| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,385,528 | T→C | 5.0% | intergenic (‑141/+289) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,385,528 | 0 | T | C | 5.0% | 307.5 / 2.3 | 130 | intergenic (‑141/+289) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/58); new base C (4/5); total (66/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGA > CP009273/3385384‑3385676 | tCATCGGTGTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGa > 1:590234/1‑149 (MQ=255) aTCTTTTTTGCTACCCGTTGGTTACTGCAGTAGAGGACTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATCTTCCGGTTTTGAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATg < 1:578391/149‑1 (MQ=21) aTCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATg < 1:151437/149‑1 (MQ=255) tttttGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGGTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAACAGGCAACGGCTGTCGGa < 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tACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACg > 1:1298857/1‑149 (MQ=255) aCTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGc > 1:767031/1‑149 (MQ=255) ttagttaCTGCAGTCGAGGATTTGTTACGGCTGCCCGATGCGGCGTGAACCCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 1:445703/149‑1 (MQ=18) ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 1:1108153/149‑1 (MQ=255) ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAACGAGCAGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGCTAAGACGCACCGCGTCGCCTCAGGCACCGGCTTCCTGATGCGGCGTAAACTCCTTAt > 1:39330/1‑149 (MQ=37) aCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGccc > 1:105812/1‑149 (MQ=255) tGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTCCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTa > 1:185974/1‑149 (MQ=255) tGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 2:627184/1‑143 (MQ=255) tGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 2:598560/1‑143 (MQ=255) tGCAGTAGAGGATTTTTGACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc < 2:594262/143‑1 (MQ=255) gCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc < 1:812332/149‑1 (MQ=255) cAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTGTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCGGTCGGATGCGGCGTACACGCCTTAACCgc > 2:637117/1‑142 (MQ=18) aGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGAc < 2:1101090/143‑1 (MQ=255) tAGAGGATTTTTTCGGGCTGCCTGATGCGGCGTGACCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 1:508589/149‑1 (MQ=255) agagGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa > 1:642013/1‑149 (MQ=255) gATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCTGGTTTGTGGGCCTGTTAAGACGCAGAGCGTCGCATCAGGCGGCGGCTGTGGGATGGGGCGTAAACGCTTTGTcgggcgtccggt > 2:209462/1‑132 (MQ=17) gATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt > 1:693383/1‑149 (MQ=255) ttttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 1:809082/149‑1 (MQ=255) tttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCg < 1:1200237/149‑1 (MQ=255) tACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGATGCGTAAACTCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc < 2:1107894/143‑1 (MQ=255) aCGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 2:150428/143‑1 (MQ=255) aCGGCTGCCGGAGGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTCCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 2:258995/143‑1 (MQ=255) gCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGCTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAgg > 1:895115/1‑149 (MQ=255) ctgctgGATGCGGCGGGAACGCCCTATCCGGCCTACGGTTATGTTTCGGTTTGTAGGCCGGCTAAGACGCCCAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGttt < 2:1416/143‑1 (MQ=14) cTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGGAGGc > 1:1282790/1‑149 (MQ=255) 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tGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAAAG‑GCTGCCGGATGCGGCGGAAACCCCtt > 1:608283/1‑149 (MQ=255) tGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGCTGCGTTGGTAGGCGTGAGAAGAGGCAGATCGACGCATCGGGCAACG‑GCTGCGGGGCGCGGGGTaaa > 2:229923/1‑143 (MQ=11) acaaGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 1:1253975/147‑1 (MQ=38) tAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 1:1248570/1‑149 (MQ=37) aagCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGAGGGGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGAc < 1:291572/147‑1 (MQ=255) gCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 2:1059233/1‑143 (MQ=37) acaGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACCCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc > 1:676397/1‑149 (MQ=38) caGCGTCGCATCAGGCCACGGCTGTCGGATGCGCCTTAACCGCCTTATCCGCCCTACGGTTATGTTCCGGTTGTAGGCCGTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGa < 2:65798/143‑1 (MQ=11) aGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg < 1:96844/149‑1 (MQ=38) aGCGTCGCATCAGGCAACGCCGGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg < 1:645803/149‑1 (MQ=255) cGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt > 1:1055024/1‑149 (MQ=38) tgcGCATCCGGCAACGGCGGTCGGTGGAGGGTTAATCTGCTAACCCGACTGACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa < 2:797837/141‑1 (MQ=11) gTCCCATCAGGCACCGGCTGTCGGGTGCGGCGTAACCGCCTTATCCGCCCTCCGCTTATTTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa < 2:680510/143‑1 (MQ=14) cctCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt < 1:383090/147‑1 (MQ=38) cATCAGGCAAGGCGTGTCTGATGCGGCTTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCGGTTTGTAGGCCTTCTACGACACACAGCGTCGCA‑CACGGATTGTACTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt < 2:1103026/143‑1 (MQ=2) atcttgCAACGGCGGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTAATCCGACCTACGGTTAGGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 2:91524/138‑1 (MQ=11) tCAGGCAACGGCTGCGGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGCCCTAGGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa < 2:549157/143‑1 (MQ=255) gCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAAGTTCCGttt > 1:166929/1‑149 (MQ=255) gCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCCTATCCGACCTACGGTTCTGtt > 2:1089268/1‑143 (MQ=17) aaCGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTTTCCGTCCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGt < 1:240426/149‑1 (MQ=255) gCTGTGGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGGCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGc < 1:583315/149‑1 (MQ=255) gCTGTCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGc < 1:1223139/149‑1 (MQ=255) gCTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAGGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGc < 1:477672/149‑1 (MQ=255) tCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGa > 1:923759/1‑149 (MQ=255) | TCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG‑GCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGA > CP009273/3385384‑3385676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |