| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,701,789 | T→C | 4.8% | intergenic (‑724/+187) | dppA ← / ← proK | dipeptide transporter/tRNA‑Pro |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,701,789 | 0 | T | C | 4.8% | 304.9 / 5.0 | 112 | intergenic (‑724/+187) | dppA/proK | dipeptide transporter/tRNA‑Pro |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/47); new base C (4/2); total (63/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-02 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GCGGTCGCGCCGCATCCGACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACT‑CGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTCTCTCGCTTCGCTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGC > CP009273/3701646‑3701931 | gCGGTCGCGCCGCATCCGACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAACAAGCCTGCTCGTTg > 2:74043/1‑145 (MQ=255) cGGTCGCGCCGCATCCGACAATGGCAGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCACGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCATGCCCGTTGa > 2:11074/1‑145 (MQ=255) ggTCGCGCCGCATCCGACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAg < 2:316944/145‑1 (MQ=255) ggTCGCGCCGCATCCGACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAg > 2:354375/1‑145 (MQ=255) ggTCGCGCCGCATCCGACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAg > 1:255620/1‑145 (MQ=255) gTCGCGCCCCATCCGACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTCCCGCCACTTATCAGGCCCACGTCGACTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGTCTGCTCGTTGAGc < 2:289779/145‑1 (MQ=21) tCGCGCCGCATCCGACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCa < 1:354375/145‑1 (MQ=255) tCGCGCCGCATCCGACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCa < 2:255620/145‑1 (MQ=255) gcgcCGCATCCGACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAgg < 2:53016/145‑1 (MQ=255) ccgcGTCCGACAAGGGCCGGCACATGTGCCTGATGCGACGCTGAAGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCTCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCAACGAGCAGGCtt < 1:20731/145‑1 (MQ=21) cATCCGACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTc > 2:246066/1‑145 (MQ=255) cGACAATGGCCTGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAAt < 2:145758/145‑1 (MQ=255) cGACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAAt < 1:304706/145‑1 (MQ=255) cGACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGACTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCCGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTCAGCAGGCTTTTCGAAt > 2:15129/1‑145 (MQ=255) gACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTCCGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAGAGAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGCAtt > 1:13412/1‑145 (MQ=255) gACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAGAAAAGCCTGCTCGTTGAGGAGGGTTTTCGAAtt > 1:13441/1‑145 (MQ=255) accaTGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACTCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAAttt < 1:170397/142‑1 (MQ=255) acaggggCCTGCACTTTTGCCTGATGCTACTCTGACGCGTCTTATCAGTCCTAGGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCGCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAAttt < 2:146075/140‑1 (MQ=17) aCAATGTCCGGAACATTTGCCTGATGCGTCGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAAttt < 2:17140/145‑1 (MQ=255) cAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTg < 2:48980/145‑1 (MQ=255) cacaTTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATa < 2:196896/145‑1 (MQ=255) catgtgcagtaTGCGACGCGGAGGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCCCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATaga < 2:74801/135‑1 (MQ=17) tttGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAgg > 1:285498/1‑145 (MQ=255) ttGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGa < 2:350940/145‑1 (MQ=255) ttGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGGCGGTGGTAGGGGa > 2:191169/1‑145 (MQ=255) ccTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTa < 1:416696/145‑1 (MQ=255) gATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCACATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACT‑c > 2:354045/1‑145 (MQ=255) aTGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTCCT‑Cg > 2:280351/1‑145 (MQ=255) aTGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACT‑cc > 1:351602/1‑144 (MQ=255) aTGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACT‑Cg > 2:47405/1‑145 (MQ=255) aTGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTAAGTCAAGTCGAACCTCCCAGCCCCCGGCGAGTCTCATCCTACTGAGCTGCAGATGCTAAAAAGCCGGCGCGCTGAGCAGGCTTTTCGAAGTTTGGCGTTGATAGAGGaatgagag > 1:128412/1‑138 (MQ=255) tGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGACCTACGTCGCGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCGCATGAGCTACAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGATGAGCAGGCTTTTCGGATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACg‑cgc > 2:214953/1‑145 (MQ=17) gCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGGTAAAGGATTACT‑CGcc > 1:148361/1‑145 (MQ=255) gCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACT‑CGcc > 2:382835/1‑145 (MQ=255) 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aaGCCTGCTCAACGACCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACT‑CGCCACTTCGTAGCTCGCCCTGCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTCTCTCGCTTCGCTCGAGTCGAACCCCCCTGCCCCCGGAGGCTCCCAt > 1:267807/1‑145 (MQ=38) aGCCTGCTCATTAAGCACGCTTTTCCAATTAGGTCGGTGACAGAGGATTACT‑CGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCGGGCCGTTGCCGGCCCAACGTTCTCTCGCTTCCCTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATc < 1:172596/145‑1 (MQ=38) cccgcgcGTTGACCAGGCTTTCCGAATTTGGGCGGCGGTGGCGGATTATT‑CGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTCTCTCGCTTCGCTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCt < 1:139862/139‑1 (MQ=38) ccTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACT‑CGCCACTTCGTGGCTCGCTCTGCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTCTCTCGCTTCGCTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGTGGGTCTCATCCt > 1:284474/1‑145 (MQ=255) cTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACT‑CGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTCTCTCGCTTCGCTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATcccc > 2:65925/1‑143 (MQ=255) cTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACT‑CGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTCTCTCGCTTCGCTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGGTCTCATCCTc > 2:253198/1‑145 (MQ=255) cTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACT‑CGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTCCCTCGCCTCGCTCGATGCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTc > 1:44568/1‑145 (MQ=255) tGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACT‑CGCCACTTCGTGGCGCGCCCTGCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTCTCTCGCTTCGCTCGACTCGAACCTCCCTGCCACCGGGAGCTCTCATCCTCa > 2:143003/1‑145 (MQ=38) tCGTTGAGCAGGCTTTTCGAAATTAATAGGAGATAGAGGATTACT‑CGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCGGGCAGTTGCTGGCTCAACGTTCTCTCGCTTCGCTCGAGCCGAACCTCCCTGCCCCCGGACGTACTCATCCGCAtca > 1:197114/1‑143 (MQ=255) gTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACT‑CGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTCTCTCGCTTCGCTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGc > 2:186926/1‑145 (MQ=255) gTTGAGCAGGCTTTTAGAATGTGGTCGGTGATAGAGGATTACT‑CGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTCTCTCGCTTCGCTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGc < 2:66583/145‑1 (MQ=255) | GCGGTCGCGCCGCATCCGACAATGGCCGGCACATTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACT‑CGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCGGGCCGTTGCTGGCGCAACGTTCTCTCGCTTCGCTCGAGTCGAACCTCCCTGCCCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGC > CP009273/3701646‑3701931 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |