Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	CP009273	3,280,415	A→G	23.6%	intergenic (+31/‑370)	agaI → / → yraH	galactosamine‑6‑phosphate isomerase/putative fimbrial‑like adhesin protein

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP009273	3,280,415	0	A	G	23.6%	20.5 / 5.6	17	intergenic (+31/‑370)	agaI/yraH	galactosamine‑6‑phosphate isomerase/putative fimbrial‑like adhesin protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (6/7);  new base G (2/2);  total (8/9)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.25e-02

ATGCGACAGATCGTTTTCTCACGGCTAAAGTCTCTACCGCTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGTTATGTTCAACAATTTAATTTTAGATATACATATAACTTGTTCTATTAATA  >  CP009273/3280287‑3280542                                                                                                                                 |                                                                                                                                aTGCGACAGATCGTTTTCTCACGGCTAAAGTCTCTACCGCTATCCCGCCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCAc                                                                                                             <  1:115203/149‑1 (MQ=255)          aTCGTTTTCTCACGGCTAAAGTCTCTACCGCTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAGTTAACTTATGTAACAGTCACGCATTatat                                                                                                    >  1:63766/1‑149 (MQ=255)          aTCGTTTTCTCACGGCTAAAGTCTCTACCGCTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAGTTAACTTATGTAACAGTCACGCATTatat                                                                                                    >  1:63941/1‑149 (MQ=255)             gTTTTCTCACGGCTAAAGTCTCTACCGCTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTaa                                                                                                 >  1:336273/1‑149 (MQ=255)                             aGTCTCTACCGCTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTggg                                                                                 >  1:126536/1‑149 (MQ=255)                               tctcTACCGCTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTACTTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGAc                                                                                     >  2:212831/1‑143 (MQ=255)                                     ccccTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGtt                                                                               <  2:221745/140‑1 (MQ=255)                                                       ttttATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAACAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATacc                                                             >  2:18861/1‑141 (MQ=255)                                                          tATGGCTGCACAGAACTTTTCTGTGTTTAATTAACACCTCACCAGCTGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCaaa                                                          <  2:300945/143‑1 (MQ=255)                                                                tGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGGTGGCAAACggcgggaagtt                                              >  1:282723/1‑140 (MQ=255)                                                                 gCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAGTTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGtt                                                   <  2:57161/143‑1 (MQ=255)                                                                 gCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAGTTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGtt                                                   <  2:57327/143‑1 (MQ=255)                                                                      ctAACTTTATTTTTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGTTATGtt                                              <  2:75136/142‑1 (MQ=255)                                                                                  gtctaataaaCACCTAACCAGATGAAAAATTCGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGTTATGTTCAACAATTTAATTTTAGa                            <  1:247823/146‑1 (MQ=255)                                                                                               cTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGTTATGTTCAACAATTTAATTTTAGATATACat                     >  2:30125/1‑143 (MQ=255)                                                                                                         gAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGTTATGTTCAACAATTTAATTTTAGATATACATATAACTTGtt           <  2:253585/143‑1 (MQ=255)                                                                                                                  gCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATCTTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGTTATGTTCAACAATTTAATTTTAGATATACATATAACTTGTTCTATtaata  <  2:112222/143‑1 (MQ=255)                                                                                                                                 |                                                                                                                                ATGCGACAGATCGTTTTCTCACGGCTAAAGTCTCTACCGCTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGTTATGTTCAACAATTTAATTTTAGATATACATATAACTTGTTCTATTAATA  >  CP009273/3280287‑3280542

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑