| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB143 | 5,345,605 | G→A | 100% | Q611* (CAG→TAG) | pnp ← | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 5,345,605 | 0 | G | A | 98.0% | 172.1 / ‑4.2 | 49 | Q611* (CAG→TAG) | pnp | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (27/21); total (28/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AGCATGGAGATGTGCACCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTGCTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGATCGAAGCCTTGGTCTCTTCGCAGATGGCGCGAATGGTGGCGCCGCCTTTACCGATGACGTC > ACB143/5345472‑5345734 | aGCATGGAGATGTGCACCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCgctact > 1:274606/1‑136 (MQ=255) gaTGTGCACCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTTAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGgcagca > 4:67989/1‑136 (MQ=255) tgtgCACCAAACCGTCCTTGCCCGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATc < 5:64799/136‑1 (MQ=255) tgtgCACCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATc > 2:15274/1‑136 (MQ=255) tgtgCACCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATc > 2:333733/1‑136 (MQ=255) tgtgCACCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATc > 5:233565/1‑136 (MQ=255) tgtgCACCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGACCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATc > 6:142441/1‑136 (MQ=255) cACCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGcc > 3:400114/1‑136 (MQ=255) aCCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGCTCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCg > 6:347429/1‑136 (MQ=255) aCCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTGCTTGGCAGCATCTGCCg > 7:153212/1‑136 (MQ=255) aCCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCg > 1:355660/1‑136 (MQ=255) aCCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCg > 2:244789/1‑136 (MQ=255) aCCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCg > 5:329672/1‑136 (MQ=255) aCCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCg > 7:15613/1‑136 (MQ=255) aCCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCg > 7:323806/1‑136 (MQ=255) aCCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAACATCTGCCg > 4:155568/1‑136 (MQ=255) gcaggATGTTTACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGaa < 8:105489/136‑1 (MQ=255) ggATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCg > 3:224730/1‑131 (MQ=255) aTGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCt < 2:355660/136‑1 (MQ=255) tGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCt < 3:323413/135‑1 (MQ=255) gAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAg > 5:150556/1‑136 (MQ=255) aaGGCGCCGACGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCGCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCGTTGGTTTAGCCGATGATCGTGATCGAGc > 8:74624/1‑136 (MQ=255) 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cTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGATCGaa < 2:3438/136‑1 (MQ=255) cTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTAAGCGGTGTTGCCCAGTATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTGTATTTCGATAGaa > 3:112152/1‑136 (MQ=255) aaCCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGATCGAAGc < 1:44610/135‑1 (MQ=255) aaCCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGATCGAAGc < 5:312738/135‑1 (MQ=255) ccTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGATCGAAGCCtt < 3:191751/136‑1 (MQ=255) ccTTGACGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGGCTCAGCGGTGATGACCAGGATGCGCTACTTGGGAGGATGTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGATCGAAGc < 3:264222/133‑1 (MQ=255) 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gATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGATCGAAGCCTTGGTCTCTTCGCAGATGGcgcg > 7:25478/1‑135 (MQ=255) aTCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGATCGAAGCCGTGGTCTCTTCGCAGATGGCGCGaa > 5:393441/1‑136 (MQ=255) ggCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGTTCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGATCGAAGCCTTGGTCTCTTCGCAGATGGCGCGAAtggt < 2:227216/135‑1 (MQ=255) ccTCAGCGGTGATGCCAAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGATCGAAGCCTTGGTCTCTTCGCAGATGGCGCGAATGGTGgc < 8:308110/136‑1 (MQ=255) ggTGATGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGATCGAAGCCTTGGTCTCTTCGCAGATGGCGCGAATGGTGGCGCCGCCt > 8:219071/1‑136 (MQ=255) aTGCCCAGGATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCGTCGATGTCGATCGAAGCCTTGGTCTCTTCGCAGATGGCGCGAATGGTGGCGCCGCCTTTAc > 2:261637/1‑136 (MQ=255) gATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGATCGAAGCCTTGGTCTCTTCGCAGATGGCGCGAATGGTGGCGCCGCCTTTACCGATGACg < 5:263868/136‑1 (MQ=255) gATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGATCGAAGCCTTGGTCTCTTCGCAGATGGCGCGAATGGTGGCGCCGCCTTTACCGATGACg < 2:293159/136‑1 (MQ=255) gATGCGCTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTAGCTGTCGATCGAAGCCAAGGTCTCTTAGCAGATGGCGCGAAATGTGGCGCCCGCTTTACCGATGTCg > 2:35833/1‑136 (MQ=255) gcgcTACTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGAACGAATCCATGGTCTCTTAGCAGATGGCGGGAATGGTGGCGCCGCCTTTGCCGATGACGTc > 1:345856/1‑135 (MQ=255) | AGCATGGAGATGTGCACCAAACCGTCCTTGCCAGGCAGGATGTTGACGAAGGCGCCGAAGTCGACAATGCGCTCAACCTTGCCGACGTAGATCTTGCCGATCTCGGCCTCAGCGGTGATGCCCAGGATGCGCTGCTTGGCAGCATCTGCCGCTTCCTTGGTTTCGCCGAAGATCTTGATCGAGCCGTCGTCTTCGATGTCGATCGAAGCCTTGGTCTCTTCGCAGATGGCGCGAATGGTGGCGCCGCCTTTACCGATGACGTC > ACB143/5345472‑5345734 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |