Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | ACB122 | 3,957,251 | G→A | 100% | P133L (CCG→CTG) | dmlR_13 ← | HTH‑type transcriptional regulator DmlR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | ACB122 | 3,957,251 | 0 | G | A | 96.9% | 224.1 / ‑2.1 | 65 | P133L (CCG→CTG) | dmlR_13 | HTH‑type transcriptional regulator DmlR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (28/34); total (30/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CGTGGGTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGCCGCGAGG > ACB122/3957123‑3957381 | cGTGGGGGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCgg < 1:192549/135‑1 (MQ=255) tGGGTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCgggg < 4:349155/135‑1 (MQ=255) gggTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGt > 5:178114/1‑135 (MQ=255) gggTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGt > 5:152741/1‑135 (MQ=255) gggTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGt > 6:5642/1‑135 (MQ=255) gggTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGt > 1:204812/1‑135 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGtt < 3:161563/134‑1 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTg > 7:73414/1‑135 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTg > 1:63531/1‑135 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTg > 2:160743/1‑135 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTg > 8:87324/1‑135 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTg > 3:334164/1‑135 (MQ=255) gtgtCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCAAGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTg > 8:247126/1‑135 (MQ=255) cAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTg < 8:128895/135‑1 (MQ=255) aGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGTGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGGCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTg < 3:6575/134‑1 (MQ=255) aGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTg > 3:94566/1‑134 (MQ=255) 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tGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGc > 8:285279/1‑135 (MQ=255) tGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGc > 3:82739/1‑135 (MQ=255) tGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGGCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGc < 1:196156/135‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACTTCAAGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGTGTTGCGCTGCTACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 7:247126/135‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCTGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 6:178114/135‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 1:160743/135‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 5:228727/135‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 1:40360/135‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAg < 4:224584/135‑1 (MQ=255) ccGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCa < 5:104036/135‑1 (MQ=255) aCGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTg < 6:378181/50‑1 (MQ=255) aCGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTg > 5:378181/1‑50 (MQ=255) cGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCg < 8:207242/135‑1 (MQ=255) cGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCg < 6:136230/135‑1 (MQ=255) cGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCg < 1:213441/135‑1 (MQ=255) cGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCg < 5:97372/135‑1 (MQ=255) cGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCg < 4:270540/135‑1 (MQ=255) cGGTGATCACCACGTCATGCCCTGCGGCCAGCAGGGCGGGGTGGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCCCTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCg < 6:302410/135‑1 (MQ=255) cGGGGAGCACCACGTCAGGCCCTTCGGCCAGCAGGGCGGGGGTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAACGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCg < 1:155038/135‑1 (MQ=255) accacGTCATGCCCTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTg > 8:128145/1‑134 (MQ=255) ccacGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGc > 5:61105/1‑134 (MQ=255) ccacGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGc > 5:147585/1‑134 (MQ=255) ccacGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGc > 4:108749/1‑134 (MQ=255) ccacGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGc > 1:371997/1‑134 (MQ=255) ccacGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGc > 2:327363/1‑134 (MQ=255) ccacGTCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGAT‑‑CCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCaaa > 1:163498/1‑135 (MQ=255) tCATGCCCTTCGGCCAGCCGGTCGGGGGTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGc < 6:327729/135‑1 (MQ=255) tCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGc < 2:204812/135‑1 (MQ=255) tCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGc < 1:135307/135‑1 (MQ=255) tCATGCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGc < 5:115527/135‑1 (MQ=255) aTGCCCTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCAGCAGCAACAGCCCCCTGCCGTACGGGCAGTGCAAAc > 5:50012/1‑131 (MQ=255) gCCCTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGAt > 8:94520/1‑135 (MQ=255) cTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGc < 4:94566/135‑1 (MQ=255) cTTCGGCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGc < 5:343977/135‑1 (MQ=255) gCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGcc < 5:168629/71‑1 (MQ=255) gCCAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGcc > 6:168629/1‑71 (MQ=255) ccAGCAGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGCCGCGAg > 3:367632/1‑135 (MQ=255) cagcagGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGCCGCGAgg < 8:276880/135‑1 (MQ=255) | CGTGGGTGTCCAGGTAGCCGGGGGCCGCGCAGGGGATGCTGAAAATATTGCCCAGCGGCACAGCGATCAGTTGCGAATCCGGCAGCGCACCGTCCACGGTGATCACCACGTCATGCCCTTCGGCCAGCGGGTCGGGGTTGCGCTGCGACAGCGTCAGCTCGATCACCACTTCCGGGTAAAGCATGTTGTAGCCGGCCACCAGCGGCATCAGCAACAGCCCCATGCCGTGCGGGCAGTGCAAACGCAGATGGCCGCGAGG > ACB122/3957123‑3957381 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |