| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 5 (0.110) | 39 (0.870) | 26/96 | NT | 89.2% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
GTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/2018631‑2018571‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACG > W3110S.gb/2519723‑2519792 GTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTA < 1:3806311/71‑1GTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCT < 1:3510854/70‑1 GAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACT > 1:2579832/1‑71 GATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTA < 1:1497924/71‑1 GCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGG < 1:4086844/71‑1 CTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTT < 1:3285297/71‑1 TCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGT > 1:1895325/1‑71 CATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTG > 1:72668/1‑71 CATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTG > 1:2552401/1‑71 CATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGT < 1:2977747/70‑1 ATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG < 1:3595965/71‑1 GGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:3998833/71‑1 GCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:2850716/70‑1 GAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:334626/67‑1 GAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTT < 1:1620441/60‑1 ACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT < 1:650773/71‑1 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGA > 1:3969541/1‑71 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTA > 1:2981633/1‑62 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTA > 1:638162/1‑62 ACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT > 1:3812187/1‑71 ACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATA > 1:2334846/1‑70 ACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATA > 1:2329626/1‑70 CAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATG < 1:3584770/71‑1 AGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTA < 1:160927/39‑1 GCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTA < 1:1484543/71‑1 GCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTA < 1:3505046/71‑1 GCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTA < 1:230890/71‑1 GCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTT > 1:1551342/1‑70 GCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTT > 1:3381125/1‑70 CAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAC < 1:1861415/71‑1 AGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACG < 1:4369838/71‑1 GGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGT > 1:1888075/1‑71 GGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGAGGTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGC < 1:1664976/54‑1 TGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCC < 1:2266682/71‑1 GGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCC < 1:3210276/70‑1 GGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCC > 1:2796038/1‑70 AGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGAT < 1:1181704/71‑1 AGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGAT < 1:2228384/71‑1 GGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTA < 1:883550/71‑1 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTA < 1:666211/69‑1 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:3904729/35‑1 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:2729035/35‑1 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:3405457/35‑1 CGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCT > 1:813745/1‑71 GCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTC < 1:2601932/71‑1 GCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAT < 1:436332/64‑1 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:505045/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAC > 1:892503/1‑51 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:51338/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:3779828/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA < 1:3507273/70‑1 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAC > 1:999594/1‑50 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACG < 1:826136/71‑1 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC < 1:1052426/70‑1 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:2659022/1‑69 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAT < 1:821029/61‑1 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAT < 1:835659/61‑1 GTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/2018631‑2018571‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACG > W3110S.gb/2519723‑2519792 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |