| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 689,849 | A→T | 10.5% | R485R (CGT→CGA) | lnt ← | apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 689,849 | 0 | A | T | 10.5% | 140.2 / 7.9 | 56 | R485R (CGT→CGA) | lnt | apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/27); new base T (3/3); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGCAGACTCATCAACACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGG > W3110S.gb/689780‑689917 | aCGCAGACTCATCAACACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTAc > 1:2821327/1‑71 (MQ=255)aCGCAGACTCATCAACACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTAc > 1:3224844/1‑71 (MQ=255) gCAGACTCATCAACACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGt > 1:3384835/1‑71 (MQ=255) gACTCATCAACACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCg < 1:3912548/71‑1 (MQ=255) aCTCATCAACACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCg > 1:2785836/1‑70 (MQ=255) cTCATCAACACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTa < 1:1739166/71‑1 (MQ=255) caACACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTga < 1:405884/63‑2 (MQ=255) aaCACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGTCGGTACGTGCGTATGgtg > 1:2087195/1‑70 (MQ=255) aaCACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGc > 1:2971752/1‑62 (MQ=255) aaCACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGgtgt > 1:1534808/1‑71 (MQ=255) aaCACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGgtgt < 1:3575124/71‑1 (MQ=255) aaCACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGgtgt < 1:3618285/71‑1 (MQ=255) aaCACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGgtgt < 1:3723224/71‑1 (MQ=255) aaCACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGgtg < 1:2469420/70‑1 (MQ=255) gcagcaAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTcc > 1:3762144/1‑71 (MQ=255) agcaAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCgg < 1:3367626/71‑1 (MQ=255) agcaAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCgg < 1:3602592/71‑1 (MQ=255) caAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCggtg > 1:3165052/1‑71 (MQ=255) 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(MQ=255) aGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTTCGTGCGTACGGTGTGAGTCCGGTGGTTGGTGTCACGTTAGTGGt > 1:3988256/1‑71 (MQ=255) gCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGgtgt < 1:3771735/40‑1 (MQ=255) gCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGtt < 1:1094864/71‑1 (MQ=255) cACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTa < 1:2332010/71‑1 (MQ=255) aCCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTaa > 1:2854786/1‑71 (MQ=255) aCCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGGGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTaa < 1:961140/71‑1 (MQ=255) acaGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCa > 1:1446606/1‑54 (MQ=255) acaGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACAcc > 1:4135747/1‑71 (MQ=255) caGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGGGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCt > 1:2090488/1‑71 (MQ=255) caGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTaa < 1:4079363/66‑1 (MQ=255) aGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGt > 1:3346233/1‑70 (MQ=255) ttGCCGGTACGTTCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTcg < 1:582900/63‑1 (MQ=255) ttGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGaa < 1:2586447/71‑1 (MQ=255) gCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACt > 1:1897478/1‑71 (MQ=255) cGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGt < 1:1480657/49‑1 (MQ=255) cGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGc < 1:1366763/71‑1 (MQ=255) gTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCgg > 1:460971/1‑71 (MQ=255) | ACGCAGACTCATCAACACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGG > W3110S.gb/689780‑689917 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |