| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | ACB143 | 2,176,936 | C→A | 12.9% | intergenic (+110/‑64) | CJ019_02067 → / → CJ019_02068 | hypothetical protein/Tn3 family transposase ISYps3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 2,176,936 | 0 | C | A | 12.9% | 449.0 / 15.5 | 194 | intergenic (+110/‑64) | CJ019_02067/CJ019_02068 | hypothetical protein/Tn3 family transposase ISYps3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (92/73); new base A (2/26); total (95/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
ACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAGTTACAACGTCAGCTATTGACGC > ACB143/2176804‑2177069 | aCTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCAt > 2:176104/1‑135 (MQ=255) acacCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGt > 1:105238/1‑136 (MQ=255) acacCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGt > 2:253151/1‑136 (MQ=255) acacCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGt > 5:121207/1‑136 (MQ=255) acCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGttt > 4:183930/1‑136 (MQ=255) acCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGttt > 2:103839/1‑136 (MQ=255) acCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGttt > 8:173601/1‑136 (MQ=255) tACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTc > 4:90141/1‑136 (MQ=255) tACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTc > 2:97407/1‑136 (MQ=255) tACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTc > 2:159313/1‑136 (MQ=255) 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aTTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAg < 2:214879/135‑1 (MQ=255) gtGGGTTCGGGTTGTCTAATATGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCATAAAACAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAGTTACAAc < 1:112240/135‑1 (MQ=255) gtttGTCGAATTATTTTTTCCCAATTGGTTTTATCCTAAAAAGAATAACCGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAGTTACAACGTCAGCTAt < 5:236811/134‑1 (MQ=255) ggtggtCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGGGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAGTTACAACGTCAGCTAt < 7:201076/136‑1 (MQ=255) ggTTGTCTCATATGTTTGTCCCAAATGGTGGTATGCTTAAAACAATAACCGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAGTTACAACGTCAGCTAt < 4:22201/136‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCATAAGTTTGTCGAAAATGGTGTTATGCTTAAAATAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAGTTACAACGTCAGCTAt < 6:80883/136‑1 (MQ=255) ggTTGTCGAATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAGTTACAACGTCAGCTAt < 7:255415/136‑1 (MQ=255) ttGTCGAATAAGTTTGTCGAAATTGGTGTTATGATTAAAACAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAGTTACAACGTCAGCTATTg < 8:148639/136‑1 (MQ=255) tGTCGAATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAGTTACAACGTCAGCTATTg < 6:249798/135‑1 (MQ=255) cGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTTTGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAGTTACAACGTCAGCTATTGACGc < 7:44722/136‑1 (MQ=255) gCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGa > 1:243759/1‑93 (MQ=255) gCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAGTTACAACGTCAGCTATTGACg > 4:201539/1‑134 (MQ=255) | ACTACACCTACAAATTCAATTGATCAAAATTGGGTAAGCGGTACGTCAGGTTGTATGTTTACAAACTGTCGCATAAGTCTTAAGTTATGCGACAGCCCGATCTCTCGTGATTTTGCTGGGTTCGGGTTGTCGCATAAGTTTGTCGCAAATGGTGGTATGCTTAAAAGAATAAACGCGACACAAAAGGCACAGGATTATGAATATTGGATATGCGAGAGTATCGACCTCCGGACAGGACTTGGAGTTACAACGTCAGCTATTGACGC > ACB143/2176804‑2177069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |