Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | ACB122 | 3,238,596 | C→A | 6.2% | intergenic (‑45/‑171) | CJ019_03036 ← / → xerC_2 | hypothetical protein/Tyrosine recombinase XerC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | ACB122 | 3,238,596 | 0 | C | A | 6.2% | 184.8 / 3.5 | 65 | intergenic (‑45/‑171) | CJ019_03036/xerC_2 | hypothetical protein/Tyrosine recombinase XerC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/33); new base A (2/2); total (30/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 |
AACTGCCACCCAGGAAGAACGGGCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGTATGTCGTTTTGACTTGCTTCAGGGTTTGCCTG > ACB122/3238470‑3238727 | aacTGCCACCCAGGAAGAACGGGCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCg > 7:334009/1‑135 (MQ=255) acTGCCACCCAGGAAGAACGGGCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGt < 8:250546/135‑1 (MQ=255) gCCACCCAGGAAGAACGGGCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTg > 8:422755/1‑133 (MQ=255) ccACCCAGGAAGAACGGGCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCa > 6:410604/1‑135 (MQ=255) ccACCCAGGAAGAACGGGCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCa > 6:210513/1‑135 (MQ=255) cccAGGAAGAACGGGCGAAAACTCCGGCTCCAGACGGCTTGGCGTTGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGtt < 1:197311/135‑1 (MQ=255) cccAGGAAGAACGGGCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGtt < 6:407851/135‑1 (MQ=255) gaaCGGGCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGcc < 8:372690/135‑1 (MQ=255) gaaCGGGCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGcc < 7:422755/135‑1 (MQ=255) gaaCGGGCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCGTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGcc < 8:109050/135‑1 (MQ=255) aaCGGGCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGccc < 8:262122/135‑1 (MQ=255) aCGGGCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCt < 2:53710/135‑1 (MQ=255) gCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGa > 2:448210/1‑134 (MQ=255) gCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCACTTGa > 6:21642/1‑134 (MQ=255) gAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATAACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAata > 5:33894/1‑135 (MQ=255) gAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATAACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAat > 3:385485/1‑134 (MQ=255) aaaaCTCCGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGCTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAatat < 5:354752/135‑1 (MQ=255) aaaaCTCATGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAatat < 7:463037/135‑1 (MQ=255) ggCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTg < 8:82870/134‑1 (MQ=255) tCCCGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGTGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATgg < 8:409486/135‑1 (MQ=255) gACGGCGTGGCGGGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACt < 1:148706/135‑1 (MQ=255) aCGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACtt < 7:225534/135‑1 (MQ=255) ggcgtgggcgtgAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAggg > 1:415385/1‑135 (MQ=255) gcgtgggcgtgAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAgg < 1:70153/116‑1 (MQ=255) gcgtgggcgtgAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAgg > 2:70153/1‑116 (MQ=255) tgggcgtgTAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCg < 5:410604/135‑1 (MQ=255) tgggcgtgAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATAACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCg < 4:385485/135‑1 (MQ=255) tgggcgtgAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATAACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCATTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCg < 6:33894/135‑1 (MQ=255) ggcgtgAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGaa < 1:448210/135‑1 (MQ=255) gtgAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATg > 7:317880/1‑134 (MQ=255) gAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGaca < 8:317880/135‑1 (MQ=255) gTTGCAAGAGCATGGGGAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGtt < 5:382272/135‑1 (MQ=255) gTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGtt > 3:440540/1‑135 (MQ=255) gTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGtt < 8:334009/135‑1 (MQ=255) gTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTAGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGtt < 2:285662/135‑1 (MQ=255) gTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTGCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGtt < 5:451870/135‑1 (MQ=255) aaGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCgg > 1:38722/1‑134 (MQ=255) aaGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCgg > 4:130638/1‑134 (MQ=255) aaGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCgg > 1:299157/1‑134 (MQ=255) cTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCtt > 5:174249/1‑134 (MQ=255) ttGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTc > 1:286505/1‑123 (MQ=255) ttGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTc < 2:286505/123‑1 (MQ=255) ttGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTg < 3:224244/134‑1 (MQ=255) ttGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTg < 2:299157/134‑1 (MQ=255) ttGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGt > 3:443961/1‑135 (MQ=255) ttGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGt > 7:276539/1‑135 (MQ=255) ttGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGt > 7:138654/1‑135 (MQ=255) ttGGTGCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGt < 5:159923/135‑1 (MQ=255) cAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGtt > 5:257962/1‑42 (MQ=255) cAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGtt < 6:257962/42‑1 (MQ=255) cAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGTATGTCGttt > 8:12014/1‑134 (MQ=255) aGTATGCTTGAATTGGTGTACGATCACGAGCCGTGCCAGTTGCAAAGCCGTTGAATATCCAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGTATGTCGTTTTg < 1:304076/135‑1 (MQ=255) aGTAGGCTGCAATTGGGGTAAGATCCCGATCCGTGCCAGTTGCACAGCCCGTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGTATGGCGTTTTg < 6:7563/135‑1 (MQ=255) aaTTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGt < 4:443095/72‑1 (MQ=255) aaTTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGt > 3:443095/1‑72 (MQ=255) aaTTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGTATGTCGTTTTGACTTGCTTCa > 7:39736/1‑135 (MQ=255) aaTTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGTATGTCGTTTTGACTTGCTTCa > 4:97385/1‑135 (MQ=255) aaTTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGTATGTCGTTTTGACTTGCTTCa > 6:302202/1‑135 (MQ=255) aaTTGGGGTAAGATCACGATACGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGCCACTTATCAGGGTCAGAATGACAAGCGTGTGTTGCTGTCATTAAGACTGGCTATTATGTCGTTTTGAGTTGCTTCa > 1:309924/1‑135 (MQ=255) aTTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGTATGTCGTTTTGACTTGCTTCAg < 6:341121/135‑1 (MQ=255) aTTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGTATGTCGTTTTGACTTGCTTCAg < 8:358643/135‑1 (MQ=255) aGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGTATGTCGTTTTGACTTGCTTCAGGGTTTGCCt > 3:339078/1‑135 (MQ=255) aGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGTATGTCGTTTTGACTTGCTTCAGGGTTTGCCt > 2:284135/1‑135 (MQ=255) aGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGTATGTCGTTTTGACTTGCTTCAGGGTTTGCCt > 3:233439/1‑135 (MQ=255) gATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGTATGTCGTTTTGACTTGCTTCAGGGTTTGCCTg < 1:117175/135‑1 (MQ=255) | AACTGCCACCCAGGAAGAACGGGCGAAAACTCAGGCTCCAGACGGCTTGGCGTGGGCGTGAAGCAGTGGGTTGCAAGAGCATGGGCAGTCCTTGGTTCGTTCAGTAGGCTTCAATTGGGGTAAGATCACGATCCGTGCCAGTTGCAAAGCCCTTGAATATCAAGGTGATGGCACTTATCAGGGTCCGAATGACACGCGTGTGTTGCGGTCATTCAGACTGGCTTGTATGTCGTTTTGACTTGCTTCAGGGTTTGCCTG > ACB122/3238470‑3238727 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |