Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | ACB143 | 343,673 | T→C | 54.1% | G12G (GGT→GGC) | hisH → | Imidazole glycerol phosphate synthase subunitHisH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | ACB143 | 343,673 | 0 | T | C | 54.1% | 17.2 / 83.2 | 61 | G12G (GGT→GGC) | hisH | Imidazole glycerol phosphate synthase subunitHisH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/11); new base C (17/16); total (34/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.64e-01 |
ACCGTATTCAAGGCTTTCGGCCGCGCTCTGCGCATGGCCATCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTCCCGGGCGTGGGCGCGATTCGCGACTGCATGGC > ACB143/343542‑343807 | aCCGTATTCAAGGCTTTCGGCCGCGCTCTGCGCATGGCCATCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAAcc < 6:173817/136‑1 (MQ=255) ccGTATTCAAGGCTTTCGGCCGCGCTCTGCGCATGGCCATCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCt < 8:61849/136‑1 (MQ=255) ccGTATTCAAGGCTTTCGGCCGCGCTCTGCGCATGGCCATCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCt > 7:52607/1‑136 (MQ=255) ttCAAGGCTTTCGGCCGCGCTCTGCGCATGGCCATCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCAc < 8:249048/135‑1 (MQ=255) aGGCTTTCGGCCGCGCTCTGCGCATGGCCATCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGt < 4:299032/136‑1 (MQ=255) gCTTTCGGCCGCGCGCTGCGCATGGCCATCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTgg < 6:154466/136‑1 (MQ=255) tttCGGCCGCGCTCTGCGCATGGCCATCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGc > 4:32267/1‑135 (MQ=255) tCGGCCGCGCTCTGCGCATGGCCATCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGGGCCTGTAAATGCAAACGGGAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGcc < 5:10604/134‑1 (MQ=255) gCCGCGCTCTGCGCATGGCCATCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGgc > 5:289898/1‑136 (MQ=255) tctGCGCATGGCCATCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAg > 2:3947/1‑136 (MQ=255) cgcATGGCCATCACCCTCGACGAGCGTATGGAGGTGCTGATGCCGTCCACCATAGGGTTACTGTAAAGGCAATGGTTAGGCTTAATCGACTCTGGCATGGGCATGCTGCTCTCTGTGGGCAAGGCGCTTGAGc < 8:199965/133‑1 (MQ=255) aTGGCCATCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAg > 5:147482/1‑136 (MQ=255) cATCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGcc > 8:59562/1‑136 (MQ=255) aTCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCg < 2:27864/136‑1 (MQ=255) aTCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCg < 5:203674/136‑1 (MQ=255) ccTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTaaa < 5:312559/136‑1 (MQ=255) ccTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTaaa < 8:180369/136‑1 (MQ=255) ccTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTaaa < 1:93188/136‑1 (MQ=255) ccTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTaaa < 2:51657/136‑1 (MQ=255) acgaGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCt < 6:159724/136‑1 (MQ=255) acgaGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCt > 8:18166/1‑136 (MQ=255) acgaGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCt > 2:16554/1‑136 (MQ=255) cgaGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTg > 3:40236/1‑136 (MQ=255) cgaGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTg > 7:197596/1‑136 (MQ=255) aGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGt < 6:286793/136‑1 (MQ=255) aTGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTAc > 5:96593/1‑134 (MQ=255) tGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAg < 2:36304/136‑1 (MQ=255) gCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGc > 8:206817/1‑135 (MQ=255) aGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCt > 4:74278/1‑135 (MQ=255) aGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCt > 6:43700/1‑135 (MQ=255) gttCCACCAACGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTCGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGAt < 2:320198/135‑1 (MQ=255) ttCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATc > 8:31572/1‑136 (MQ=255) caccaAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCcgc > 2:198671/1‑136 (MQ=255) caccaAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCcgc > 7:190258/1‑136 (MQ=255) accaAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCcgc > 1:220590/1‑135 (MQ=255) ccaAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGa < 4:247222/136‑1 (MQ=255) ccaAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGa < 5:78107/136‑1 (MQ=255) aatggTGCCTGTCACTGCAAACGGTCGCCGTAATCGACTATGCCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGAACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGGTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGc < 7:234247/133‑1 (MQ=255) aaGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGc < 2:46482/136‑1 (MQ=255) aaGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGc > 3:150378/1‑136 (MQ=255) aaGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGc > 4:166970/1‑136 (MQ=255) gTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGAc > 3:99597/1‑136 (MQ=255) ccTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCgt < 7:36281/136‑1 (MQ=255) tGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCgtgt > 4:82058/1‑136 (MQ=255) gTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGtgtg > 5:7605/1‑136 (MQ=255) gTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGtgtg > 5:214765/1‑136 (MQ=255) gTAAATGCAAACAGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGtgtg > 3:182023/1‑136 (MQ=255) gCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCAGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTc > 7:211631/1‑136 (MQ=255) aaaCGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTccc > 7:156329/1‑136 (MQ=255) aaaCGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTccc > 6:157196/1‑136 (MQ=255) aCGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTCCCgg < 6:7605/136‑1 (MQ=255) ggTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTCCCGGGc > 8:104475/1‑136 (MQ=255) ggTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTCCCGGGc > 5:63720/1‑136 (MQ=255) ggTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTCCCGGGc > 4:40189/1‑136 (MQ=255) gCCGTAATCGACTATGGCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTCCCGGGCgggg < 6:41474/136‑1 (MQ=255) cTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTCCCGGGCGTGGGCGCGATTcg < 4:6066/135‑1 (MQ=255) ggCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGACGACCGTGTGGTGTTACCGGTCGTGGGCGCGATTCGCGACt > 6:96649/1‑136 (MQ=255) gCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTCCCGGGCGTGGGCGCGATTCGCGACt < 2:206499/135‑1 (MQ=255) gCATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGAGCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTCCCGGGCGTGGGCGCGATTCGCGACt < 1:131368/135‑1 (MQ=255) cATGGGCAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTCCCGGGCGTGGGCGCGATTCGCGACTg > 4:288147/1‑135 (MQ=255) gTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTCCCGGGCGTGGGCGCGATTCGCGACTGCATGGc > 5:292256/1‑136 (MQ=255) | ACCGTATTCAAGGCTTTCGGCCGCGCTCTGCGCATGGCCATCACCCTCGACGAGCGTATGGCCGGGCAGATGCCTTCCACCAAAGGGTGCCTGTAAATGCAAACGGTAGCCGTAATCGACTATGGCATGGGTAACCTGCACTCGGTGGCCAAGGCGCTTGAGCACGTAGGTGCCGGTAAAGTGCTGGTTACCAGCGATGCCTCAGTGATCCGCGAGGCCGACCGTGTGGTGTTCCCGGGCGTGGGCGCGATTCGCGACTGCATGGC > ACB143/343542‑343807 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |