| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 689,879 | C→T | 11.1% | T475T (ACG→ACA) | lnt ← | apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 689,879 | 0 | C | T | 11.1% | 123.4 / 5.6 | 45 | T475T (ACG→ACA) | lnt | apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/23); new base T (2/3); total (19/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
CAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGATCATCGCCTGAATCTCACCCTGCGGGCCAA > W3110S.gb/689809‑689949 | cAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGc > 1:2724177/1‑71 (MQ=255) cAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCa > 1:265689/1‑71 (MQ=255) agcgCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTTCGTGCGTACGGTGTGAGTCCGGTGGTTGGTGTCAc < 1:1437681/68‑1 (MQ=255) agcgCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTTCGTGCGTACGGTGTGAGTCCGGTGGTTGGTGTCAc < 1:2978768/68‑1 (MQ=255) agcgCCGACAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTTCGTGCGTACGGTGTGAGTCCGGTGGTTGGTGTCAc < 1:718529/68‑1 (MQ=255) aTGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACg < 1:2644459/71‑1 (MQ=255) gCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGt < 1:598571/70‑1 (MQ=255) ccGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGt > 1:757119/1‑69 (MQ=255) gTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGt < 1:2212622/71‑1 (MQ=255) gTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGt < 1:136683/71‑1 (MQ=255) aGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTTCGTGCGTACGGTGTGAGTCCGGTGGTTGgtgt > 1:3606381/1‑59 (MQ=255) aGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTTCGTGCGTACGGTGTGAGTCCGGTGGTTGGTGTCACGTTAGTgg > 1:1473374/1‑70 (MQ=255) aGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTTCGTGCGTACGGTGTGAGTCCGGTGGTTGGTGTCACGTTAGTGGt > 1:3988256/1‑71 (MQ=255) gCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGtt < 1:1094864/71‑1 (MQ=255) cACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTa < 1:2332010/71‑1 (MQ=255) aCCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTaa > 1:2854786/1‑71 (MQ=255) aCCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGGGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTaa < 1:961140/71‑1 (MQ=255) acaGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCa > 1:1446606/1‑54 (MQ=255) acaGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACAcc > 1:4135747/1‑71 (MQ=255) caGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGGGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCt > 1:2090488/1‑71 (MQ=255) caGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTaa < 1:4079363/66‑1 (MQ=255) aGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGt > 1:3346233/1‑70 (MQ=255) ttGCCGGTACGTTCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTcg < 1:582900/63‑1 (MQ=255) ttGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGaa < 1:2586447/71‑1 (MQ=255) gCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACt > 1:1897478/1‑71 (MQ=255) cGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGt < 1:1480657/49‑1 (MQ=255) cGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGc < 1:1366763/71‑1 (MQ=255) gTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCgg > 1:460971/1‑71 (MQ=255) cGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGa < 1:2031621/70‑1 (MQ=255) gTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGatc < 1:1951583/71‑1 (MQ=255) tGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTcgcg < 1:1784070/54‑1 (MQ=255) tGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTcgcg < 1:4420301/54‑1 (MQ=255) tGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAAc > 1:3240856/1‑61 (MQ=255) tGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGatca > 1:910745/1‑71 (MQ=255) tGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGatca < 1:3640969/71‑1 (MQ=255) tGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGatca < 1:690831/71‑1 (MQ=255) cGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCggg > 1:719650/1‑54 (MQ=255) tATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGATCATCGc > 1:172159/1‑71 (MQ=255) tATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGATCATCGc < 1:2608468/71‑1 (MQ=255) tGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTg < 1:685716/57‑1 (MQ=255) gtgtGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGatca > 1:3087251/1‑63 (MQ=255) gtgAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGATCATCGCCTGAAt > 1:2765697/1‑71 (MQ=255) aGTCCGGTGGGCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAAATGCGGGATCATCGCCTGAAtct < 1:1220379/70‑1 (MQ=255) ccGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGatcat > 1:1378885/1‑56 (MQ=255) ggtCGGCGTCACGTTAGTCGTTAACACCTCGCGGGTGaa > 1:4403751/1‑39 (MQ=255) gtCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGATCATCGCCTGAATCTCACCCTGCgg < 1:2963071/71‑1 (MQ=255) gCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGATCATCGCCTGAATCTCACCCTGCGGGCCa < 1:3551779/71‑1 (MQ=255) cGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGatcat > 1:1874836/1‑45 (MQ=255) cGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGATCATCGCCTGAATCTCACCCTGCGGGCCaa < 1:863278/71‑1 (MQ=255) | CAAACAATGCCGTCAGCACCCACAGCGGCCAGTTGCCGGTACGTGCGTATGGTGTGAGTCCGGTGGTCGGCGTCACGTTAGTGGTTAACACCTCGCGGGTGAACTGCGGGATCATCGCCTGAATCTCACCCTGCGGGCCAA > W3110S.gb/689809‑689949 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |