| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB143 | 1,673,889 | T→G | 19.3% | intergenic (‑33/‑98) | smtB ← / → yaeQ | Succinyl‑CoA‑‑L‑malate CoA‑transferase betasubunit/putative protein YaeQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 1,673,889 | 0 | T | G | 19.3% | 128.8 / 3.7 | 63 | intergenic (‑33/‑98) | smtB/yaeQ | Succinyl‑CoA‑‑L‑malate CoA‑transferase betasubunit/putative protein YaeQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/38); new base G (11/3); total (22/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGAATTCGGCACAGATACGCGAGGCGAACGGCCCGGCGATCAGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGCCACTTTCTTTTGCACGAAGCCCGTCGACCATGGCCCAGCCGTCCACCACCTACAAGTTCGAATT > ACB143/1673760‑1674021 | cGAATTCGGCACAGATACGCGAGGCGAACGGCCCGGCGATCAGGGTAGCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGGTTTAtt > 4:221894/1‑135 (MQ=255)cGAATTCGGCACAGATACGCGAGGCGAACGGCCCGGCGATCAGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGGTTTAt > 5:339084/1‑135 (MQ=255) tCGGCACAGATACGCGAGGCGAACGGCCCGGCGATCAGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATAACACg > 1:139885/1‑136 (MQ=255) caGATACGCGAGGCGAACGGCCCGGCGATCAGGGTTCCGAGTTCGACAACTTTAAGGGCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCAGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGtt < 3:224423/136‑1 (MQ=255) caGATACGCGAGGCGAACGGCCCGGCGATCAGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGtt < 3:308626/136‑1 (MQ=255) tACGCGAGGCGAACGGCCCGGCGATCAGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTTTCACACGTCGGTTTCGc > 2:304768/1‑136 (MQ=255) gcgAGGCGAACGGCCCGGCGATCAGGGGACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGGCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCgg < 7:125795/136‑1 (MQ=255) ggCGAACGGCCCGGCGATCAGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGGTTTTTCACACGTAGGTTTCGCCGGGTAc > 4:165274/1‑136 (MQ=255) cGAACGGCCCGGCGATCAGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTActg < 6:296863/136‑1 (MQ=255) gAACGGCCCGGCGATCAGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGGTTTTTAACACGTCGGGGTGGCCGGGGAgtgc > 6:258613/1‑136 (MQ=255) aCGGCCCGGCGATCAGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTc < 6:178258/122‑1 (MQ=255) aCGGCCCGGCGATCAGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTc > 5:178258/1‑122 (MQ=255) gCGATCAGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCAt < 2:252819/136‑1 (MQ=255) gCGATCAGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCAt < 2:406133/136‑1 (MQ=255) tCAGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGaa < 1:398843/136‑1 (MQ=255) aGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAgg < 3:311580/136‑1 (MQ=255) tgTACCGAGTTAGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTGTGCTGGGCGTCGACATGTGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 4:234138/135‑1 (MQ=255) ggTCCCGAGGTCGACAACTTTCAGGGCGGCGTCGGGTTTGCGGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGGTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 2:390499/136‑1 (MQ=255) ggTACCGAGTTCGTCATCTTTCAGGCGGGCGAGGGGTTTGCTGGGGGTCGACTTGGGGTGTCCGTGGCAGGTGGGCAGAGCCGTGGGGTTATCACACGTCGGGTTCGCCGGGGTCTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 4:268760/136‑1 (MQ=255) ggTACCGAGTTCGACAACTTTCAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 6:47587/136‑1 (MQ=255) ggTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 3:320333/136‑1 (MQ=255) ggTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 1:37907/136‑1 (MQ=255) ggTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 6:302790/136‑1 (MQ=255) ggTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 2:101726/136‑1 (MQ=255) ggTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 5:259634/136‑1 (MQ=255) ggTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 5:258613/136‑1 (MQ=255) ggTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 4:321742/136‑1 (MQ=255) ggTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 2:94502/136‑1 (MQ=255) ggTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 3:94468/136‑1 (MQ=255) ggTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 4:122737/136‑1 (MQ=255) gctACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGCGGGGTCTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCCGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGGTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 2:48388/134‑1 (MQ=255) gTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGGTTTATTACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGAGGGGGATGGAAGGGGc > 6:76499/1‑136 (MQ=255) gAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATg < 3:13939/136‑1 (MQ=255) gAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATg < 6:92463/136‑1 (MQ=255) gAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATg < 3:186947/136‑1 (MQ=255) gTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATggg < 6:135485/136‑1 (MQ=255) aCAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGt > 4:255813/1‑133 (MQ=255) aCAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGt < 3:255813/133‑1 (MQ=255) aaCTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACt > 1:70350/1‑136 (MQ=255) tAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGGTTTTTCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGcc > 1:123086/1‑136 (MQ=255) tAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGGGTTATGACCCGTCGGTTTGGCCGGGGTCTGGGGCGTGGGTGGGGAGGTGGGGCTGGGGGAGACTGTGcc > 2:177478/1‑136 (MQ=255) aaGGGCGGGGAGGGGGTGGCTGGGCGTCGACATGGGGGGGCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGTAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGcc < 3:49025/135‑1 (MQ=255) aaGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGcc < 7:39083/135‑1 (MQ=255) aaGGCCGGCGAGGGGGTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGGCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGcc < 5:6135/135‑1 (MQ=255) gtcGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGGCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGCCActt < 4:85246/134‑1 (MQ=255) gAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGGTTTTTAACACGTCGGTTTCGCCGGGTTCTGGTGCGGGGGATGGAAGGTGCGGATGGGGTTGTCTGGGCCACGGTCtttt > 5:231316/1‑136 (MQ=255) gAGGGGTTTGCTGGGAGTCGACATGGGGTGTACGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTGTAACAAACGGCGGGTTAACCGGGTACTGCTGGGGGGCATCGAAGGTGCGGTAGGGGTACACTGTGCCGCGTTAtttt > 6:159563/1‑136 (MQ=255) gCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGCCACTTTCTTTTGCACGAAg < 4:219140/135‑1 (MQ=255) gCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGCCACTTTCTTTTGCACGAAGCCCGTc < 6:213289/136‑1 (MQ=255) gCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGCCACTTTCTTTTGCACGAAGCCCGTc < 8:353008/136‑1 (MQ=255) gTCGACATGGGGTGTCCGTGGCCGTTGGGCAGAGCCGGGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCAGGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGCCACTTTCTTTTGCACGAAGCCCGTCGa < 8:270945/136‑1 (MQ=255) cGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg > 7:309000/1‑88 (MQ=255) cGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTg < 8:309000/88‑1 (MQ=255) cGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGGTTTATCACAACTCGGTTTCGCCGGGGAATGCTGCGGGGCCTGGAAGGTGCGGATGGGGGAGCCTGTGCCACTTTCTTTTGCACGAAGCCCGTCgcc > 7:175317/1‑133 (MQ=255) gggTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGCCACTTTCTTTTGCACGAAGCCCGTCGACCATGGcc < 5:126864/135‑1 (MQ=255) ggTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGGTGTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGCCACTTTCTTTTGCACGAAGCCCGTCGACCATGGCCCa < 7:169312/136‑1 (MQ=255) gTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTATACTGTGCCACTTTCTTTTGCACGAAGCCCGTCGACCATGGCCCAGCCGTc > 7:132205/1‑135 (MQ=255) gTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGGTTTTTCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGCCACTTTCTTTTGCACGAAGCCCCTCGACCATTGCCCAGCCggc > 5:231908/1‑133 (MQ=255) aGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATAACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGCCACTTTCTTTTGCACGAAGCCCGTCGACCATGGCCCAGCCGTCcaccac > 4:266276/1‑136 (MQ=255) ggCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTTCTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGGCACGTTATTTTGCACGAAGCCCGTCGACCATGGCCCAGCCGGCCACCACCTAc > 4:341664/1‑135 (MQ=255) ggCAGAGCCGTGGTGTTTTCACACGTAGGTTTGGGCGGGTAATGCTGGGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTTGACTGTTCCACTTTCTTTTGCACGAAGCCCGTCGTCCAAGGCCCCGCCCTCCCCCCCCGAc > 2:1974/1‑135 (MQ=255) agCCGTGGGTTTATCACACGTCGGGTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGCCCCTTTCTTTTTCACGAAGCCCGTAGACCATGGCCCAGCCCGCCACCACCAACAACtt > 4:330163/1‑135 (MQ=255) tGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGAATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGCCACTTTCTTTTGCACGAAGCCCGTCGACCATGGCCCAGCCGTCCACCACCTACAAGTTCGAAtt < 3:48641/136‑1 (MQ=255) | CGAATTCGGCACAGATACGCGAGGCGAACGGCCCGGCGATCAGGGTACCGAGTTCGACAACTTTAAGGCCGGCGAGGGGTTTGCTGGGCGTCGACATGGGGTGTCCGTGGCAGTTGGGCAGAGCCGTGGTTTTATCACACGTCGGTTTCGCCGGGTACTGCTGCGGGGCATGGAAGGTGCGGATGGGGTAGACTGTGCCACTTTCTTTTGCACGAAGCCCGTCGACCATGGCCCAGCCGTCCACCACCTACAAGTTCGAATT > ACB143/1673760‑1674021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |