| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB122 | 3,312,451 | A→C | 46.7% | L251R (CTG→CGG) | cynR_3 ← | HTH‑type transcriptional regulator CynR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB122 | 3,312,451 | 0 | A | C | 46.7% | 14.5 / 16.5 | 62 | L251R (CTG→CGG) | cynR_3 | HTH‑type transcriptional regulator CynR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/17); new base C (12/18); total (27/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACGCATCATGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGCTCCCA > ACB122/3312319‑3312578 | aaCGCATCATGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCacc > 4:21857/1‑133 (MQ=255) gCATCATGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCACCGAc > 4:348287/1‑135 (MQ=255) catcatGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGAcc < 3:179199/135‑1 (MQ=255) atGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGCTGCGCTTGCCCTCCAGCGACCAccg > 2:291554/1‑133 (MQ=255) gTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTGGCCCTCCCGCGACCACGGCCGGTg < 3:361448/135‑1 (MQ=255) gcgcACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCCCCAg > 4:51682/1‑135 (MQ=255) cccGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCGCGTGCCGGGTGCCCGGCCAACCCCACCCTCAGCGGCGTGACGGGGGCGCTGTTGGGCACCGGGTCGAGGGGCTGGCCCTCCAGCCACCACGGCCGGTGCACCAGGTcc < 3:348287/134‑1 (MQ=255) cGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGCTGGTCACCGTCTCGCTGCGCTTGCCCGCCCGCGCCCCCCGCCGGGGCCCCCGGTCCgc > 2:209585/1‑134 (MQ=255) cGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATTGTGCCCGGATCGCAGCGGTTGCCCACCAGCGACCAAGGCCGGTGCACCCGGGCCg > 8:192239/1‑134 (MQ=255) cTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCCGCGCCCACCGCCGGTGCCCCAGGTCCGACAg > 6:315850/1‑135 (MQ=255) gCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGGTGGTGCCCGTCTCGATGCGCTTGCCCGCCCGCGCCCACCGCCCGGGCCCCAGGTCCGGCAGGa > 1:453705/1‑135 (MQ=255) gggCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTGACCGGCTCGCTGGGCTTGGCCGCCCGCGGCCACGGCCGGTGCACCCGGGCCGCCCGGCTCGCCCCt > 1:358785/1‑135 (MQ=255) gggCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGc < 8:233363/111‑1 (MQ=255) gggCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGc > 7:233363/1‑111 (MQ=255) ggCTGATGGCCCGTTCCCGGTGCCCGGCCAACCCCAGGCCCATCGGCGTGCCGGGGTCGCTGAGGGCCACCGCCTCGAGGCGCTGGCCCGCCCCCGCCCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTc < 7:425850/135‑1 (MQ=255) cTGAATGCCCGTTCCCGGGGCCAGGCCACCCCCCCGCTCATCGGCTTCACGGGGGGGTTGGTGGTCCCCGGCGCGTGGCGCTGGCCCCCCCGCCCCCACGGCCGGGGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCg < 2:67597/135‑1 (MQ=255) ggCCCGTTCCCGGGCCCAGGCCAACCCCCCGCTCATCGGCGTGACCGGGGCGCTGATGGTCACCGGCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCCACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGcc < 2:16437/134‑1 (MQ=255) gCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCCGCGCCCACGGCCGGTGCCCCAGGTCCGACAGGCTCGCCCCTCCGCTGccc > 7:67386/1‑134 (MQ=255) cccgcccccGGGCCCAGGCCAACCCCACGCTCCCCGGCGGCACGGGGGCGCGGAGGGGCACCGGCTCGAGGCGCTTCCCCGCCAGCCACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCAt < 4:12550/129‑1 (MQ=255) cccGTTCCCGGGGCCAGGCCAACCCCACCCTCTGCGGCGTGCCCGGGTCGCTGAGGGGCACCGTCGCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGGCCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCAt < 6:142099/135‑1 (MQ=255) gtgcccGGTGCCAGGCCACCCCCCCGCTCAGCGGCGTGACGGGGTCGCTGAGGGTCACCGTCGCGATGCGCTTCCCCCCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTgg < 4:311545/132‑1 (MQ=255) tCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACAGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATAGCCCCTCAGCTGCCCATGGCg > 6:373287/1‑135 (MQ=255) cccGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCGGATGGTCACCGTCTAGATGCGCTTGCCCTCCCGCGCCCCCGGCCGGTGCACCAGGTACGACACGATCGCCACTCCGCAGCCATTGGcca > 2:52988/1‑133 (MQ=255) cGGTGCCCGGCCACCCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGGCCCCGTCTCGAGGCGCTTGCCCGCCAGCCACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGAcc < 2:257501/135‑1 (MQ=255) cGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGGCGCTGATGGGCACCGTCTCGAGGCGCTGGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGAcc < 7:2821/135‑1 (MQ=255) cAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGCTGCGCTTGCCCTCCCGCGCCCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGCCAGGATCGCCACACCGCTGCCATTGGCGACCAtgctg > 7:331968/1‑135 (MQ=255) ggCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGCTGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCCCCACGGCCGACAGGATCGCCCCTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTgcg > 6:214740/1‑135 (MQ=255) gcccACCCCCCCGCCCAGCGGGGGGCCCGGGGCGCGGATGGGCCCCGGCTCGATGCGCTGGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTgcg < 5:130550/133‑1 (MQ=255) gcccAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGAGGGTCACCGTCGCGAGGCGCTTGCCCTCCACCGACCACGGCCGGTGCACCAGGGCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGACATTGGCGACCATGCTgcg < 7:247941/133‑1 (MQ=255) cAACCCCCCGCGCATCGGCGTGCCCGGGGCGCTGAGGGGCACCGGCTCGAGGCGCTGGCCCCCCCGCCACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCAc < 3:25433/135‑1 (MQ=255) ccACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCCCTCCGCTGCCATTGGCGCCCAAGCTGCGCACGGCCt > 6:450156/1‑135 (MQ=255) ccACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGGCGCGCTGCGCATGCCCTCCCGCGACCACGCCCGGGGCCCCCGGGCCCCCAGGCTCGCCCCGCCGCTGCCATTGGCGCCCCTGCTGCGCCCGGccg > 5:149505/1‑134 (MQ=255) acACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCTCTGATGGCCACCGTCTCGTTGCGGTTCCCCTCACCCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCt < 4:283349/134‑1 (MQ=255) cACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATTGTCACCCTGTAGAAGCGCTAGCCCACCACCGCCCACGGCCGGTGGCCCAGGGCCGCCAGGCACTCCACTCCCCAGCCAATGGCGACCCAGCAGCGCAAggacgc > 8:184086/1‑131 (MQ=255) tCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCAATTGCCACCATTCTGCGCACGGCCTCCCCCg > 2:441464/1‑135 (MQ=255) tCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCGCCAGCGCCCCCGGCCGGTGCCCCAGGGCCGCCACGATCGCCCCGCCGCTGCCCTTGGCGCCCCTGCTGCGCCCGGCCTCccccc > 5:117465/1‑134 (MQ=255) ggCGTGACCGGGTCGCTGTTGGTGACCGGCTCGGTGCGCTTGCGCGCCACCGCCCCCCGCCCGTGCCCCACGGCCCCCACGATCGCCCCACCGCGGCCATTGGCGCCCCTGCAGCGCCCGGCCGCccccccgcag > 6:264724/1‑129 (MQ=255) ggCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTg > 8:304099/1‑135 (MQ=255) cttcaCCGGGTCGCTGATGGTCCCCTTCTCGATGCGCTGGCCCTCCAGCGACCAGGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 1:52988/131‑1 (MQ=255) cgggcccGGGGCGCTGAGGGCCCCCGCCTCGATGCGCTGCCCCTCCCCCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 1:314394/130‑1 (MQ=255) cgggACGGGGGCGCGGATGGGCACCGTCGCGATGCGCTTGCCCTCCAGCCACCACGGCCGGGGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 2:309722/132‑1 (MQ=255) cgggACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTGGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 7:294803/132‑1 (MQ=255) cGTGACGGGGGCGCTGTTGGCCACCGTCTCTATGCGCTGGCCCCCCCCCCCCCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 5:450156/135‑1 (MQ=255) cGTGACCGGGTCGCTGATGGTGACCGGGTCGCTGCGCTTGCCCTCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCACGTCCGCCACGATCGCCCCGCCGCGGCCATTGGGGGCCAAGCTGCGCCCGGCCGCCCCCGAGCGGGt > 6:38878/1‑135 (MQ=255) cGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGAGGCGCTTGCCCCCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 3:157322/135‑1 (MQ=255) cGTGACCGGGGCGCTGTGGGTCACCGTCACTTTGCGGTGGCCCGCCAGCCACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 4:247116/135‑1 (MQ=255) cGTGACCGGGGCGCTGAGGGTCCCCGGCTCGAGGCGCTTGCCCGCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 7:355616/135‑1 (MQ=255) cGTCACGGGGTCGCTGATTGCCACCGGCTCCATGCGCTCGCCCACCCGCCACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 3:155746/135‑1 (MQ=255) gTGCCCGGGCCGATGCTGGACACCGTCTCCATGCGGTGGCCCGCCCGCCCCCACGGCGGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTg < 3:407539/135‑1 (MQ=255) ccGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACCGGATCGCCACTCCGCTGCCCTTTGCGACCCAGCTGCGCACGGCCTCCACCGACCTGGTgcgcc > 4:76738/1‑134 (MQ=255) ggTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATTGGCTTGCCCACCCGCCCCCACCGCCGGTGCCCCACGTCCCACAGGATCGGCACTCCCCTGCCCTTGGCGCCCATGCTGCGCACCGCCTCCCCCGCGCTGGTGCGGAcc > 6:288585/1‑134 (MQ=255) ctcGAGGCGCTGGCCCGCCCGCGCCCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGAGCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGccc < 2:179087/135‑1 (MQ=255) gtcggcgcTCGCCCGCCCGCCCCCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCgg < 3:249734/131‑1 (MQ=255) ggATGGGCTGGCCGTCCCGCCACCACGGCCGGTGCTCCAGGTGCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCATCCACCGAGCTGGTGCTCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCgg < 2:258674/134‑1 (MQ=255) cgctGCGCTTGCCCCCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCgg < 5:214740/132‑1 (MQ=255) cGATCCGCTTGCCCTCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCgg < 6:124845/135‑1 (MQ=255) cggcgcTTCCCGCCCCGCCACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCgg < 5:375474/131‑1 (MQ=255) aTGCGCTGGCCCCCCCGCCACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCgg < 1:291554/133‑1 (MQ=255) tGCGCTTGCCCTCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCt < 1:244643/135‑1 (MQ=255) gCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGCTCCCa > 4:364005/1‑135 (MQ=255) gCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGCTCCCa > 3:378216/1‑135 (MQ=255) gCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCAAGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGCTCCCa > 7:204189/1‑135 (MQ=255) ccccTCCAGCGCCCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGCTCCCa < 6:465399/134‑1 (MQ=255) | AACGCATCATGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTTGCCCGGCCTGCTCCCA > ACB122/3312319‑3312578 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |