=255) gaggTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTa > 5:82088/1‑136 (MQ=255) gaggTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTa > 7:38855/1‑136 (MQ=255) aggTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTAc > 8:230988/1‑136 (MQ=255) aggTATACATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTAc > 8:170055/1‑136 (MQ=255) taCATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTACCGaa > 1:137353/1‑135 (MQ=255) taCATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTACCGaa > 1:56328/1‑135 (MQ=255) taCATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTACCGaa > 4:93464/1‑135 (MQ=255) taCATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTACCGaa > 7:247844/1‑135 (MQ=255) taCATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTACCGaa > 4:219130/1‑135 (MQ=255) taCATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTACCGaa > 1:64974/1‑135 (MQ=255) taCATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCGGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTACCGAAc < 7:66020/136‑1 (MQ=255) taCATGAGCTCACCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAAAGTTGCGTAACTCCCAGATTGGAGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGATCTCTAACTGGCGTACCGAAc > 3:17117/1‑136 (MQ=255) aCATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTACCGac > 6:26287/1‑133 (MQ=255) aCATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTACCGaa > 7:16858/1‑134 (MQ=255) aCATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTACCGaa > 4:218496/1‑134 (MQ=255) cATGAGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTACCGAACAg > 8:277272/1‑136 (MQ=255) aGCTCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTACCGAACAGTgg < 5:41048/135‑1 (MQ=255) | ACGCAAAAAACCGCACCCAGGTGCGGTTTTTTGAGCTGTTGACAATTAATCATCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACCAACACATAGGGTTTAGGAGGTATACATGAGCGCCCCGACTAACCTGGAGCAGGTGCTGGCCGCCGGCGGCAACACCGTTGAAATGTTGCGTAACTCCCAGATTGGCGCCTACGTCTACCCGGTCGTCGCGCCAGAGTTCTCTAACTGGCGTACCGAACAGTGG > ACB143/4759400‑4759662 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |