| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB122 | 3,312,451 | A→C | 37.5% | L251R (CTG→CGG) | cynR_3 ← | HTH‑type transcriptional regulator CynR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB122 | 3,312,451 | 0 | A | C | 37.5% | 18.9 / 7.0 | 38 | L251R (CTG→CGG) | cynR_3 | HTH‑type transcriptional regulator CynR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/9); new base C (5/9); total (19/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
AAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGCTCC > ACB122/3312331‑3312576 | aaGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCGCGATGCGCTTGCCCGCCACCGACCACGGCCgg > 8:156212/1‑135 (MQ=255)aaGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCGAGATGAGCTTTCCCTCCAGCCCCCAccgccgc > 6:302334/1‑134 (MQ=255) ttGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCCCGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCCCCGTCTCGCTGCGCTTGCCCGCCCGCGACCCCGGCCGGTGcccc > 4:218261/1‑135 (MQ=255) ttGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGGAcc > 3:263125/1‑135 (MQ=255) ttGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGACTAGATTCGCATGCCCTCCAGCGACCACCGCCCGTGCAcc > 3:307034/1‑135 (MQ=255) cccACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAAGGCCCGTCCCCGGGCCCAGGCCACCCCCACGCTCCTCGGCGTGACCGGGGCGCTGAGGGGCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCCCCCGCGCCCACGGCCGGTGCACCAgg < 6:11070/133‑1 (MQ=255) cGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCGCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGCCCACGGCCGGGGCACCCGGTCCgc > 6:257124/1‑134 (MQ=255) cTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCCCCGGCTCGCTGCGCTTGCCCGCCCGCGCCCACCGCCCGTGCCCCAGGGCCGACAg > 2:365691/1‑135 (MQ=255) gggCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCAAACCACACGCTAATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCCCCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGCCCACGGCCGGTGCCCCAGGTCCGCCAGGATCGCCCCt > 8:303562/1‑135 (MQ=255) gggCTGAATGCCCGTGCCCGGGCCCAGCCCAACCCCACGCGCAGCGGCGTGACGGGGTCGCTGATGGTCACCGGCTCGAGGCGCTTGCCCTCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACt < 3:28937/135‑1 (MQ=255) 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cGTGACCGGGTCGCTGATGGCCACGGGCTCGATGCGCTGGCCCTCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 3:136701/135‑1 (MQ=255) cGTGACCGGGGCGCTGATGGCCCCGGGCTCGATGCGCTTGCCCGCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 3:11581/135‑1 (MQ=255) cGTCACCGGGTCGCGGAGGGGCCCCGTCTCGAGGCGCTTGCCCTCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 7:28986/135‑1 (MQ=255) cggTCTGGAGGCGCTTCCCCTCCGGCCTCCACGGCCGGTGCACGAGGTGCGACAGTATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACGATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTTCGCACCCTTACTCTTGGCCGtt < 8:128146/133‑1 (MQ=255) ctcGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGccc < 1:84672/135‑1 (MQ=255) ctcGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGccc < 4:263125/135‑1 (MQ=255) ctcGAGGCGCTTCCCCTCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGccc < 1:22193/135‑1 (MQ=255) tGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCt < 1:81888/135‑1 (MQ=255) cgcTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGc < 1:123521/135‑1 (MQ=255) ttGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGCTcc < 8:90667/135‑1 (MQ=255) | AAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGCTCC > ACB122/3312331‑3312576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |