| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1222499 = | 62 (0.900) | 7 (0.110) | 5/274 | 9.6 | 10.9% | intergenic (+75/+28) | ycgJ/pliG | uncharacterized protein/periplasmic inhibitor of g‑type lysozyme |
| ? | CP009273 | 1222518 = | 56 (0.860) | intergenic (+94/+9) | ycgJ/pliG | uncharacterized protein/periplasmic inhibitor of g‑type lysozyme | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCG > CP009273/1222356‑1222641 | gtgGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACggg < 2:112450/149‑1 (MQ=255)gtgGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACggg < 2:733083/149‑1 (MQ=255) ggATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGga < 2:1117278/149‑1 (MQ=255) gATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGgag > 2:751858/1‑149 (MQ=255) ggTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGAAGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGt > 2:990589/1‑149 (MQ=255) tAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGTTGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAGCCGCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGga < 1:220581/143‑1 (MQ=255) tAAGCGGAGAGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTGAGGTGTCGTGCGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGga > 1:655074/1‑143 (MQ=255) gCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCg > 2:875300/1‑149 (MQ=255) cGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGGGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGt > 2:454601/1‑149 (MQ=255) 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atGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATAttttt < 2:728049/149‑1 (MQ=255) atGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAACTTGAATATCGACACTATAttttt > 2:371672/1‑149 (MQ=255) tgagtgaTGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTa > 1:184301/1‑143 (MQ=255) agttaTGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAgttttgtt < 2:79078/149‑1 (MQ=255) tCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTAGATTTTTTAGTTTTGTTTTTACgg > 2:982819/1‑149 (MQ=255) ttGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCGCGTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGc < 2:908756/149‑1 (MQ=255) gTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTCTATTTTTTAGTTTTGTTTTTAc > 1:639075/1‑143 (MQ=255) ttgctttcggTTCGATTCGTCATTCACCTTTCGAGCGACAGAGAGGAGTTGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACCTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACgg < 1:557919/134‑1 (MQ=255) aTTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTGATGACGGGAAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGCATATCGCCGTTATATTTTTTCGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTc > 2:499540/1‑149 (MQ=255) aTGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGcgtcgt < 1:190754/143‑1 (MQ=255) 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cATTAACGTTTATGACGGGGCGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTa < 2:201822/149‑1 (MQ=255) cATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTa < 2:944954/149‑1 (MQ=255) aaCGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGt > 2:362198/1‑149 (MQ=255) aCGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGGCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTc < 2:971265/149‑1 (MQ=255) cGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTcc < 2:959548/149‑1 (MQ=255) tATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATACTTGCCAGAGCCAGGGAGTGAGTACTgc < 1:908771/143‑2 (MQ=255) tGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATATGCCAGAAGCCGGGAGTGAGTATTGTcc > 1:1068376/1‑143 (MQ=255) gACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGACGCAGAGAGTGAGGATTGGcct > 1:1000644/1‑142 (MQ=255) | GTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCG > CP009273/1222356‑1222641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |