| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | ACB143 | 737971 = | NA (NA) | 20 (0.450) | 12/242 | NT | 95.2% | coding (13/276 nt) | CJ019_00701 | hypothetical protein |
| ? | ACB143 | 1812806 = | 1 (0.020) | coding (995/1008 nt) | rpoS | RNA polymerase sigma factor RpoS | |||||
CACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < ACB143/738105‑737971‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGG > ACB143/1812806‑1812939 caaGTCCTGGAGCGACTGCCGCAAGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAAAGATGCCAATGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACC < 2:265639/133‑1CACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACC > 7:107470/1‑136CACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACC > 6:221495/1‑136CACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACC > 1:190160/1‑136 CTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTT < 3:84217/136‑1 CTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTT < 2:3210/136‑1 AGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAG > 2:292282/1‑136 GCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAG > 8:25039/1‑136 CGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCG > 7:90973/1‑136 ATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCTCCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAA > 8:147717/1‑135 ATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAA > 5:227232/1‑135 ATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCAT > 2:246886/1‑109 ATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCAT < 1:246886/109‑1 GACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCG > 5:186299/1‑136 GACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCG > 5:52768/1‑136 AGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTC > 6:221220/1‑136 AGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTC > 8:124716/1‑136 AGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTC > 2:171382/1‑136 TGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTT > 4:267638/1‑136 CGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGG > 6:213025/1‑136 CGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGG > 8:77924/1‑136 GCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGG > 7:108738/1‑135 GCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGG > 7:50933/1‑135 TTGGCTTCCCCCTTGTGGTCGGGGGGGTTCATGGATCGGTAACCATTGTCCCAGACGCTAGCGCTGAAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGC < 8:90973/135‑1 GGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTTGGCGTATGCGGCACCCGCGTGGTTGg > 7:140933/1‑135 GGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGGTGCGCGGATGCGCAACCCGCGTGGTTGT > 3:75246/1‑136 cCCATTGTTCCAGTCGATCGCGTTTTAAAAAAACACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGG < 6:6276/135‑1 ACCATTGTTCCAGTAGCTCGCGCTGAAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGG < 7:25039/136‑1 CACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < ACB143/738105‑737971‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAGG > ACB143/1812806‑1812939 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |