| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 314453 = | 45 (0.950) | 61 (1.370) +TCA |
42/96 | NT | 74.3% | coding (873/888 nt) | eaeH | attaching and effacing protein, pathogenesis factor |
| ? | W3110S.gb | = 3920281 | 0 (0.000) | coding (88/213 nt) | cspA | major cold shock protein | |||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
TTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/314521‑314453‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCCT < W3110S.gb/3920281‑3920212 ||| TTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:2284823/70‑1TTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:830613/70‑1TTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:2471779/70‑1TTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT > 1:3543023/1‑70TTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:1462333/70‑1 TGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC < 1:681842/70‑1 GTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA < 1:1684210/70‑1 GTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA < 1:3152046/70‑1 GTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA < 1:3373170/70‑1 GTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT > 1:3189207/1‑68 TCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGT > 1:897040/1‑71 TCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGT < 1:544978/71‑1 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAagt < 1:2383843/70‑4 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAagt < 1:2943436/70‑4 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAagt < 1:2579887/70‑4 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAagt < 1:1003959/70‑4 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAagt > 1:2260137/1‑67 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAagt < 1:3376979/70‑4 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAagt < 1:1196045/70‑4 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGT < 1:840662/71‑1 TGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTT < 1:3951362/71‑1 TGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAG > 1:3256796/1‑67 TGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAG > 1:1076012/1‑67 TGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:2127214/62‑1 GAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC < 1:1434849/62‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA < 1:2783669/62‑1 TCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:2970715/58‑1 TCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGGGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:1014929/58‑1 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACT > 1:1353197/1‑71 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGT < 1:486674/60‑1 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCCCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGT < 1:72693/60‑1 CCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTT < 1:877865/71‑1 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTTTCCACTATTGCTGGGTAAGATC < 1:266160/53‑1 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTC > 1:3394163/1‑71 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAG > 1:1383931/1‑55 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA > 1:2281726/1‑54 GACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGT < 1:1936736/54‑1 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCG > 1:4137844/1‑58 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCG > 1:2504969/1‑58 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA < 1:4383895/51‑1 TGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTA > 1:4296797/1‑71 TGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGT < 1:12125/51‑1 TGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGT < 1:1526209/51‑1 TGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGT < 1:139898/51‑1 GAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTAT > 1:3640064/1‑71 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCT > 1:1794718/1‑68 GTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAG < 1:36617/71‑1 TTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTT > 1:1820980/1‑57 TTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA > 1:2124207/1‑43 TTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA < 1:2441882/43‑1 TTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC < 1:34421/42‑1 TTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCt > 1:359284/1‑41 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAAC > 1:3855312/1‑71 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA > 1:3140928/1‑41 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:106510/39‑1 TCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGGTATCCAGAACGAT > 1:3896376/1‑71 TCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT > 1:1190867/1‑36 TCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT > 1:160322/1‑36 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGG > 1:3452992/1‑71 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGG > 1:2433309/1‑71 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGT < 1:2782260/71‑1 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTG < 1:3688294/54‑1 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA < 1:3998542/35‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGa < 1:3000797/38‑2 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGT < 1:2658967/38‑1 TTAGCCGCGTGGCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTT < 1:4321003/48‑1 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTA > 1:251555/1‑71 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTA > 1:3204432/1‑42 AGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTA > 1:1034557/1‑70 AGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTA > 1:3415986/1‑70 CCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTAC < 1:4374279/40‑1 CGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATC > 1:4093579/1‑71 GTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCT > 1:2897638/1‑71 GTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCT > 1:3702922/1‑71 GTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAAC < 1:3557523/56‑1 TGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTC < 1:3094779/71‑1 TGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATC > 1:1932990/1‑49 GTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATC < 1:1778843/48‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTG < 1:852001/71‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTG < 1:1135602/71‑1 ACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTG < 1:3253124/68‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACt > 1:3068836/1‑69 TATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAA > 1:1432970/1‑59 TATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTA < 1:1375324/56‑1 ATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACG > 1:2589755/1‑69 TTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGA < 1:4333249/69‑1 TTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTG > 1:3594866/1‑64 TTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTG > 1:2221839/1‑64 GCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGG < 1:2850301/70‑1 CTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCT > 1:4111321/1‑58 GGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGA < 1:1604331/71‑1 GGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAA > 1:845134/1‑52 GGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAAC < 1:2315675/40‑1 ATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGT < 1:4144344/71‑1 TCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAG > 1:2632696/1‑58 TCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGAT < 1:1460654/36‑1 CAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCC > 1:1183910/1‑71 CAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCC > 1:1127032/1‑71 AGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCCT > 1:167462/1‑71 AGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAA < 1:1453606/63‑1 ||| TTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/314521‑314453‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCCT < W3110S.gb/3920281‑3920212 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |