| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 3 (0.060) | 62 (1.300) | 43/102 | NT | 95.4% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
GGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748860‑3748799‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > W3110S.gb/4056222‑4056290 GGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:180755/68‑1 GTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTC > 1:1431642/1‑71 TGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCC < 1:2724397/71‑1 TGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGA > 1:1568309/1‑67 TTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT > 1:1878127/1‑70 TTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT > 1:3488188/1‑70 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:4255510/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:4160364/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:3841681/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:2614194/69‑1 TCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT < 1:2185770/71‑1 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA > 1:132574/1‑71 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:1286500/1‑67 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT > 1:3699777/1‑65 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT > 1:3444736/1‑71 CATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG > 1:183752/1‑71 TTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAAC < 1:578926/57‑1 TTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:211027/48‑1 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTTATAGTGTTT > 1:3968289/1‑70 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:3109318/70‑1 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGAC > 1:1927571/1‑49 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT < 1:3154831/71‑1 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:2476678/1‑71 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT < 1:2408130/71‑1 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA < 1:1421377/53‑1 TTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTC < 1:118723/71‑1 TTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATA < 1:3412509/58‑1 TTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTG < 1:1924982/55‑1 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA < 1:1094684/70‑1 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA > 1:1615690/1‑64 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA > 1:3685752/1‑64 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGA > 1:3732216/1‑40 TCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAG < 1:17110/70‑1 CAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGA > 1:1843964/1‑70 CAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT > 1:1271449/1‑60 CAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT > 1:1656939/1‑60 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATA < 1:4108634/71‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:683095/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:2216666/45‑1 CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATG < 1:3626801/70‑1 CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGA > 1:200198/1‑65 TCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGC > 1:955534/1‑69 TCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCA < 1:4276343/36‑1 ATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:2282106/1‑39 ATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:3275604/1‑39 ATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:1432919/1‑39 TTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAT < 1:1781900/71‑1 CCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATG < 1:2086293/70‑1 CGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAC < 1:4059193/71‑1 CGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAC < 1:793163/71‑1 TTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG < 1:2508810/38‑1 TATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:1508706/53‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:2988615/70‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATG > 1:1418800/1‑56 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATG > 1:4159986/1‑56 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCA < 1:3175629/71‑1 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTT < 1:1089586/39‑1 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTT > 1:3287257/1‑37 TTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG < 1:1787974/70‑1 TTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:661693/37‑1 TATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCC > 1:2227312/1‑53 TATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA < 1:4308065/38‑1 ATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA < 1:220505/37‑1 ATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA < 1:1645806/37‑1 TTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAG < 1:3845416/70‑1 AGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > 1:2261412/1‑71 AGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > 1:2057947/1‑71 GGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC < 1:2423821/70‑1 GGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAC < 1:49506/55‑1 GGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748860‑3748799‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > W3110S.gb/4056222‑4056290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |