| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 60 (1.260) | 29/102 | NT | 98.4% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 1 (0.020) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
GAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566062‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATG < W3110S.gb/576913‑576846 GAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT < 1:3522088/70‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA < 1:661082/71‑1 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT < 1:2597648/71‑1 CTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA < 1:4189111/65‑1 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT < 1:1376645/62‑1 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATG > 1:2822053/1‑71 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATG > 1:3477082/1‑71 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATG > 1:474515/1‑71 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATG > 1:1785790/1‑71 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTA < 1:716914/71‑1 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTA < 1:908571/71‑1 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC < 1:3246559/69‑1 GAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAG > 1:1914984/1‑71 GAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC > 1:1635421/1‑66 GAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC > 1:1403277/1‑66 GAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTA > 1:1630249/1‑56 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCTTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:3471158/71‑1 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:4101201/71‑1 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:3418243/71‑1 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAG > 1:3408931/1‑70 GAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCA < 1:586606/71‑1 GAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC > 1:2168439/1‑70 ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCT > 1:2110609/1‑71 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTC > 1:1676085/1‑71 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGC > 1:3917796/1‑71 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGC > 1:1440744/1‑71 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC < 1:828960/69‑1 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC > 1:2905109/1‑66 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCa > 1:951446/1‑65 AGCCGCGTGTCCACTATTGCTGTGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTA < 1:1343665/52‑1 AGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCAC > 1:2390167/1‑70 AGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCA < 1:1395577/69‑1 AGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGT > 1:2390390/1‑35 AGCCGCCTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCAC > 1:7341/1‑70 GCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATCCTATAGCAATTGCTCCGCCACC < 1:3020455/70‑1 GCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATACTATAGCAATTGCTCCGCCACC < 1:1545206/70‑1 TGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCA < 1:3733893/71‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG < 1:1885297/70‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG < 1:2547096/70‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT < 1:2590811/36‑1 CACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATA > 1:3735263/1‑43 CACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGA > 1:2488570/1‑36 CACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGA > 1:917516/1‑36 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC < 1:3337322/57‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC < 1:668106/57‑1 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC > 1:1259378/1‑50 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCAGCCACCA > 1:2990644/1‑57 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACG > 1:4117845/1‑71 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACG > 1:1741889/1‑71 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACG > 1:2865579/1‑71 TGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGG > 1:2371922/1‑71 CTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCT > 1:847588/1‑71 CTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCT > 1:2626485/1‑44 TGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCAac < 1:1740767/51‑3 TGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC < 1:2829785/51‑1 TAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCG < 1:3525855/71‑1 TAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCG < 1:2619579/71‑1 TAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCG < 1:2624606/71‑1 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATATCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTA < 1:2602974/71‑1 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGT < 1:3459785/70‑1 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGT < 1:269351/70‑1 atgAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < 1:3873815/68‑1 ATCAAGTTATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < 1:3775123/71‑1 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < 1:4206195/71‑1 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATG < 1:3988447/71‑1 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT > 1:187164/1‑70 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT > 1:2696268/1‑69 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:725351/1‑43 GAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566062‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATG < W3110S.gb/576913‑576846 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |