Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | ACB122 | 1,125,327 | C→A | 6.1% | L13L (CTG→CTT) | CJ019_01064 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | ACB122 | 1,125,327 | 0 | C | A | 6.1% | 201.7 / 4.1 | 67 | L13L (CTG→CTT) | CJ019_01064 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/30); new base A (2/2); total (34/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.40e-01 |
AGACCGGGTGCCGCTCTGCGATTCGGTTCAGCCAGGCAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGGTGTCTTGATCGATGTGCAGGTGCCGGCGGGGACGTTT > ACB122/1125194‑1125457 | agaCCGGGTGCCGCTCTGCGATTCGGTTCAGCCAGGCAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGATCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAg < 7:328954/136‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGCTCTGCGATTCGGTTCAGCCAGGCAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTg > 8:340492/1‑136 (MQ=255) gTGCCGCTCTGCGATTCGGTTCAGCCAGGCAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGAc > 1:7326/1‑135 (MQ=255) gCCGCTCTGCGATTCGGTTCAGCCAGGCAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTc > 3:202269/1‑135 (MQ=255) gCCGCTCTGCGATTCGGTTCAGCCAGGCAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACAAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTcc > 8:120656/1‑136 (MQ=255) gCTCTGCGATTCGGGTCAGCCAGGCAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCgg < 6:5494/135‑1 (MQ=255) ttCGGTTCAGCCAGGCAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTc < 5:94795/135‑1 (MQ=255) ggTTCAGCCAGGCAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTg < 1:392338/135‑1 (MQ=255) ttCCGCCAGGCCAGGCGCGGGCCACCGACCAGGTAGTTCTCCGGGGGAACTTCACACCAGAGCCCTGAGAGCTGTCACGCCAGCGCCTGGTCGGAGTGCTCGGACGGCCTGCTGACGCCGGCGCCCATCCGTGCg > 4:204038/1‑135 (MQ=255) ttCAGCCAGGCAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCg < 6:336270/135‑1 (MQ=255) ttCAGCCAGGCAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGt > 8:86581/1‑136 (MQ=255) ttCAGCCAGGCAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGt < 7:86581/136‑1 (MQ=255) ttCAGCCAAGCAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCAGTCGTGCGt > 8:120506/1‑136 (MQ=255) cAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCa < 2:251455/135‑1 (MQ=255) gCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGTCCTTTAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGttt < 4:297603/135‑1 (MQ=255) gCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGttt < 6:348491/135‑1 (MQ=255) ccGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCt < 7:280949/136‑1 (MQ=255) aCCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGAt < 8:297333/136‑1 (MQ=255) ccATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCTCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGAt < 4:292626/135‑1 (MQ=255) aTGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCa < 3:95150/135‑1 (MQ=255) aTGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCa < 5:86937/135‑1 (MQ=255) gTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCCTTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCTAg > 5:13469/1‑135 (MQ=255) tAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGa > 3:358372/1‑135 (MQ=255) tAGTTCTACGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGATGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGa > 6:187438/1‑135 (MQ=255) aGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCGTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATGAAGAc > 1:237052/1‑135 (MQ=255) gTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCGGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACtt < 7:114868/136‑1 (MQ=255) gTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACtt < 8:389292/136‑1 (MQ=255) gTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACt < 7:156139/135‑1 (MQ=255) ttCTCCGGGTGAACTTCCAACCTTCGCCCTTAGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCGGAGTCCGGCGCCGATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCACTGATCAAGACtt < 6:108823/135‑1 (MQ=255) ttCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACtt < 3:351547/135‑1 (MQ=255) ttCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACtt < 2:251710/135‑1 (MQ=255) cGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTc < 2:91052/109‑1 (MQ=255) cGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTc > 1:91052/1‑109 (MQ=255) gggTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGgt > 7:71023/1‑136 (MQ=255) gggTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGgt > 7:21886/1‑136 (MQ=255) gAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGgtg > 5:45747/1‑133 (MQ=255) cTTCAAACCAGCGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCcgcg > 7:217348/1‑136 (MQ=255) cAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTGGTAGTCCTCGGCCTTCACGCTGACTCCGTCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATCGTCGGTTACGCCTGATCAAGACTTGATAGCACTCAGAGAGCCAAt > 3:81055/1‑135 (MQ=255) gcacTTCGAGAGTGCACGCCAGCGGCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGGCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAATACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCcgg < 8:268107/133‑1 (MQ=255) ccTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCcggcg > 7:325598/1‑136 (MQ=255) ccTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCcggc > 4:373567/1‑135 (MQ=255) ccTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTAAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCg > 6:203058/1‑72 (MQ=255) ccTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTAAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCg > 6:196858/1‑72 (MQ=255) ccTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTAAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCg < 5:196858/72‑1 (MQ=255) ccTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTAAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCg < 5:203058/72‑1 (MQ=255) gagaTTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACtt < 2:275472/103‑1 (MQ=255) gagaTTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACtt > 1:275472/1‑103 (MQ=255) gagaTTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGgtg > 4:95105/1‑135 (MQ=255) gaTTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTAATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGGTGTc > 2:80193/1‑135 (MQ=255) aTTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGGTGTCtt < 7:120656/136‑1 (MQ=255) ttGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTCGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGGTGTCtt < 2:19913/135‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGAt < 7:240018/85‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGAt > 8:240018/1‑85 (MQ=255) gCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCAGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGGTGTCTTGATCGa > 4:200154/1‑135 (MQ=255) ccAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGGTGTCTTGATCGAtg < 8:71023/136‑1 (MQ=255) cAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGGTGTCTTGATCGAtg < 6:290875/135‑1 (MQ=255) cgcCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCTGCGAGCCCCTGCCGGCGCGAGTCGGGATCGAtgt > 3:314484/1‑133 (MQ=255) cGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCAATCGAGCGTCTGTGTTCATGGTCTGATACCCCAGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGACCCCAAGCCGGCGGGTGTCTTGCTCGATGTGCAGGTGCcg > 5:371582/1‑135 (MQ=255) tAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGGTGTCTTGATCGATGTGCAGGTGCcggcg > 7:369275/1‑136 (MQ=255) ggCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGGTGTCtt > 7:45144/1‑106 (MQ=255) ggCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGGTGTCtt < 8:45144/106‑1 (MQ=255) ggCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGACCATGCCGGCGGGTGTCTTGATCGATGTGCAGGTGCCGGCGGGGACGtt > 8:364565/1‑136 (MQ=255) gCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGGTGTCTTGATCGATGTGCAGGTGCCGGCGGGGACGttt < 8:65176/136‑1 (MQ=255) ccTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGGTGTCTTGATCGATGTGCAGGTGCCGGCGGGGACGttt > 6:143537/1‑135 (MQ=255) ccTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGGTGTCTTGATCGATGTGCAGGAGCCGGCGGGGACGttt > 6:180742/1‑135 (MQ=255) tCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCcggcg > 8:352295/1‑93 (MQ=255) tCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCcggcg < 7:352295/93‑1 (MQ=255) | AGACCGGGTGCCGCTCTGCGATTCGGTTCAGCCAGGCAAGGCGAGGGCCACCGACCATGTAGTTCTCCGGGTGAACTTCAAACCAGAGCCCTTCGAGATTGCACGCCAGCGCCTGGTCGTAGTGCTCGGCCTTCAGGCTGACTCCGGCGCCCATTCGTGCGTCTGTGTTCATGGTCGGTTTCCCCTGATCAAGACTTGATAGGTGTCAGCGAGCCCATGCCGGCGGGTGTCTTGATCGATGTGCAGGTGCCGGCGGGGACGTTT > ACB122/1125194‑1125457 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |