Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | ACB122 | 5,086,965 | T→C | 6.1% | K209E (AAG→GAG) | cdhR_7 ← | HTH‑type transcriptional regulator CdhR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | ACB122 | 5,086,965 | 0 | T | C | 6.1% | 210.5 / 3.8 | 65 | K209E (AAG→GAG) | cdhR_7 | HTH‑type transcriptional regulator CdhR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/25); new base C (2/2); total (38/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 |
GGGCACGCGGTTCAGGTACTGCTTGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAG > ACB122/5086831‑5087091 | gggCACGCGGTTCAGGTACTGCTTGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTg > 8:56279/1‑136 (MQ=255) ggCACGCGGTTCAGGTACTGCTTGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTg < 1:85087/135‑1 (MQ=255) gctcgcgTTTAAGGTACTGCTTGAAGAACCGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGGGGTCAGCGGCGCTTCGTTGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTgg < 2:379272/132‑1 (MQ=255) gCACGCGGTTCAGGTACTGCTTGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTgg > 6:157954/1‑135 (MQ=255) aCGCGGTTCAGGTACTGCTTGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTgggg > 1:251496/1‑135 (MQ=255) cgcgGTTCAGGTACTGCTTGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGt > 5:60075/1‑135 (MQ=255) cgcgGTTCAGGTACTGCTTGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGt > 6:259286/1‑135 (MQ=255) ttCAGGTACTGCTTGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACt > 1:379272/1‑134 (MQ=255) cTTGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCg > 6:240891/1‑135 (MQ=255) cTTGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCg > 6:377349/1‑135 (MQ=255) tGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGt > 1:137480/1‑135 (MQ=255) tGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGt > 3:137008/1‑135 (MQ=255) tGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGt > 1:233463/1‑135 (MQ=255) tGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGt > 2:152280/1‑135 (MQ=255) aaGATACGCTCCAACTGCCGCCGCGACACACACACATGCTGGGCGAGTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCCGCACCACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGGTc > 4:305689/1‑135 (MQ=255) aGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCt < 3:194906/135‑1 (MQ=255) aGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGAGTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTg < 8:335626/136‑1 (MQ=255) gATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTg < 2:137480/135‑1 (MQ=255) gATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGGGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTg < 5:157954/135‑1 (MQ=255) aTACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTg < 5:42527/113‑1 (MQ=255) aTACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTg > 6:42527/1‑113 (MQ=255) aTACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGCGCCCAGGCGGTTCt > 6:125261/1‑133 (MQ=255) gCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCg < 3:22464/135‑1 (MQ=255) tCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGa > 4:139869/1‑135 (MQ=255) tCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGCGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGa > 4:100866/1‑135 (MQ=255) tCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGATGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGATTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTTCAGAGGa > 2:129489/1‑135 (MQ=255) cAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATa < 7:235850/136‑1 (MQ=255) aCGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGgcg > 5:281359/1‑135 (MQ=255) aTGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTcgc > 3:120892/1‑134 (MQ=255) aTGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCgg < 8:50878/136‑1 (MQ=255) aTGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCgg < 7:56279/136‑1 (MQ=255) gCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGa < 5:259286/135‑1 (MQ=255) tGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACCCGGCCTGAGTCAGCTTGGGGGGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAGTACGCTGGCGCTCGCCCCCCTCGCGGATgc > 8:289982/1‑136 (MQ=255) gCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATgcgc < 5:377349/135‑1 (MQ=255) gCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATgcgc > 3:41319/1‑135 (MQ=255) gATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCt < 7:95975/92‑1 (MQ=255) gATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCt > 8:95975/1‑92 (MQ=255) gATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGct > 5:148855/1‑134 (MQ=255) gATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGct > 3:143889/1‑134 (MQ=255) gATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGct > 5:100929/1‑134 (MQ=255) gATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTCGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCgg < 8:327492/127‑1 (MQ=255) gATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTCGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCgg < 8:321909/127‑1 (MQ=255) gATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTCGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCgg > 7:327492/1‑127 (MQ=255) gATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTCGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCgg > 7:321909/1‑127 (MQ=255) tttCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTac > 8:279849/1‑136 (MQ=255) tcgtcgGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTacc > 4:213964/1‑135 (MQ=255) cgtcgGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGGGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTaccac < 7:236371/136‑1 (MQ=255) gtggtCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATgcgc > 8:124232/1‑123 (MQ=255) gtggtCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATgcgc < 7:124232/123‑1 (MQ=255) gCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCg < 4:137008/135‑1 (MQ=255) gCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGGGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCg < 5:144059/135‑1 (MQ=255) ttCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGc > 6:296051/1‑135 (MQ=255) gCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGc > 4:112894/1‑135 (MQ=255) gccacacGCCCTGAGGCAGGTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGGTGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGGGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGt < 1:158804/132‑1 (MQ=255) cAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGTCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGa < 8:40243/136‑1 (MQ=255) aaCACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGa < 2:30114/135‑1 (MQ=255) ggCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCAGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCCGATCTTCCGACACTGCCCCGGCCCGCTCCGCCCCGTGATcgcgc > 8:186919/1‑136 (MQ=255) cTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGcc > 7:309723/1‑136 (MQ=255) gAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGcc < 7:136265/104‑1 (MQ=255) gAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGcc > 8:136265/1‑104 (MQ=255) gAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAg > 8:255300/1‑136 (MQ=255) aGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCa < 8:309723/134‑1 (MQ=255) gTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTac < 3:3452/80‑1 (MQ=255) gTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTac > 4:3452/1‑80 (MQ=255) gTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCa < 5:158373/133‑1 (MQ=255) | GGGCACGCGGTTCAGGTACTGCTTGAAGATACGCTCCAACTGCCGACGCGACACACACACATGCTGGGCGATTTCGTCGGTGGTCAGCGGCTCTTCGATGTTGGCTTCCATCAGCAACACGGCCTGAGTCAGCTTGGGGTGACTCGAGCCCAGGCGGTTCTGCAGCGGAATACGCTGGCGCTCGCCACCCTCGCGGATGCGCTCTACCACCAGCTCTTCCGACACTGCCCCGGCCAGCTCCGCCCCGTGATCGCGCGCCAG > ACB122/5086831‑5087091 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |