| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | ACB143 | 737971 = | NA (NA) | 37 (0.600) | 26/262 | 1.1 | 92.5% | coding (13/276 nt) | CJ019_00701 | hypothetical protein |
| ? | ACB143 | 1812806 = | 3 (0.050) | coding (995/1008 nt) | rpoS | RNA polymerase sigma factor RpoS | |||||
CACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < ACB143/738105‑737971‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAG > ACB143/1812806‑1812938 CACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCGATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACC > 7:179271/1‑136CACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCCCCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACC > 5:76199/1‑136CACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACC > 8:39054/1‑136CACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACC < 8:299866/136‑1CACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACC > 8:101054/1‑136CACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACC > 6:203325/1‑136CACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACC > 5:327743/1‑136 ACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCAAGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCA < 5:9144/136‑1 CGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTA < 2:208058/136‑1 ACTGCCGCACGCATCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTGCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGC < 8:145314/136‑1 CTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGC > 1:89823/1‑135 GCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAG > 7:343045/1‑136 GCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAG > 8:131180/1‑136 GCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGC > 1:25631/1‑136 ATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACA > 3:297860/1‑134 CAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCC > 5:90666/1‑136 CAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCC > 3:146891/1‑135 ACGAAGCGCTGCTGCCATGGACCTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCTTGGATCGGTTACGATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGT > 2:368113/1‑134 AGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTC > 6:127095/1‑136 GCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGG > 5:127346/1‑136 TGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGT > 3:191734/1‑135 GAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGT > 1:343502/1‑136 GTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTGTTTGTGTTCGC > 5:283047/1‑135 CGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGG > 6:217421/1‑136 CAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCA > 3:295423/1‑135 CCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGgt > 2:153860/1‑134 CCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGT > 4:343910/1‑135 TTGGCTTCCACCTTGGGGTCGGGGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTCGCTAGCGCTGAAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGC < 7:298287/135‑1 TGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCcc > 1:317846/1‑134 GGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGAGCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGC < 2:230418/135‑1 GCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAA > 7:197066/1‑136 TCATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGGATGCGCAACCCGCGTGGTTGTGGTGGCCAAGT > 4:22725/1‑135 ATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTTCGCGTATTGGCCAACCGCGTGGTTGTGGGGGGCAAGTGGG > 6:98843/1‑136 ATGGATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAAACCGCGTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGG > 1:39821/1‑136 ATCGGTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCAAGGCATGGCGCGTAGAGCGTTTTCGGAACCCGCTGTGTTTTGGTGGCCAATTGGGTG > 8:70172/1‑134 GTTACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCATGCATTGCGCGTTGCGGGTAT‑‑GCAACCCGCTTGGTTGGGGTCGGCAAGTGGGTGACATGGAt > 1:366448/1‑135 TACCATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTTGGCGTATTCGCAACCCCCGTGGTTGTGGTGGGCAACTGGGTGACTTGGAG > 8:200163/1‑136 CACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < ACB143/738105‑737971‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CATTGTTCCAGTAGCTAGCGCTGTAACAAAAAACGCCCCGGTGATCTCGGGGCGTTTTTGTGTGCGCCAGGCATGGCGCGTTGCGCGTATGCGCAACCCGCTTGGTTGTGGTGGCCAAGTGGGTGACTTGGAG > ACB143/1812806‑1812938 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |