| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1973115 = | 6 (0.170) | 30 (0.870) | 22/270 | NT | 83.3% | intergenic (‑661/‑119) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein |
| ? | CP009273 | = 3577555 | NA (NA) | intergenic (+15/‑1) | insB1/yrhA | IS1 transposase B/pseudogene, interrupted by IS1E | |||||
TTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTG > CP009273/1972971‑1973255 | gtAAACACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATc < 2:526911/148‑1 (MQ=255) aaaTACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGattaat < 1:106576/143‑1 (MQ=255) gtataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTAc > 2:623188‑M1/140‑149 (MQ=255) ataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctccaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatccggcattatctgaacataaaacactatcaatacgttggagtcattcccTTATCt < 1:440865‑M1/6‑1 (MQ=255) gaaagGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACTTTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatg > 2:337634‑M2/1‑142 (MQ=255) gaaagGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatg < 2:296813‑M2/149‑8 (MQ=255) cctgacgctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTAc > 1:429092‑M1/134‑143 (MQ=255) ctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACt < 1:36097‑M1/11‑1 (MQ=255) ggCAACCATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGAGTGATTAATTATCTTTAggtga > 1:61097‑M2/1‑138 (MQ=255) ggCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtga > 1:435536‑M2/1‑138 (MQ=255) gCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGa < 2:4693/149‑1 (MQ=255) tgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTATTATTAATCAGACTa < 2:487474‑M1/24‑1 (MQ=255) acaaTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATACGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGGTTGATTATTTATCTTTAggtgatcct < 1:576717‑M2/143‑10 (MQ=255) gaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTaa < 2:99978‑M1/25‑1 (MQ=255) aaTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCAATTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgc < 1:374059‑M2/143‑12 (MQ=255) tCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCCCCGAGCGAGCTGGATTAATTATCTTTAggtaatgctgccagcttac < 2:432860‑M2/149‑20 (MQ=255) aaCTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactg > 2:5226‑M2/1‑128 (MQ=255) tgttaatgAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactga < 1:79900‑M2/143‑23 (MQ=255) taatgAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATAAGACTAATATTTACCTGTTTGa > 2:336652/1‑149 (MQ=255) tgAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga < 2:427750‑M2/149‑35 (MQ=255) tgAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga < 2:551567‑M2/149‑35 (MQ=255) gAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtctcgt < 2:300288‑M2/149‑36 (MQ=255) cggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTggg < 2:509610‑M1/50‑1 (MQ=255) tcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagtgggaggcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTtgga < 1:380736‑M1/50‑2 (MQ=255) cgctgtcgttctgaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGa > 1:400987‑M1/93‑143 (MQ=255) cgctgtcgttctcaaaatcggtgtagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGa > 1:521668‑M1/93‑143 (MQ=255) cgctgtcggtcgcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcagcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgt > 2:420229‑M1/93‑149 (MQ=255) gctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcataacaaagtcatcgggcattacctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATCATCTGTCTAATATTTACTTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgtc > 2:285041‑M1/92‑149 (MQ=255) gctgtcgttctcaaaatcgggggggctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgtc > 2:287521‑M1/92‑149 (MQ=255) atTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCCAGTTGGGATTg > 1:176974/1‑143 (MQ=255) ttAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttct < 2:589605‑M2/149‑53 (MQ=255) ttAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:270949‑M2/1‑97 (MQ=255) ttAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGAGCACCGGGAGTGATTGATTAGTTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtattatggtgtttttga > 1:79380‑M2/1‑97 (MQ=255) tAACCTCTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgac < 1:399450‑M2/143‑48 (MQ=255) cACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatctagtgtatgatggtgtgtatgaggttctccagt < 2:345042‑M2/149‑58 (MQ=255) aCTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTGGGGATTGCGGCGTTTGTCCa > 2:291205/1‑149 (MQ=255) caaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaaaaagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGGTTGCGTCGTTtc < 1:350376‑M1/63‑1 (MQ=255) atcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATATTCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGa > 2:337826‑M1/77‑149 (MQ=255) atcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGa > 2:64987‑M1/77‑149 (MQ=255) atcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGa > 2:615965‑M1/77‑149 (MQ=255) atcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGa > 2:589397‑M1/77‑149 (MQ=255) aacggttgagctgcatcacaaaggcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaatatgttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAAAATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGa > 2:280341‑M1/77‑149 (MQ=255) aaTGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggc > 1:245586‑M2/1‑83 (MQ=255) gtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAg > 1:127488‑M1/73‑143 (MQ=255) catgacaaacgcatctggcattagctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAAt > 2:491012‑M1/64‑149 (MQ=255) cacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTc > 2:109735‑M1/61‑149 (MQ=255) tATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGGGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcct < 2:394053‑M2/149‑87 (MQ=255) tcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCt < 1:241563‑M1/93‑1 (MQ=255) ggcattatctgaacataaaacactatcaataggtttgagtcatgaccTTATCTTTACTAATAATAAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATGGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTaaagctttaatgtcgactgaccttgac < 2:127393‑M1/102‑14 (MQ=255) attatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGtt > 1:474303‑M1/45‑143 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTcaca < 1:19574‑M1/103‑1 (MQ=255) ttGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactga < 1:338636‑M2/143‑100 (MQ=255) acatcaaacactatcaaaaagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAAc > 2:273769‑M1/36‑149 (MQ=255) ttATATGATTCCCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTa < 2:68215/149‑1 (MQ=255) tataTGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtg > 1:264174‑M2/1‑37 (MQ=255) agcacCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggca > 2:96149‑M2/3‑31 (MQ=255) tCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgacggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggca < 2:579363‑M2/149‑120 (MQ=255) tCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCtat < 2:613030/149‑1 (MQ=255) aataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGa > 1:437582‑M1/21‑143 (MQ=255) aataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCtata < 2:383058‑M1/129‑1 (MQ=255) tcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTg < 2:576855‑M1/141‑1 (MQ=255) atgaattaTCGTTAggtgatgctgccaatttactgatttagtgtatcatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcactgc > 1:299956‑M2/1‑14 (MQ=255) | TTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTG > CP009273/1972971‑1973255 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |