| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1045234 = | 75 (1.220) | 66 (1.070) | 59/296 | 0.1 | 62.0% | intergenic (‑34/‑55) | gfcA/insA | O‑antigen capsule production threonine‑rich inner membrane protein/IS1 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 1973123 | 6 (0.100) | intergenic (‑669/‑111) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein | |||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GGTGCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCT > CP009273/1045087‑1045376 | tacaaagaaaggcaacaaacaacataatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacaccattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttag > 2:757273‑M1/149‑149 (MQ=255) tgCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTg > 2:792685/1‑149 (MQ=255) caaagaaaggcaacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGt < 2:980412‑M1/3‑1 (MQ=255) gaaaggcaacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagagtcagtacactattttcttatcattacatttgaagttatatgatcaccggcagtgattgattaattatatttaGGTGAtg < 2:604276‑M1/7‑1 (MQ=255) aaaggcaacaatcaacttaatgttcaagattggtgttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGAtgc < 2:219868‑M1/8‑1 (MQ=255) tagtaCCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCATTCGTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGAtgctg < 1:990352/149‑1 (MQ=255) caacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgacattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCa < 1:191733‑M1/13‑1 (MQ=255) caacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCa > 1:343650‑M1/137‑149 (MQ=255) aCCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGCGGCAGCAAACGGAGCTGGCGTCGTTAACATGAAGGCCCTAAGGATTGCAGCAAGCTCGTGTTCCGCATCTTTTCCTTTATTCATCGCATGTCC‑ATTAGGGGGAAGGCTGCCaa > 2:604048/1‑149 (MQ=255) ccGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGAGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCCACATGACGGCCCTCAGGCTTGTAGACCGCTTGTGTTTCATGCCTTTTCCTTTATTCCTGGCA‑GGACGAATACGGGTAAtactccgaatt > 2:777008/1‑142 (MQ=255) tcgtTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTAc < 1:653199/149‑1 (MQ=255) atcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGATGATGCTGCCAACTTa < 1:498327‑M1/18‑1 (MQ=255) acccacttaatcttaagtaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTa > 2:39467‑M1/132‑149 (MQ=255) tcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtggttgattaattatttttaGGTGATGCTGCCAACTTAc < 1:953685‑M1/19‑1 (MQ=255) caacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttatcattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGTTGATGCTGCCAACTTACt < 2:287900‑M1/20‑1 (MQ=255) gCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGAtt < 1:778264/149‑1 (MQ=255) cTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGCTGCTGCCAACTTACTGCTTTa > 2:45930/1‑149 (MQ=255) cGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCACACGCAGCCGGCGGCGTGAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:338573/149‑1 (MQ=255) 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gttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgtg < 1:806463‑M1/29‑1 (MQ=255) ttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgtgt < 2:62926‑M1/30‑1 (MQ=255) taatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTa > 2:728189‑M1/119‑149 (MQ=255) cGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATCTAGTGTatga > 1:853395/1‑149 (MQ=255) gCTTCAGGGGCAGCAAACGGAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCCTAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATCCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTGTGATGGTGttt < 2:54544/149‑1 (MQ=255) gttacctataataaccacttgtttaatgcggagaatcaatatcacattttcttataatcacatttgaaattatatgaccaccgggagtgattgattaagtatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTACTGTATGATGGTCttt > 2:195161‑M1/108‑149 (MQ=255) cAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGAATTGCAGAAGGCTTGTGTTTCGTAAATTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGCTTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGa > 2:887782/1‑149 (MQ=38) cAGGGGCAGAAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCACAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGa < 1:1304/149‑1 (MQ=255) acatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattagatttggaattttatgttcatggggagtgattgattagttttctttaGGTGTTGCTGCCAACTTACTGATTTGGTGTATGATGGTGTTTTTg < 2:555528‑M1/45‑1 (MQ=255) aGGGGCAGCAAACGCAGCGGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAg < 2:16445/149‑1 (MQ=255) atatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAg > 1:762433‑M1/103‑149 (MQ=255) atatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAg > 2:826262‑M1/103‑149 (MQ=255) gggCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGt > 2:724941/1‑149 (MQ=255) gggCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTAAACATGACGGCCATAAGGTTTGCAGAAAGCGTGTGATTCATAAATTTTACTTTATTCATCGCATGGAC‑AATAAGGGTGATGCTTCCAACTTACTGATTTAGGGTATGATGGTGtttctcattc > 2:403268/1‑142 (MQ=255) atattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGt < 2:572682‑M1/49‑1 (MQ=255) 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gcaAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTcc > 1:910083/1‑149 (MQ=255) caAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATCAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTCTTCATGGCATGGAA‑AATACGGGTGATGACGCCGACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCa > 2:138856/1‑149 (MQ=38) caAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCa < 1:848663/149‑1 (MQ=255) caAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAACGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTGGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCGGCCAACATACGGATTTATTGTATGTTGGTGTTTTTGAGCTTCTCCa > 1:224345/1‑149 (MQ=255) aaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTcc < 1:900370‑M1/54‑1 (MQ=255) 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aTAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTCCTGACGGGGTGGTACGTaa > 2:177873/1‑149 (MQ=255) tAACTTTCCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAAc < 1:303645/149‑1 (MQ=255) tCCTTTATGCAGCGCATGGAC‑AATAAGGGTGATGCTGCCCACTTACTGATTTAGTGTATGCTGGTGTTTTCGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTTAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaaaa < 2:212120/149‑1 (MQ=14) accgggagtgattgattaattatctttaGTTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaaa > 2:960613‑M1/29‑149 (MQ=255) accgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaaa > 2:25001‑M1/29‑149 (MQ=255) accgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaaa < 2:328264‑M1/121‑1 (MQ=255) cTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGGGGTGCGTAACGGCCCAAGc > 2:349654/1‑149 (MQ=255) cTTTATTCATCGCATGGAC‑AAGACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGc < 2:945102/149‑1 (MQ=255) tttATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCa < 2:83917/149‑1 (MQ=255) tataaaagacATGTAC‑AATTCGGGTGTGAACGCCCACGTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACt < 1:724941/140‑1 (MQ=11) gagtgattgattaattatctttaGGTGTTGTTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTTAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAc > 2:17521‑M1/24‑149 (MQ=255) tcagtggaTGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCCACTTACTTATTTCGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGcc < 2:187358/142‑1 (MQ=14) tCATCGCATGCAC‑AATACGGGTGATGCCGCCAACTTACTGACTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGcc < 1:383710/149‑1 (MQ=255) attgattaattatcttttGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTATATTATTGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCg > 1:191489‑M1/19‑149 (MQ=255) tCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGa < 2:523282/149‑1 (MQ=255) tCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGa > 1:425355/1‑149 (MQ=255) tCGCATGGAC‑AATACGGGGGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTGGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTCTCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGa < 1:138856/149‑1 (MQ=255) gattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGAc < 1:312525‑M1/134‑1 (MQ=255) gCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACa > 1:324671/1‑149 (MQ=255) ttaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACAt < 2:547431‑M1/136‑1 (MQ=255) ttaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATCTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACAt > 1:604276‑M1/14‑149 (MQ=255) aTGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAACGCACTGCCGGACATc > 1:67143/1‑149 (MQ=255) | GGTGCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGAC‑AATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCT > CP009273/1045087‑1045376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |