| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1973115 = | 16 (0.600) | 15 (0.560) | 15/276 | NT | 48.4% | intergenic (‑661/‑119) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein |
| ? | CP009273 | = 3577555 | NA (NA) | intergenic (+15/‑1) | insB1/yrhA | IS1 transposase B/pseudogene, interrupted by IS1E | |||||
TTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCG > CP009273/1972971‑1973258 | ttAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATc > 2:360488/1‑149 (MQ=255)gagcggtataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATc > 2:344557‑M1/145‑149 (MQ=255)gagcggtataacctgaagctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgagcataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATc > 2:191724‑M1/145‑149 (MQ=255) aaagaaagGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACtaa > 2:382837/1‑149 (MQ=255) aaagaaagGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATCGATTAATTATCTTTAcgtg > 2:412191/1‑146 (MQ=255) aaagaaagGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACACATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATTATTTAATTTGAAATTATATGATCACCGGTCGCGATTGATTAATTTTCttgtattg > 2:55276/1‑143 (MQ=255) aagaaagGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtga > 1:291385‑M2/1‑144 (MQ=255) aagaaagGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGGTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtga > 1:117812‑M2/1‑144 (MQ=255) agaaagGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgat < 1:454686‑M2/149‑7 (MQ=255) acctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttcacaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattaaccgaacataaaacactatcaaaaagttggagtcattaccTTATCTTTACtaata < 2:257943‑M1/15‑1 (MQ=255) acctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctggcgttctcaaaattggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACtaata > 1:196583‑M1/135‑149 (MQ=255) ctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaagaagttggagtcattaccTTATCTTTACTaataat < 1:59798‑M1/17‑1 (MQ=255) gaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTaa < 1:182141‑M1/25‑1 (MQ=255) aTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAAACAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaactta > 1:461392‑M2/1‑131 (MQ=255) gtgtgtgggttagtgAGAGGTTTTACATATATTATCCACTGGTTGAATGCGGAGAATCAGTACACGATTGTCCTCTAATTACATTTGAAATGATACGATCATCGGGAGTGAGTGATTAATTATCTGTACTAGTAATCTGACTAATAttt < 2:348535/141‑1 (MQ=255) aCTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTa > 2:113780/1‑149 (MQ=255) cacctggcgcggctgggccggaagccgctgtcgttctcaacataggcggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacatcaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTAc > 2:256818‑M1/118‑149 (MQ=255) tgttaatgAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:19534‑M2/1‑121 (MQ=255) tgttaatgAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:416021‑M2/1‑121 (MQ=255) aTGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt < 1:388490‑M2/149‑39 (MQ=255) tttACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGa < 1:59181/149‑1 (MQ=255) tACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 2:112265‑M2/1‑105 (MQ=255) cATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACAGTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatcatggtgtttttga > 1:331357‑M2/1‑103 (MQ=255) atatatTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:111821‑M2/149‑48 (MQ=255) cgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgt < 2:318840‑M1/57‑1 (MQ=255) tAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGttt < 2:447752/149‑1 (MQ=255) ttcccaaaaccggtggagctgcaggacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTtctc > 1:190341‑M1/85‑149 (MQ=255) cACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGGATTGGGATTGGATCGTTTCTcc > 1:106239/1‑149 (MQ=255) cACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTcc > 2:116862/1‑149 (MQ=255) cACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATACGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTcc > 2:70046/1‑149 (MQ=255) cctGTTTAATGACGAGAAGCAGTACACTATTTTCTGATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTACTAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCAt < 2:373187/147‑1 (MQ=255) ttAATGCGGAGTATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGa < 1:31919/149‑1 (MQ=255) agcgtggagcattcattgcagagtcatcgggcattatcagaacataaaacactatcaacaagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATACTCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGa > 2:2836‑M1/77‑149 (MQ=255) aaTGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgt < 2:67685‑M2/149‑67 (MQ=255) cGGAGAATCAGTACACGATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttct < 1:229031‑M2/149‑71 (MQ=255) tCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAAt < 1:369635/149‑1 (MQ=255) catgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAAt > 2:154355‑M1/64‑149 (MQ=255) tATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcct > 2:354294‑M2/1‑63 (MQ=255) tATTTTCTTATAAGTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTTACCTGa > 2:275332/1‑149 (MQ=255) tATTTTCTCATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcct > 2:196769‑M2/1‑63 (MQ=255) tttttCTTATAAATACAGTTGAAACTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCGTTACTAATAATCAGACTAATATGTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGaa < 1:266881/148‑1 (MQ=255) tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGaa > 2:182141‑M1/54‑149 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAAACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGACGTTca < 1:115987‑M1/101‑1 (MQ=255) tataATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTcaca < 1:113780/149‑1 (MQ=255) ataATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagcta > 1:67685‑M2/1‑54 (MQ=255) aaTTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctact < 1:53689‑M2/149‑98 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGTAGCTGGACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTAACCTGAAGTTCACAGaatca < 1:417477‑M1/109‑3 (MQ=255) tttGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacgggg < 1:37099‑M2/149‑105 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGCTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTACTGTCTCCTGAAGTTCACAGAATAAGGaa > 1:257943‑M1/37‑149 (MQ=255) aaaTTTTATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcaccttgtgacggggtggt > 2:172112‑M2/1‑41 (MQ=255) actattaataagtgggcgtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGa > 1:443004‑M1/27‑149 (MQ=255) gATTACCGGGAGTGAGTGATTAAGTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacgg > 1:268296‑M2/1‑32 (MQ=255) gATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacgg > 1:180898‑M2/1‑32 (MQ=255) aTCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaccggc < 1:256818‑M2/149‑119 (MQ=255) aTCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggc < 1:372280‑M2/149‑119 (MQ=255) gtcattaccTTATCTTTACTAATGATCAGACGAATATTTACCTGTTTGCCCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCCCCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCtt > 1:391861‑M1/10‑149 (MQ=255) attaattaTCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtagcggcacaagcactgccggaca < 2:355690‑M2/149‑136 (MQ=255) attaattaTCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggccacagcacttccggaca < 2:355652‑M2/149‑136 (MQ=255) | TTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCG > CP009273/1972971‑1973258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |