| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB143 | 1,735,045 | T→C | 69.6% | intergenic (‑77/+7) | CJ019_01633 ← / ← CJ019_01634 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 1,735,045 | 0 | T | C | 69.6% | 78.8 / 47.5 | 56 | intergenic (‑77/+7) | CJ019_01633/CJ019_01634 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/7); new base C (24/15); total (34/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 | |||||||||||
AGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTACAGTCGTTGCAGCCGAGCGGGTCAGGCAAAGC > ACB143/1734910‑1735180 | aGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATGGCGGCAGTGAATAGAGTGTAGAGGTGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGct < 7:267260/136‑1 (MQ=255) ggCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCCCTggg > 4:72926/1‑136 (MQ=255) gCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGAGCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGCGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTgggg < 8:74288/136‑1 (MQ=255) tccggCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCATTTGCCGCATTATCGCTTCATTTAATTGTGTGGAGTGGGGTTACAGCGGGGTTGGGAACAGATGGGCCCTGTGGTTAAGAGCTGGCa < 4:187868/132‑1 (MQ=255) 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aTAGAGTGGATAGGGGTTACAGCGTGGTGGGGTACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACGGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCAtt < 8:33750/136‑1 (MQ=255) tagcggggAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTc < 1:141921/130‑1 (MQ=255) tAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTc < 8:340864/136‑1 (MQ=255) tAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGGGGGGTACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTc < 3:323308/136‑1 (MQ=255) agagTGGATTGGGGTTACTGCGGGGTGGGGTACTGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGTGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTc < 6:255525/135‑1 (MQ=255) ggAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCAtg > 7:178145/1‑136 (MQ=255) agagGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCCTCGAACCTTCCGCACTCGGCAtgtg > 6:86075/1‑136 (MQ=255) gagGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATgtgt < 5:70600/136‑1 (MQ=255) gagGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCAtgtg > 7:183447/1‑135 (MQ=255) gagGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCAtgtg > 6:263200/1‑135 (MQ=255) gagGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATgtgt < 8:183447/136‑1 (MQ=255) agGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTa < 1:66898/136‑1 (MQ=255) ggggTTACATCGTGGTGTGGTACATATGTTCTCTGTGGTTAAGAGCTGGCAACGTGGCTTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGAGCTGCAATCTACATGGTTCGGTCCGTCGAACCTTCCTCATTCGGCATGTGTa > 8:25652/1‑135 (MQ=255) ggggTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTa > 3:173980/1‑135 (MQ=255) ggggTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTa > 3:78992/1‑135 (MQ=255) ggggTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTa > 1:153221/1‑135 (MQ=255) ggTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTACAg > 2:139548/1‑136 (MQ=255) ggTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTACAg > 3:101056/1‑136 (MQ=255) tACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTACAGTCg > 6:223787/1‑136 (MQ=255) tACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTACAGTCg > 6:222746/1‑136 (MQ=255) tggggtACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTACAGTCGTTGCAGcc > 2:64667/1‑134 (MQ=255) tggggtACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTACAGTCGTTGCAGcc > 8:186118/1‑134 (MQ=255) ggggtACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTACAGTCGTTGCAGCCGAg > 1:245838/1‑136 (MQ=255) ggtACAGATGTGCCCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTACAGTCGTTGCAGCCGAGCg < 8:129496/136‑1 (MQ=255) 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tctGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTACAGTCGTTGCAGCCGCGCGGGTCAGGCAAAgc > 4:249015/1‑136 (MQ=255) tctGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTACAGTCGTTGCAGCCGAGCGGGTCAGGCAAAgc > 1:231705/1‑136 (MQ=255) | AGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCGCATTCGGCATGTGTACAGTCGTTGCAGCCGAGCGGGTCAGGCAAAGC > ACB143/1734910‑1735180 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |