| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | W3110S.gb | 1,301,041 | Δ1,336 bp | 100% | insC–insD | insC, insD | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | W3110S.gb | 1301041–1302370 | 1302376 | 7–1336 | 73 [0] | [0] 71 | insC–insD | insC,insD |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 1301040 | 0 (0.000) | 49 (1.200) | 36/88 | NT | 100% | intergenic (+218/‑90) | ychE/insC | predicted inner membrane protein/IS2 element protein |
| ? | W3110S.gb | 1302377 = | 0 (0.000) | intergenic (+19/‑519) | insD/oppA | IS2 element protein/oligopeptide transporter subunit | |||||
CTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/1300967‑1301040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatattaTTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA > W3110S.gb/1302377‑1302445 CTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA < 1:1360125/69‑1CTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA < 1:2342893/69‑1 TCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATAT > 1:171810/1‑70 CTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA > 1:2831802/1‑71 CTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATAT < 1:3412223/69‑1 CTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATAT < 1:2746622/69‑1 CTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:3741092/70‑1 CTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:1558/70‑1 CTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:862024/70‑1 CTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA < 1:2507647/68‑1 CTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATAT > 1:709286/1‑66 ACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT < 1:1010972/71‑1 ACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT > 1:3873530/1‑71 ACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATA > 1:621451/1‑62 CCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC < 1:406038/71‑1 CCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC < 1:3441872/71‑1 CCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC < 1:3447002/71‑1 ATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCA < 1:1597987/71‑1 ATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACT < 1:2028583/70‑1 TGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTCCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGC > 1:3220094/1‑71 GTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCC > 1:2279319/1‑71 TTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCT > 1:2278639/1‑71 TTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCT > 1:2659676/1‑71 TTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:4219705/58‑1 TTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTT < 1:2239046/70‑1 TTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA < 1:1989621/48‑1 TTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGG > 1:3269977/1‑70 TCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGT < 1:3135295/70‑1 TCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT < 1:2219916/56‑1 TCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATT < 1:1826787/56‑1 CGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT > 1:3907612/1‑51 CGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT > 1:797891/1‑51 GCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAG < 1:91940/70‑1 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTTAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:688164/71‑1 CATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCC > 1:659722/1‑52 ATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAA < 1:2142134/70‑1 ATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA > 1:11787/1‑69 ATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTA < 1:3390261/64‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAG > 1:3992305/1‑71 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA > 1:296341/1‑65 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGC < 1:54129/55‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:1009654/44‑1 CATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGT > 1:1070477/1‑71 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCT > 1:698765/1‑55 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:270496/42‑1 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAT > 1:27500/1‑41 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA > 1:825527/1‑40 TAATCCTGGGGTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAG < 1:1172066/61‑1 AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAA > 1:2632238/1‑42 ATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:3400848/39‑1 TCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA > 1:2667910/1‑70 TCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCC < 1:3969889/44‑1 GGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATA < 1:502135/69‑1 GCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAG < 1:1581074/59‑1 TGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAAT < 1:997652/67‑1 GCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC < 1:169977/70‑1 GCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC < 1:3909958/70‑1 TGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGG < 1:3035644/49‑1 tAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT > 1:2974382/2‑70 GAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT > 1:1848163/1‑70 ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA < 1:3553033/70‑1 ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA < 1:4355081/70‑1 ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTCCTAAATAATAATCAATTGTTA > 1:2503243/1‑70 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAA < 1:877569/71‑1 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATT < 1:4304236/71‑1 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATT < 1:4413416/71‑1 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAA > 1:3273661/1‑43 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTA < 1:2579806/71‑1 TGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTAT > 1:2803063/1‑71 TGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAA > 1:2714426/1‑41 TGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAA > 1:2305036/1‑41 AATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTAT < 1:1171031/68‑1 ATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG < 1:3949132/71‑1 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCTATTGTTAAATTATTGTGCAT > 1:3321137/1‑71 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAAT > 1:3602484/1‑44 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTT < 1:1596406/70‑1 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG < 1:2706594/65‑1 TATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA > 1:4194785/1‑71 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA > 1:2828888/1‑70 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCA > 1:3491931/1‑65 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCA > 1:4244082/1‑65 CTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/1300967‑1301040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatattaTTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA > W3110S.gb/1302377‑1302445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |