| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP009273 | = 2298494 | 109 (1.560) | noncoding (599/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | |||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCT > CP009273/2298340‑2298611 | tCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATACGGCGGGTCCGCCGCA < 2:1083294‑M2/149‑1 (MQ=255)tCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTAGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCA > 1:1075822‑M2/1‑149 (MQ=255) ccttAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGCATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAAc < 1:741997/146‑1 (MQ=17) ccGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTGGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCcac < 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tCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAAc < 1:1147650/149‑1 (MQ=35) tCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCCCTACACCGCTGTGAAGTGCCCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGCTACGCCGCCCCCAACATCTAAc > 2:188806/1‑149 (MQ=11) tCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGCTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCTCTGTGAAGTGCCCCTCCCCGTAGGTTGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCAACctacggg > 1:962370‑M2/1‑142 (MQ=255) tCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAACCCGGTTGCCTGATGCGACGCCGGCGCGCCTCATCACCCCAACACCGCAGAGAAATACACCACCCCGCAGGACGAAAAAGGCGCTCACGCCGCATCCAACACCTAAc > 1:111192/1‑149 (MQ=2) tCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCAGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACTGCTGTGACGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATCAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAAc < 1:758377/149‑1 (MQ=255) 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1:1166824/1‑148 (MQ=17) tCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATc > 2:158374/1‑149 (MQ=255) ccACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCGCGAGGCGGTTGACTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGACACATCCGGCATGGCATGCTGGGTGTGGGGTATCGTTACAACGCAatatgc > 1:134834/1‑147 (MQ=18) ccACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATcc > 1:1068310/1‑149 (MQ=255) ccACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATcc > 2:304512/1‑149 (MQ=255) cccGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcatcaggcaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtggccgccttatccga < 1:1083294‑M2/149‑113 (MQ=255) cccGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcatcaggcaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccga < 1:611154‑M2/149‑113 (MQ=255) cccGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCa < 1:613238/149‑1 (MQ=255) cccGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCa < 2:1093192/149‑1 (MQ=255) cccGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAACCGGTTGCCTGCTAGGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCAGATGTGGGTTATCATTACAACGCAATCTCCGCCa > 1:591702/1‑149 (MQ=25) cccGGAGGTTGGATACGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTACCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCa < 2:817472/149‑1 (MQ=255) cGTCGGTTGTACAAGGCGATTACGCCGCTTCCAACATCTAACGCTCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCAct < 2:1054545/149‑1 (MQ=37) aGGTTGGATAAGGCGGTTCCGCCGCATCCAACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCActtct < 2:942060/149‑1 (MQ=255) | TCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCT > CP009273/2298340‑2298611 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |