| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | ACB143 | 6,137,970 | T→C | V171A (GTG→GCG) | cusA → | Cation efflux system protein CusA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 6,137,970 | 0 | T | C | 95.3% | 221.3 / 0.7 | 64 | V171A (GTG→GCG) | cusA | Cation efflux system protein CusA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (34/27); total (36/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
TCGGGCCGGACGCCACAGGCGTTGGTTGGATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGTGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGCGAGGTCGCAAACGCCATCGGTAAG > ACB143/6137844‑6138094 | tCGGGCCGGACGCCACAGGCGTTGGTTGGATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGt > 1:1736/1‑136 (MQ=255) ccGGACGCCACAGGCGTTGGTTGGATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGcc > 4:181780/1‑135 (MQ=255) aCGCCACAGGCGTTGGTTGGATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGt < 2:21593/136‑1 (MQ=255) ggCGTTGGTTGGATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGCGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCa > 7:4667/1‑136 (MQ=255) ggCGTTGGTTGGATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGTGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCa > 2:4061/1‑136 (MQ=255) gCGTTGGTTGGATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCTCATTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTTCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTTCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGTACGTCGCCGAAGTGGCAAGCAt < 6:315462/136‑1 (MQ=255) ttggttggATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTgg < 8:84415/136‑1 (MQ=255) ttggttggATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGGGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTgg < 8:19459/136‑1 (MQ=255) ggttggATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTggc < 7:11758/135‑1 (MQ=255) tggATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCa > 4:208086/1‑136 (MQ=255) tggATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCa > 3:158878/1‑136 (MQ=255) ggATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCa < 1:115011/135‑1 (MQ=255) ggATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCa < 7:108978/135‑1 (MQ=255) gATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGGCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCAt < 7:118752/135‑1 (MQ=255) cTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGt > 3:15849/1‑135 (MQ=255) ccAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGtt < 5:39881/133‑1 (MQ=255) ccAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGtt < 4:254585/133‑1 (MQ=255) ccAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGtt < 2:84481/133‑1 (MQ=255) aGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCa < 7:328051/136‑1 (MQ=255) gTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCaa < 1:269008/136‑1 (MQ=255) gTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCaa > 4:154375/1‑136 (MQ=255) gTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCaa > 1:357614/1‑136 (MQ=255) aCGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAAt < 2:1736/135‑1 (MQ=255) gcgTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATAcc < 1:117833/136‑1 (MQ=255) gcgTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATAcc < 1:235006/136‑1 (MQ=255) gcgTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATAc > 7:190730/1‑135 (MQ=255) gcgTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATAc > 5:340995/1‑135 (MQ=255) cgTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATAc > 7:55307/1‑134 (MQ=255) gTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGACGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAg > 3:225720/1‑136 (MQ=255) aCCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGATTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACt > 5:172404/1‑136 (MQ=255) aTCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGAGGTACTCGACCCGCTGCGCATgtc > 6:22426/1‑134 (MQ=255) cTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTCCTCGACCCGCTGCGCATGGc > 3:336983/1‑134 (MQ=255) cTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGc > 1:331596/1‑134 (MQ=255) gCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAg < 3:315232/134‑1 (MQ=255) gCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAg < 6:340995/134‑1 (MQ=255) caACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCg < 2:353761/136‑1 (MQ=255) caACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCg < 1:338123/136‑1 (MQ=255) caACTGCGGAGCCTGCAGGAGTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCg < 2:287025/136‑1 (MQ=255) aaCTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCgg > 4:348412/1‑136 (MQ=255) aaCTGCGGAGCCTGCAGGATTGGGTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCgg < 6:350702/136‑1 (MQ=255) cGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCAt > 3:155795/1‑119 (MQ=255) cGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCAt < 4:155795/119‑1 (MQ=255) cGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCa > 8:166116/1‑136 (MQ=255) cGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCa > 7:23523/1‑136 (MQ=255) cGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCa > 2:118360/1‑136 (MQ=255) aGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCAcc > 6:288728/1‑135 (MQ=255) gCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCTCATTTCCAGACTCGGCATCACCCa < 1:361748/136‑1 (MQ=255) gCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCAcc > 2:28708/1‑134 (MQ=255) ccTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAg > 1:112277/1‑136 (MQ=255) gCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGTGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGc > 2:133728/1‑136 (MQ=255) cAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGc < 7:99323/135‑1 (MQ=255) ggATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGCGAg > 5:283592/1‑136 (MQ=255) ggATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGCGAg > 6:16351/1‑136 (MQ=255) gATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGCGAgg < 8:160436/136‑1 (MQ=255) aTTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGTGAGAGGt > 6:8680/1‑136 (MQ=255) ttCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGCGAGGTCGCa > 2:305189/1‑135 (MQ=255) ttCCCGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGCGAGGTCGCa > 1:122236/1‑135 (MQ=255) ccTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGTCGGCAGGCTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGCGAGGTCGCaacc > 8:173716/1‑134 (MQ=255) ccTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGCGAGGTCGCAAAc > 1:186032/1‑136 (MQ=255) ccTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGCGAGGTCGCAAAc > 2:313616/1‑136 (MQ=255) ccTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGCGAGGTCGCAAAc > 8:305480/1‑136 (MQ=255) cTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGTGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGCGAGGTCGCAAAc < 1:4061/135‑1 (MQ=255) aGCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGCGAGGTCGCAAACGCCATCGGt > 1:94229/1‑134 (MQ=255) gCTCAAGACCGCGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGCGAGGTCGCAAACGCCATCGGTAAg < 2:88111/136‑1 (MQ=255) | TCGGGCCGGACGCCACAGGCGTTGGTTGGATCTACCAGTACGCGTTGGTCGACCGCAGTGGTAGGCATGATCTGGCACAACTGCGGAGCCTGCAGGATTGGTTCCTGCGCTTTGAGCTCAAGACCGTGCCGGACGTCGCCGAAGTGGCAAGCATTGGCGGCATGGTTAAGCAATACCAGGTGGTACTCGACCCGCTGCGCATGGCCAGCCTCGGCATCACCCAGGGCGAGGTCGCAAACGCCATCGGTAAG > ACB143/6137844‑6138094 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |