Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | ACB122 | 3,652,041 | A→T | 15.5% | N294K (AAT→AAA) | cntA ← | Metal‑staphylopine‑binding protein CntA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | ACB122 | 3,652,041 | 0 | A | T | 15.5% | 133.5 / 4.5 | 61 | N294K (AAT→AAA) | cntA | Metal‑staphylopine‑binding protein CntA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/19); new base T (8/2); total (40/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTGACGTCGTATACGCCACTCACCACCGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGTTGCGTGGCCACAGGATGTCGACCTTGCCTTGCAGGA > ACB122/3651910‑3652174 | gtgACGTCGTATACGCCACTCACCACCGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTg < 8:259195/135‑1 (MQ=255) gACGTCGTATACGCCACTCACCACCGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTggg < 8:185820/135‑1 (MQ=255) aCGTCGTATACGCCACTCACCACCGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTgggg < 3:208240/135‑1 (MQ=255) tataCGCCACTCACCACCGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGCGGGGTTTTGGGGtgagg > 5:333723/1‑131 (MQ=255) tataCGCCACTCACCACCGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTTTTGGGGTAGAgg > 4:199567/1‑135 (MQ=255) tataCGCCACTCACCACCGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTgggg < 1:87342/129‑1 (MQ=255) tataCGCCACTCACCACCGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTgggg > 2:87342/1‑129 (MQ=255) tataCGCCACTCACCACCGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCGTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTTTTGGGGGaggcg > 1:356155/1‑132 (MQ=255) tCACCACCGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCg > 3:168990/1‑135 (MQ=255) tCACCACCGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGGTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCg > 4:49416/1‑135 (MQ=255) ccaccGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTTTTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGc > 6:155767/1‑135 (MQ=255) ccaccGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTTGGGTAGCGGGTGATCGCCCGGc > 5:346676/1‑135 (MQ=255) ccaccGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGc > 4:307384/1‑135 (MQ=255) gAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAg > 6:73237/1‑135 (MQ=255) gAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGGCGTTGG‑GGGGTTTGGGGGTGAGGGTTATACCCGGGGCGGGCAg > 5:17954/1‑135 (MQ=255) aaCGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGc < 6:200344/135‑1 (MQ=255) aCGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGATGGTCATCGCCGGGCCTGGCAGc > 6:330161/1‑134 (MQ=255) aCGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCAACGCCGGGCCTGGCCGc > 5:117436/1‑134 (MQ=255) aCGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGACCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGc > 6:149113/1‑134 (MQ=255) aGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCGGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACg < 3:138153/135‑1 (MQ=255) tgtAGACGGTGGGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGGCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGctct < 6:187585/135‑1 (MQ=255) cggggggcgcGTAGGTGGGCCGGTCGAGGGCCGGCTGCCGCGCCAGGCGCAGGTGGCGGTCAGCGAGCAGGCGGTCGTGGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGCCAGCGAACGGCTCTGGATgg < 6:235000/129‑1 (MQ=255) 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gcgcGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATgg > 1:36427/1‑129 (MQ=255) gcgcGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATgg < 2:36427/129‑1 (MQ=255) gcgcGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCgcgc > 8:289160/1‑135 (MQ=255) gcgcGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCgcgc > 5:161359/1‑135 (MQ=255) gcgcGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCgcgc > 7:302869/1‑135 (MQ=255) gcgcGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCGCTGGATGGTCgcgc > 4:51034/1‑135 (MQ=255) 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cAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCGTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGaa > 3:251242/1‑135 (MQ=255) ggCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACg > 8:243497/1‑135 (MQ=255) gcACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCTGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGt < 1:131771/135‑1 (MQ=255) gcACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGCACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCGTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGt > 5:267789/1‑135 (MQ=255) gcACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGt > 3:63368/1‑135 (MQ=255) cGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGTTGCGTGGc < 4:231641/135‑1 (MQ=255) ggTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCGTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGTTGCGTGGcc < 5:34516/135‑1 (MQ=255) ggTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGTTGCGTGGcc < 3:341923/135‑1 (MQ=255) ggTCACCGAGCAGGCGGGCGTTGC‑GGGTTTTGGGGTAGAGGTGCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGTTGCGTGGcc < 5:232341/135‑1 (MQ=255) cggCGGTCGTTGC‑GGGTTTTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGTTGCGTGGCCACAGGATGTCg < 4:204062/134‑1 (MQ=255) gggcGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGTTGCGTGGCCACAGGATGTCGAcct < 2:376201/132‑1 (MQ=255) gTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGTTGCGTGGCCACAGGATGTCGAcctt > 3:160630/1‑135 (MQ=255) ttGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGTTGCGTGGCCACAGGATGTCGAccttgcct < 5:199354/135‑1 (MQ=255) tggC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGTTGCGTGGCCACAGGATGTCGAccttgcct < 3:307384/133‑1 (MQ=255) tATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGTTGCGTGGCCACAGGATGTCGACCTTGCCTTGCAGGa < 4:1816/135‑1 (MQ=255) | GTGACGTCGTATACGCCACTCACCACCGGGAACGCAGTGTTGTAGACGGTGTGCGCGTAGCTGGTGCGGTCGATGGCCTTCTGCAGCGCCAGGCGCACTTGGCGGTCACCGAGCAGGCGGTCGTTGC‑GGGTATTGGGGTAGAGGTTCATCGCCGGGCCTGGCAGCGAACGGCTCTGGATGGTCGCGCCCTTGGACTGAAACAGCTGCAGGTCAACTTCCGAGAACGGGTTGCGTGGCCACAGGATGTCGACCTTGCCTTGCAGGA > ACB122/3651910‑3652174 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |