| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | CP009273 | 3,676,860:1 | (GGTACCTGCGG)1→2 | 89.8% | intergenic (‑53/+130) | dctA ← / ← yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3676847 | 8 (0.380) | 72 (3.330) +GGGGTACCTGC |
58/222 | NT | 89.8% | intergenic (‑40/+143) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| ? | CP009273 | 3676848 = | 9 (0.380) | intergenic (‑41/+142) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase | |||||
CGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGG > CP009273/3676700‑3676985 | gctcgcctatttcaggatagaaatggccaaggagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagaggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcg < 2:285384‑M2/1‑1 (MQ=255)gctcgcctatttcaggatagaaatggccaaggagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagaggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcg < 2:292261‑M2/1‑1 (MQ=255) tcgcctatttcaggatagaaatggccaaggagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagaggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccacaggtcttgtaagattatggggtatctgcggg > 2:419698‑M2/147‑149 (MQ=255) gcctatttcaggatagaaatggccaaggagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagaggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcggggg > 2:332932‑M2/145‑148 (MQ=255) atttcaggatagaaatggccaaggagaataacaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttacacagagaggttttcatagggtgtcctttagtcacaacacatgtcttgtagggttatgggatacctgcggggtacct > 2:226445‑M2/141‑149 (MQ=255) tttcaggatagaaatggccaaggagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagaggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccacaggtcttgtaaggttatggggtaccgccggggtacctg > 2:107847‑M2/140‑149 (MQ=255) aggatagaaattgccaaggagaataccaatggctatcgcggtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagaggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGc < 2:314008‑M2/14‑1 (MQ=255) aggatagaaatggccaaggagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagaggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGc < 2:255351‑M2/14‑1 (MQ=255) gatcgaaatggccaaggagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagcggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccgcatgtcttgtaaggttatggggtacctgcGGGGGACCTGCGGCCt > 2:260735‑M2/134‑149 (MQ=255) 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aaggagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagaggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACAccc > 2:262191‑M2/121‑149 (MQ=255) aaggagaataccaatggctatcgcagtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagaggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccacaagtcttgtgaggttatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACAccc > 2:321339‑M2/121‑149 (MQ=255) aggagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagaggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccacatgtcttgtacggttatggggtacctgcGGGGTACGTGCGGCAGTAAAATAACACCCa > 2:118733‑M2/120‑149 (MQ=255) gagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacaggggggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGa > 2:230492‑M2/118‑149 (MQ=255) agaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagaggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGac > 2:392252‑M2/117‑149 (MQ=255) 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tgtaaggttatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTa < 2:95342‑M2/127‑1 (MQ=255) gtaaggttatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTaa < 2:286394‑M2/128‑1 (MQ=255) aaggttatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGGTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATc < 2:4196‑M2/130‑1 (MQ=255) ggttatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGt > 1:278126‑M2/18‑143 (MQ=255) tatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGttt > 2:181734‑M2/15‑149 (MQ=255) tatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGCCTTAAAACAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGttt < 2:347113‑M2/135‑1 (MQ=255) tGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTggg < 2:236578/149‑1 (MQ=255) | CGGTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGG > CP009273/3676700‑3676985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |