| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 85,776 | T→C | 7.8% | R49R (CGT→CGC) | ilvI → | acetolactate synthase III, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 85,776 | 0 | T | C | 7.8% | 129.3 / 2.7 | 51 | R49R (CGT→CGC) | ilvI | acetolactate synthase III, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/20); new base C (2/2); total (29/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGCGTCGTGCT > W3110S.gb/85706‑85844 | ccGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGt < 1:1204677/71‑1 (MQ=255) cGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTc < 1:4395094/71‑1 (MQ=255) gAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCAt < 1:1302157/71‑1 (MQ=255) gAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCAt < 1:4123373/71‑1 (MQ=255) aGGCGCGGTCCTTGATATTTACGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATCGATCATGTTTTAGTTCGCCATg < 1:2235003/71‑1 (MQ=255) aGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATg < 1:3900002/71‑1 (MQ=255) aGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATg < 1:4115921/71‑1 (MQ=255) ccTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCa > 1:3306136/1‑66 (MQ=255) ccTTGATATTTACGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATCGATCATGTTTTAGTTCGCCATg > 1:3225205/1‑62 (MQ=255) ccTTGATATTTACGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATCGATCATGTTTTAGTTCGCCATg > 1:877746/1‑62 (MQ=255) cTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCa > 1:1031809/1‑65 (MQ=255) cTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAggcggc < 1:2656574/71‑1 (MQ=255) cTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAggcggc > 1:3221665/1‑71 (MQ=255) cTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAggcggc > 1:3345222/1‑71 (MQ=255) cTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAggcggc > 1:2982095/1‑71 (MQ=255) cTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAggcggc > 1:1468953/1‑71 (MQ=255) gATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGt > 1:1759156/1‑71 (MQ=255) gATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGt > 1:3225165/1‑71 (MQ=255) tatTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTg < 1:1709573/70‑1 (MQ=255) tttATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCa < 1:4330777/70‑1 (MQ=255) tttATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCa < 1:3389855/70‑1 (MQ=255) tttATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCa < 1:1804658/70‑1 (MQ=255) tttATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCa < 1:3898458/70‑1 (MQ=255) tattatGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGc > 1:3711647/1‑67 (MQ=255) tATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGc > 1:3269136/1‑55 (MQ=255) tATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCatat > 1:3642642/1‑71 (MQ=255) tATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCata < 1:1758617/70‑1 (MQ=255) tATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCata > 1:998776/1‑70 (MQ=255) 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tgggtggTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCTGTGCATATGGCCGATGGcc < 1:1528887/63‑1 (MQ=255) tgggtggTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGcc < 1:1098434/56‑1 (MQ=255) tATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCa < 1:3067843/42‑1 (MQ=255) ttGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCg > 1:599602/1‑48 (MQ=255) aTCATGTTTTAGTTCGCCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATggtc < 1:1449114/51‑3 (MQ=38) tCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAg > 1:1490405/1‑71 (MQ=255) aGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGaa > 1:3106513/1‑61 (MQ=255) gTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGcctcgt < 1:1954626/71‑1 (MQ=255) ttCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGcgtcgt < 1:3493608/70‑1 (MQ=255) cGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCt > 1:75252/1‑38 (MQ=255) cGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGCGTCGTGCt > 1:3003670/1‑71 (MQ=255) gTCATGAGCAGGCGGCGGCGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGCGTCGTGc < 1:1144378/69‑1 (MQ=255) | CCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGCGTCGTGCT > W3110S.gb/85706‑85844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |