| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | ACB143 | 2,092,484 | A→G | Y155H (TAC→CAC) | rcsC_3 ← | Sensor histidine kinase RcsC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 2,092,484 | 0 | A | G | 98.6% | 280.6 / ‑3.4 | 73 | Y155H (TAC→CAC) | rcsC_3 | Sensor histidine kinase RcsC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (45/27); minor base C (1/0); total (46/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
TGGTCAGCATCATGTAGAACAGCGCCAGCAGAAGGCCGGTGAGCACCAGGCTGCGGGCAAAACCATTGAGCAGGGTGATGCCGGCACGGTCGAGAAAGCGGCTGCCGAAGGCGAAGGTGTCGATGTCCAGGTACAGGGTGCCCAGGTATTGCTCTGGCATGTGGGTCAGGTACAGGCGCTCCTTGAACTGGCGTTGCTCGCCGAACAGGAAGTCGCTCAGTGGCCGATAGCGGTCCTGCAGTTTTGGCCGCTCGACATC > ACB143/2092352‑2092610 | tGGTCAGCATCATGTAGAACAGCGCCAGCAGAAGGCCGGTGAGCACCAGGCTGCGGGCAAAACCATTGAGCAGGGTGATGCCGGCACGGTCGAGAAAGCGGCTGCCGAAGGCGAAGGTGTCGATGTCCAGGTGCa < 4:376919/135‑1 (MQ=255)tGGTCAGCATCATGTAGAACAGCGCCAGCAGAAGGCCGGTGAGCACCAGGCTGCGGGCAAAACCATTGAGCAGGGTGATGCCGGCACGGTCGAGAAAGCGGCTGCCGAAGGCGAAGGTGTCGATGTCCAGGTGCa < 2:282675/135‑1 (MQ=255) ctgcttcatGTAGACCTGCGCCAGCAGAAGGCCGGTGAGCACCAGGCTGCGGGCAAAACCATTGAGCATGGTGATGCCGGCACGGTCGAGAAAGCGGCTGCCGAAGGCGAAGGTGTCGATGTCCAGGTGCAGGGTg < 2:320624/131‑1 (MQ=255) aGCATCATGTAGAACAGCGCCAGCAGAAGGCCGGTGAGCACCAGGCTGCGGGCAAAACCATTGAGCAGGGTGATGCCGGCACGGTCGAGAAAGCGGCTGCCGAAGGCGAAGGTGTCGATGTCCAGGTGCAGGGTg < 7:168866/135‑1 (MQ=255) 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5:351901/1‑59 (MQ=255) cGGCACGGTCGAGAAAGCGGCTGCCGAAGGCGAAGGTGTCGATGTCCAGGTGCAGGGTGCCCAGGTATTGCTCTGGCATGTGGGTCAGGTACAGGCGCTCCTTGAACTGGCGTTGCTCGCCGAACAGGAAGTCGCt > 5:37949/1‑136 (MQ=255) cGGCACGGTCGAGAAAGCGGCTGCCGAAGGCGAAGGTGTCGATGTCCAGGTGCAGGGTGCCCAGGTATTGCTCTGGCATGTGGGTCAGGTACAGGCGCTCCTTGAACTGGCGTTGCTCGCCGAACAGGAAGTCGCt > 4:205928/1‑136 (MQ=255) cGGCACGGTCGAGAAAGCGGCTGCCGAAGGCGAAGGTGTCGATGTCCAGGTGCAGGGTGCCCAGGTATTGCTCTGGCATGTGGGTCAGGTACAGGCGCTCCTTGAACTGGCGTTGCTCGCCGAACAGGAAGTCGCt > 5:103555/1‑136 (MQ=255) cGGCACGGTCGAGAAAGCGGCTGCCGAAGGCGAAGGTGTCGATGTCCAGGTGCAGGGTGCCCAGGTATTGCTCTGGCATGTGGGTCAGGTACAGGCGCTCCTTGAACTGGCGTTGCTCGCCGAACAGGAAGTCGCt > 2:168154/1‑136 (MQ=255) cGGCACGGTCGAGAAAGCGGCTGCCGAAGGCGAAGGTGTCGATGTCCAGGTGCAGGGTGCCCAGGTATTGCTCTGGCATGTGGGTCAGGTACAGGCGCTCCTTGAACTGGCGTTGCTCGCCGAACAGGAAGTCGCt < 3:316242/136‑1 (MQ=255) gCACGGTCGAGAAAGCGGCTGCCGAAGGCGAAGGTGTCGATGTCCAGGTGCAGGGTGCCCAGGTATTGCTCTGGCATGTGGGTCAGGTACAGGCGCTCCTTGAACTGGCGTTGCTCGCCGAACAGGAAGTCGCt > 1:285673/1‑134 (MQ=255) 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tGTCCAGGTGCAGGGTGCCCAGGTATTGCTCTGGCATGTGGGTCAGGTACAGGCGCTCCTTGAACTGGCGTTGCTCGCCGAACAGGAAGTCGCTCAGTGGCCGATAGCGGTCCTGCAGTTTTGGCCGCTCGACATc < 2:220841/136‑1 (MQ=255) | TGGTCAGCATCATGTAGAACAGCGCCAGCAGAAGGCCGGTGAGCACCAGGCTGCGGGCAAAACCATTGAGCAGGGTGATGCCGGCACGGTCGAGAAAGCGGCTGCCGAAGGCGAAGGTGTCGATGTCCAGGTACAGGGTGCCCAGGTATTGCTCTGGCATGTGGGTCAGGTACAGGCGCTCCTTGAACTGGCGTTGCTCGCCGAACAGGAAGTCGCTCAGTGGCCGATAGCGGTCCTGCAGTTTTGGCCGCTCGACATC > ACB143/2092352‑2092610 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |