| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | CP009273 | 3,676,860:1 | (GGTACCTGCGG)1→2 | 95.2% | intergenic (‑53/+130) | dctA ← / ← yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3676847 | 3 (0.120) | 58 (2.370) +GGGGTACCTGC |
47/228 | NT | 95.2% | intergenic (‑40/+143) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| ? | CP009273 | 3676848 = | 3 (0.110) | intergenic (‑41/+142) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase | |||||
GTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTT > CP009273/3676702‑3676995 | tcgcctatttcaggatagaaatggccaaggagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagaggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcggg < 2:299760‑M2/3‑1 (MQ=255) atttcaggatagaaatggccaaggagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagatgatttcatagggtgtcctttagtaaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcggggtacct < 2:376199‑M2/9‑1 (MQ=255) tttcaggatagaaatggccaaggagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagagggtttcatagggtgtcctttagtaaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcggggtacctg > 1:414875‑M2/140‑149 (MQ=255) ccTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATAGGGTACCTGCGGCCtt > 1:136424/1‑149 (MQ=255) cgcgagtgcgaaggagaataccaatggctcgcgctgtcaggacctgagagtaaaggcttttaaacagggaggtgttcatggggtgtcctgtagtaaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGCCTTaa < 2:302953‑M2/19‑1 (MQ=255) gaaatggccaaggagaataccaagggctatcgctgtcaggacctgtaactagaggcttttaaacagagaggttttcatagggtgccctttagtaaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGCCTTaaa < 1:13469‑M2/20‑1 (MQ=255) aaatggccaaggagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagaggttttcatagggtgtcctttagtaaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcGGGGTACCTGCGGCCTTaaaa > 1:315167‑M2/129‑149 (MQ=255) aaatggccaaggagaataccaatggctatcgctgtcaggacctgaaagtaaaggcttttaaacagagagggtttcatagggtgtcctttagtgaaaccacatgtcttgtaaggttatggggtacctgcGGGGTGCCTGCGGCCGTgaaa > 1:391040‑M2/129‑149 (MQ=255) 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tgcGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTAc > 2:246185‑M2/4‑149 (MQ=255) gcGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACt > 1:10579‑M2/3‑149 (MQ=255) cGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACtt < 1:401976‑M2/148‑1 (MQ=255) | GTTTCATTTGCTCGCCTATTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTT > CP009273/3676702‑3676995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |