| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 689,858 | T→C | 10.7% | P482P (CCA→CCG) | lnt ← | apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 689,858 | 0 | T | C | 10.7% | 138.0 / 8.6 | 56 | P482P (CCA→CCG) | lnt | apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/29); new base C (3/3); total (24/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.60e-01 | |||||||||||
AACACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGATCATCGC > W3110S.gb/689793‑689926 | aaCACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGTCGGTACGTGCGTATGgtg > 1:2087195/1‑70 (MQ=255)aaCACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGgtgt < 1:3575124/71‑1 (MQ=255)aaCACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGgtgt < 1:3618285/71‑1 (MQ=255)aaCACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGgtgt < 1:3723224/71‑1 (MQ=255)aaCACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGgtgt > 1:1534808/1‑71 (MQ=255)aaCACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGgtg < 1:2469420/70‑1 (MQ=255) gcagcaAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTcc > 1:3762144/1‑71 (MQ=255) agcaAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCgg < 1:3367626/71‑1 (MQ=255) agcaAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCgg < 1:3602592/71‑1 (MQ=255) caAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCggtg > 1:2945771/1‑71 (MQ=255) caAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCggtg > 1:3165052/1‑71 (MQ=255) aCCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCg > 1:373783/1‑71 (MQ=255) aCCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCg > 1:3925426/1‑71 (MQ=255) cAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTcc < 1:4331895/61‑1 (MQ=255) cAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGc > 1:2724177/1‑71 (MQ=255) aaaCAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTcc < 1:2056003/60‑1 (MQ=255) cAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCa > 1:265689/1‑71 (MQ=255) agcgCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTTCGTGCGTACGGTGTGAGTCCGGTGGTTGGTGTCAc < 1:1437681/68‑1 (MQ=255) agcgCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTTCGTGCGTACGGTGTGAGTCCGGTGGTTGGTGTCAc < 1:2978768/68‑1 (MQ=255) agcgCCGACAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTTCGTGCGTACGGTGTGAGTCCGGTGGTTGGTGTCAc < 1:718529/68‑1 (MQ=255) aaTGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGa < 1:4432444/52‑1 (MQ=255) aTGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACg < 1:2644459/71‑1 (MQ=255) gCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGt < 1:598571/70‑1 (MQ=255) ccGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGt > 1:757119/1‑69 (MQ=255) gTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGt < 1:2212622/71‑1 (MQ=255) gTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGt < 1:136683/71‑1 (MQ=255) aGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTTCGTGCGTACGGTGTGAGTCCGGTGGTTGgtgt > 1:3606381/1‑59 (MQ=255) aGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTTCGTGCGTACGGTGTGAGTCCGGTGGTTGGTGTCACGTTAGTgg > 1:1473374/1‑70 (MQ=255) 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1:3346233/1‑70 (MQ=255) ttGCCGGTACGTTCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTcg < 1:582900/63‑1 (MQ=255) ttGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGaa < 1:2586447/71‑1 (MQ=255) gCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACt > 1:1897478/1‑71 (MQ=255) cGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGt < 1:1480657/49‑1 (MQ=255) cGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGc < 1:1366763/71‑1 (MQ=255) gTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCgg > 1:460971/1‑71 (MQ=255) cGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGa < 1:2031621/70‑1 (MQ=255) gTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGatc < 1:1951583/71‑1 (MQ=255) tGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTcgcg < 1:4420301/54‑1 (MQ=255) tGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTcgcg < 1:1784070/54‑1 (MQ=255) tGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAAc > 1:3240856/1‑61 (MQ=255) tGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGatca < 1:3640969/71‑1 (MQ=255) tGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGatca < 1:690831/71‑1 (MQ=255) tGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGatca > 1:910745/1‑71 (MQ=255) cGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCggg > 1:719650/1‑54 (MQ=255) tATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGATCATCGc < 1:2608468/71‑1 (MQ=255) tATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGATCATCGc > 1:172159/1‑71 (MQ=255) tGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTg < 1:685716/57‑1 (MQ=255) | AACACAGCAGCAAAACCAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGATCATCGC > W3110S.gb/689793‑689926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |