| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1973060 = | 4 (0.030) | 121 (1.050) | 89/296 | 0.1 | 96.8% | intergenic (‑606/‑174) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein |
| ? | CP009273 | = 3577555 | NA (NA) | intergenic (+15/‑1) | insB1/yrhA | IS1 transposase B/pseudogene, interrupted by IS1E | |||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
TTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCA > CP009273/1972913‑1973204 | attgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt < 2:1626778‑M1/2‑1 (MQ=255) ttgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTa < 1:640541‑M1/3‑1 (MQ=255) tGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGACATGGTTTGCAGAGATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTAttgt > 2:261028/1‑147 (MQ=255) cataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgaagtcgttcgcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTta < 1:1171388‑M1/11‑1 (MQ=255) atagcctgaatctgcggcagcacctggcacggctgggacggacgtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaatcagttggagtcattaccCTATTTTCTtat > 2:423108‑M1/138‑149 (MQ=255) taacctgaatctgaggcagcacctggcacggcggggccggacgtcgctgtcgttctcaaaatcggtgtagctgcatgacaaagtcatcggtcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTtata > 2:460721‑M1/137‑149 (MQ=255) aGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatg > 2:357158‑M1/1‑142 (MQ=255) tgaatctgcgccagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTAc < 1:1274094‑M1/18‑1 (MQ=255) gaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATACTTACa < 1:344864‑M1/19‑1 (MQ=255) gCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTCAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGGTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgcca < 2:364910‑M1/149‑14 (MQ=255) cTATGTTTAAACAGACACTTACCCTGCAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaa < 2:527666‑M1/149‑15 (MQ=255) tttAAACAGACACTGACCGCACAACAAAGTGCTCAAAGACCAAGAAAGGAAACAATCAACTTAATGTTAATGAAACGTTTTACATATATTAACTACTTGTTGAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttac > 2:1431527‑M1/1‑130 (MQ=255) ttAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttact > 1:1048155‑M1/1‑129 (MQ=255) gcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATtata < 1:403567‑M1/31‑1 (MQ=255) gcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATtata < 1:584407‑M1/31‑1 (MQ=255) tggcacggctgggacggaactcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGata < 1:1209104‑M1/36‑2 (MQ=255) gggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATc > 1:1183435‑M1/114‑149 (MQ=255) gcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCAc < 2:195724‑M1/38‑1 (MQ=255) 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gacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacctaaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGGGtgat < 2:968888‑M1/48‑1 (MQ=255) acggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGtgatt > 1:617348‑M1/101‑149 (MQ=255) gaaggcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGtgattgat > 2:817947‑M1/98‑149 (MQ=255) caaACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAGCTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt > 2:982066‑M1/1‑106 (MQ=255) aaaCTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:950907‑M1/1‑105 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |