| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB143 | 4,797,995 | A→C | 14.2% | G71G (GGT→GGG) | hcrC ← | 4‑hydroxybenzoyl‑CoA reductase subunit gamma |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 4,797,995 | 0 | A | C | 14.2% | 347.9 / 5.6 | 178 | G71G (GGT→GGG) | hcrC | 4‑hydroxybenzoyl‑CoA reductase subunit gamma |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (113/33); new base C (3/28); total (116/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
GCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGCAGGCGTGGCAGATGCCCTGGCCGCAACCCAGGCGCGAGCCGGTGAGGTTCTGGTGTTCGTGCAGGTAGTCGA > ACB143/4797861‑4798128 | cAGTAGCTGCACTTGAAGGCGAACAGGTAGACGAACATCTGCTGGATCGGGTTTATCGTCAGGTTGCCGTCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCgg < 6:249812/136‑1 (MQ=255) gTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTg < 7:180866/136‑1 (MQ=255) tAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTCATGCGCACCGGTGa > 8:67404/1‑136 (MQ=255) tAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGa > 7:306228/1‑136 (MQ=255) aGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGAt > 7:97677/1‑136 (MQ=255) cACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGGCTGTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGCACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGAGGCAgg > 5:233897/1‑136 (MQ=255) agtgtaaGGCTAACAGGTCGACTAACTTCTGCTGTATCGGGTTGAGGGTCTGGTTGCGGGCCTCGTCTTTCTTGGCTTGGCCTTCTATGGTGCTAAGCTTCTTGCCTTCGAATTAATGCGCACGGGTGATGCAGGt < 8:117624/131‑1 (MQ=255) aCTGTACGGCTAACAGGTCGACTAAGTTGTGCTGGATGGGGTTGAGCGTCTGGTTGCCGGCCGCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGTTGGTGCGACCCTTCTTGCCTTCTAATTAATGCGCCCCGGTGACGCAGGt < 6:380009/136‑1 (MQ=255) gAAGGCGGACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTgcg > 1:342412/1‑135 (MQ=255) gAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGCACCTTCTTTCCTTCGAAGTAATGCGCCCCGGTGAGTCAGGTgcgc > 2:114999/1‑136 (MQ=255) aGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTGTTTCTTGGCATGGCCGTCGATGGGGCGGACCTTCTTGCCTTGGAAGTAATGCGCCCCGGTGATGCAGGTGCGCAc > 7:333980/1‑136 (MQ=255) aGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTTGCAAGGCCGTAGATGGTGCGCACCCTCATGCCTTACAAGTAATGCGCACCGGGGATGCCGGTGCGCAc > 2:381681/1‑136 (MQ=255) aGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCTGGTgcgccc > 7:271895/1‑134 (MQ=255) aGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCAc > 7:38898/1‑136 (MQ=255) aGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCAc > 6:169509/1‑136 (MQ=255) aGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCGTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCAc > 3:259665/1‑136 (MQ=255) 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cTTCTGCTGGATCGGGTGGCGCGTCAGGTGGCCGGCCGCGTCTTTCTTGGCATGCCCTTCGAGGGTGCCAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGAGGCTGGGGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCg < 2:126476/136‑1 (MQ=255) gATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCCCTTCTTCGCTGGTGCAGTCGGGGTTGTc > 6:225227/1‑135 (MQ=255) cGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTcgac > 8:370220/1‑135 (MQ=255) ggTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTcgacga > 5:176055/1‑135 (MQ=255) tGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATcac > 5:158970/1‑136 (MQ=255) gcgCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCAGGGCCTTCGATGGGGCGACCCTTCTTGCCTTCCAAGAAATCCCCCCCGGTGAGGCAGGGGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATcacc < 4:55487/134‑1 (MQ=255) 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gCGTCCGGGTGCCGGCCGCGTCTTGCTTGGCCTGGCCTTCGATGGGGCTACCCTTCTTGCCTGCGAAGTAAGGCGCCCCGGGGATGCCGGGGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATcaccac < 8:268705/136‑1 (MQ=255) gTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAAAGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGc > 5:132405/1‑136 (MQ=255) gccggTGGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCCGGGCATGGGCGGGGCCAAACCTTATGGCCTTCCAAGAAATGCCCCCGGGTGAGGCTGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGATGATCACCACGCa < 6:299004/133‑1 (MQ=255) cAGGTTGCCGGCCTCGTGTTTCTTGGCATGGCCGTCGATGGTGCGAACCTTATTGCCTTAGAAGTAATGCGCCCCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGCTCCCCCCGccg > 2:336965/1‑134 (MQ=255) gtggCCGGGCTGGTATTTCTTGGCATGGCGGTCGTTGGTGCCAACTTTCTTGCGTTCGATGTTTTGCGCCCCGGTTATTATGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGCAGGCg < 6:62842/133‑1 (MQ=255) ttGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGATCCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGGGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTGGACGATCACCACGCAGGCGt > 3:305596/1‑136 (MQ=255) 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aCCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCTCACCGGTCAAGCAGGTGAGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGAAGATCACCACGCAGGCGTGGCAGATGCCCTGGCCGCAACCCAGGCGCGAGCCGTTGAGGt > 6:39118/1‑136 (MQ=255) aCCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGCAGGCGTGGCAGATGCCCTGGCCGCAACCCAGGCGCGAGCCGGTGAGGt > 3:87882/1‑136 (MQ=255) gCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGCAGGCGTGGCAGATGCCCTGGCCGCAACCCAGGCGCGAGCCGGTGAGGTTCTGgtgt > 2:213372/1‑136 (MQ=255) gCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGCAGGCGTGGCAGATGCCCTGGCCGCAACCCAGGCGCGAGCCGGTGAGGTTCTGgtgt > 3:386864/1‑136 (MQ=255) gCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGCAGGCGTGGCAGATGCCCTGGCCGCAACCCAGGCGCGAGCCGGTGAGGTTCTGgtgt > 2:147825/1‑136 (MQ=255) gCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGCAGGCGTGGCAGATGCCCTGGCCGCAACCCAGGCGCGAGCCGGTGAGGTTCTGgtgt > 2:71343/1‑136 (MQ=255) gCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGCAGGCGTGGCAGATGCCCTGGCCGCAACCCAGGCGCGAGCCGGTGAGGTTCTGgtgt > 1:251614/1‑136 (MQ=255) tctaaGTAATGCGCACGGGGGATGCCGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGCAGGCGTGGCAGATGCCCTGGCCGCAACCCAGGCGCGAGCCGGTGAGGTTCTGGTGTTCg < 5:90118/132‑1 (MQ=255) aGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGCAGGCGTGGCAGATGCCCTGGCCGCAACCCAGGCGCGAGCCGGTGAGGTTCTGGTGTTCGTGCAg > 1:303305/1‑136 (MQ=255) tGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGCAGGCGTGGCAGATGCCCTGGCCGCAACCCAGGCGCGCGCCGGTGAGGTTCTGGTGTTCGTGCAGGTAGt > 3:370787/1‑136 (MQ=255) cgcACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCAGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGCAGGCGTGGCAGATGCCCTGGCCGCAACCCAGGCGCGAGCCGGTGAGGTTCTGGTGTTCGTGCAGGTAGTc > 6:271251/1‑135 (MQ=255) gcACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGCAGGCGTGGCAGATGCCCTGGCCGCAACCCAGGCGCGAGCCGGTGAGGTTCTGGTGTTCGTGCAGGTAGTCGa > 6:129275/1‑136 (MQ=255) | GCGCAGTAGCTGCACTGGAAGGCGAACAGGTCGACGAACTTCTGCTGGATCGGGTTGAGCGTCAGGTTGCCGGCCTCGTCTTTCTTGGCATGGCCTTCGATGGTGCGAACCTTCTTGCCTTCGAAGTAATGCGCACCGGTGATGCAGGTGCGCACTTCTTCGCTGGTGCCGTCGGGGTTGTCGACGATCACCACGCAGGCGTGGCAGATGCCCTGGCCGCAACCCAGGCGCGAGCCGGTGAGGTTCTGGTGTTCGTGCAGGTAGTCGA > ACB143/4797861‑4798128 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |