| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB122 | 3,229,202 | 0 | A | C | 52.0% | 1.1 / 11.9 | 25 | T414P (ACC→CCC) | garD_1 | Galactarate dehydratase (L‑threo‑forming) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/0); new base C (13/0); total (25/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATG > ACB122/3229076‑3229336 | aaaTCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCCCCGGTCAg > 1:406754/1‑135 (MQ=255)aaaTCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAgg > 7:289326/1‑136 (MQ=255) gcAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCCCCGGTCAGGTGGCCGGCggg > 1:313744/1‑135 (MQ=255) gCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGCCCCGGTCTCGGCCCCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAAc > 6:335463/1‑135 (MQ=255) ggcaggcTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCCCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCCCCCTGAt > 3:72294/1‑135 (MQ=255) ccAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCCCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGCTCGCCTTcc > 3:41167/1‑134 (MQ=255) ccAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCCCCCGTCAGGTGGCCCGCGGGGCCCCCCTGATCGCCGTca > 3:414483/1‑135 (MQ=255) ccAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGCTCGCCTTcac > 7:107729/1‑136 (MQ=255) cAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCCCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCCCCGGCCGCGGCTCGGCCGACg > 7:247680/1‑136 (MQ=255) aGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCCCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCCACCTGATCGCCGTCCCCCCCCGCCCCGGCGCCGCCGAccg > 8:301241/1‑134 (MQ=255) aGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCCCCCGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCACCCGGATCGCCTTCACCACCCGCCCCGGCTCGGCCGAcc > 2:287746/1‑134 (MQ=255) aGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCAGGTGTTCATGGACACCACCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCGTCACCACCGGCCGCGGCGCGGccgtcg > 6:3150/1‑131 (MQ=255) gcgcAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGGCCCCGGTCCGGTGGCCGGCGGGGGCCACCTGCTCGCCTTCACCCCCGGCCGCGGCGCGGCCCGCGGcggg > 2:102242/1‑132 (MQ=255) aaGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCACCCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGcccc > 8:237190/1‑136 (MQ=255) aaGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCCGTCAGGTGGCCCGCGGGGCCCCCCGGTTCGCCCTCACCCCCCGCCGCGGGCCGGCCCACGGCTGGGcac > 6:419387/1‑133 (MQ=255) gtgcCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCGTCCCCACCGGCCGCGGCTCGGCCTTCGGCGGTGCCCCGGCGCCag > 4:146314/1‑134 (MQ=255) ccTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCCCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCACCCTGATCGCCTTCACCCCCGGCCGCGGCGCGGGCGACGGCGGGGCCCCCGCGCCCTCGAGCAAGcgg > 7:87235/1‑134 (MQ=255) ccTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCCCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCGCGGCCGACGGCGGTGCCCCGGCGCCCTCGCTCCAGCt > 4:147333/1‑135 (MQ=255) tGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCCGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCCGCCCCGGCACGGCCAAACGCGGTGCCCCCGCCCCATCGCACAACCAGCcaacccacca > 8:65499/1‑134 (MQ=255) ggACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCCACCTGATCGTCTTCACCCCCGGCCGCGGCTCGGCCGACGGCGGTGCCCCCGCGCCCTCGCTCAAGCGGGCCACCaacaac > 8:294452/1‑136 (MQ=255) ccGGCTACGACCCGGTCTCGGCCCCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCCACCTGATCGCCGTCACCCCCGGCCGCGGCGCGGGCGGCCGCTGTGGCCCGGCGCCCGCGCTCCAGCGGGGACCCCACCACCCGgtgt > 4:147271/1‑135 (MQ=255) ccGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCGGTGCCCCGGCGCCCTCGCTCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGGGtt > 7:223589/1‑136 (MQ=255) tACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCGACGGCTGGGCCCCGGCGCCCTCGATCCAGCTGGCAACCCACCACCGGGGGGTCgcg > 1:278689/1‑133 (MQ=255) tcGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTGCGCCTACGGCTGGGGCCCGGCGCCCTCGATCAAGCTGGGCACCCCCACCCCGGTGTTCGCGCTCCAGCAACAgg > 7:332472/1‑136 (MQ=255) tcGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCGTCACCCCCGGCCGCGGCTCGGCCGACGGCGGTGGCCCGGCGCCCTCGCTCCAGCGGGCCACCAACAACCGGGTGGTGGCGCCCCCGCAAgggg > 7:248940/1‑136 (MQ=255) aCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCCCGGCTCGGCCGACGGCTGTTCCCCGGCCCCATCGATCCACCGGGCAACCCAACACCCGGTGTTAGCGCACCACCAAGACGCCATg > 2:80472/1‑135 (MQ=255) | AAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATG > ACB122/3229076‑3229336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |