| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,184,968 | A→C | K1242Q (AAG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,184,968 | 0 | A | C | 98.7% | 533.9 / NA | 150 | K1242Q (AAG→CAG) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base C (57/89); minor base G (0/2); total (57/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ATTCATCCAGCGTGCGTACGATCTGGGCGCTGACGTTCGTCAGAAAGTTGACCTGAGTACCTTCAGCGATGAAGAAGTTATGCGTCTGGCTGAAAACCTGCGCAAAGGTATGCCAATCGCAACGCCGGTGTTCGACGGTGCGAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGATCCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCAGCATACACCCTGCAGGAAATGCTCACCGTTAAGTCTGATGACGTGAACGGTCGTACCAAGATGTATAAAAACATCGTGGACGGCAACCATCAGATGGAGCCGGGCATGCCAGAATCCTTCAACGTATTGTTGAAAGAGATTCGTTCGCTGGGTATCAAC > NC_000913/4184673‑4185252 | ttCATCCAGCGTGCGTACGATCTGGGCGCTGACGTTCGTCAGAAAGTTGACCTGAGTACCTTCAGCGATGAAGAAGTTATGCGTCTGGCTGAAAACCTGCGCAAAGGTATGCCAATCGCAACGCCGGTGTTCGACGGTGCGAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGATCCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACCAGATg > 1:15108/1‑300 (MQ=255) cgtACGATCCGGGCGCTGACGTTCGTCAGAAAGTTGACCTGAGTACCTTCAGCGATGAAGAAGTTATGCGTCTGGCTGAAAACCTGCGCAAAGGTATGCCAATCGCAACGCCGGTGTTCGACGGTGCGAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGATCCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACCAGATGCACGCGCGTTcaa > 1:670487/1‑298 (MQ=255) aTCTGGGCGCTGACGTTCGTCAGAAAGTTGACCTGAGTACCTTCAGCGATGAAGAAGTTATGCGTCTGGCTGAAAACCTGCGCAAAGGTATGCCAATCGCAACGCCGGTGTTCGACGGTGCGAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGATCCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACCAGATGCACGCGCGTTCCACCGGttt > 1:1019883/1‑300 (MQ=255) gggCGCTGACGTTCGTCAGAAAGTTGACCTGAGTACCTTCAGCGATGAAGAAGTTATGCGTCTGGCTGAAAACCTGCGCAAAGGTATGCCAATCGCAACGCCGGTGTTCGACGGTGCGAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGATCCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCCCCTGGTCGACGACCAGATGCCAGCGCGTTCCACCGGTTCTTa > 1:45440/1‑300 (MQ=255) 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tATGCCAATCGCAACGCCGGTGTTCGACGGTGCGAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGATCCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACCAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTTCTTAc < 2:15108/217‑1 (MQ=255) aTGCCAATCGAAAAGCCGTGGTTCGACGGTGCGAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGATCCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACCAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAg < 1:83534/301‑1 (MQ=255) ccGGTGTTCGACGGTGCGAAAGAAGCAGAAATTAAAGAGCTGCTGAAACTTGGCGACCTGCCGACTTCCGGTCAGATCCGCCTGTACGATGGTCGCACTGGTGAACAGTTCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACCAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCAGCAt < 1:619459/301‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |