| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 756,245 | T→C | 5.0% | A88A (GCT→GCC) | sdhD → | succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 756,245 | 0 | T | C | 5.0% | 214.8 / 2.2 | 79 | A88A (GCT→GCC) | sdhD | succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/33); new base C (2/2); total (44/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
TGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTG > W3110S.gb/756175‑756314 | tGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCt > 1:3685208/1‑71 (MQ=255) gTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCtt > 1:1365366/1‑71 (MQ=255) ttttCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCt < 1:3893610/69‑1 (MQ=255) ttCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgc > 1:2874685/1‑71 (MQ=255) ttCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgc > 1:190138/1‑71 (MQ=255) tCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCt < 1:566257/70‑1 (MQ=255) tCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCt < 1:2160517/70‑1 (MQ=255) cTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGa > 1:652858/1‑71 (MQ=255) ttGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCt < 1:4155087/68‑1 (MQ=255) gATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGAtgc > 1:1888195/1‑71 (MQ=255) aTCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTgc < 1:1530863/61‑1 (MQ=255) ccATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgctg < 1:3809116/70‑1 (MQ=255) caaTGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGAGCCTGAtgctg < 1:857587/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGAtgctgc > 1:3908354/1‑70 (MQ=255) cATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCa < 1:2608371/71‑1 (MQ=255) tGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAAc < 1:3473099/71‑1 (MQ=255) tGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAAc > 1:1106508/1‑71 (MQ=255) ccTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTg > 1:3522202/1‑71 (MQ=255) tGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCt < 1:2128099/56‑1 (MQ=255) gATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGt < 1:3690920/69‑1 (MQ=255) gATCGGCATGTGCCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTg < 1:3330013/70‑1 (MQ=255) tCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGAt > 1:1273602/1‑70 (MQ=255) cGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGAtt > 1:3016352/1‑70 (MQ=255) tgGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCttt > 1:494858/1‑38 (MQ=255) tgGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTg > 1:3543004/1‑70 (MQ=255) tgGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTg > 1:1033271/1‑70 (MQ=255) tgGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTg > 1:1061685/1‑70 (MQ=255) ggCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTcct > 1:1709600/1‑65 (MQ=255) cAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACt > 1:1974278/1‑71 (MQ=255) cAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACt < 1:4212785/71‑1 (MQ=255) aGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtg < 1:3704310/71‑1 (MQ=255) ggTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtgg > 1:2947051/1‑71 (MQ=255) ggTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtgg < 1:2902714/71‑1 (MQ=255) gtgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtgg < 1:3046048/70‑1 (MQ=255) gtgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACt < 1:2887589/68‑1 (MQ=255) gtgtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtggt > 1:1478359/1‑71 (MQ=255) gtTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtggtgg > 1:3954443/1‑71 (MQ=255) ttGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTg < 1:4103071/51‑1 (MQ=255) ttGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTg < 1:855433/51‑1 (MQ=255) tGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGt > 1:1280747/1‑55 (MQ=255) gACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGa > 1:592313/1‑50 (MQ=255) gACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtggtgg < 1:3494796/68‑1 (MQ=255) gACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtggt > 1:3019203/1‑66 (MQ=255) gACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTggtggt > 1:2576339/1‑69 (MQ=255) gACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGtt < 1:1815240/70‑1 (MQ=255) gACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGtt > 1:2286132/1‑70 (MQ=255) gACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGtt > 1:2248/1‑70 (MQ=255) gACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtg < 1:4299007/64‑1 (MQ=255) gACCGACTACGTTAAACCGCTGGCCTTGCGCCTGATGCTGCAACT‑GTGATTGTCGTTGCACtg < 1:4163920/63‑1 (MQ=255) gACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGt < 1:4278101/71‑1 (MQ=255) aCTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAAc < 1:2203019/39‑1 (MQ=255) aCTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAAc < 1:2386835/39‑1 (MQ=255) aCTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGttt < 1:27850/66‑1 (MQ=255) cTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACg > 1:562043/1‑68 (MQ=255) cGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGAtt > 1:3258959/1‑70 (MQ=255) cGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGAtt > 1:1709185/1‑70 (MQ=255) cGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGAtt > 1:494782/1‑70 (MQ=255) cGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTAGTGGTTTACGTGAtt < 1:1426096/70‑1 (MQ=255) gTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGt < 1:1735839/44‑1 (MQ=255) tAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATg > 1:835814/1‑71 (MQ=255) tAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATg > 1:2910708/1‑71 (MQ=255) tAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATg > 1:1558150/1‑71 (MQ=255) tAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGATGCTACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATg > 1:4060715/1‑71 (MQ=255) aaaCCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATg > 1:942112/1‑70 (MQ=255) aaaCCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATg > 1:4005274/1‑70 (MQ=255) aaaCCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATg > 1:2334483/1‑70 (MQ=255) aaaCCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATg > 1:238300/1‑70 (MQ=255) aaCCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGa > 1:2086608/1‑71 (MQ=255) cTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCg > 1:3268508/1‑70 (MQ=255) cTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGt > 1:840818/1‑71 (MQ=255) tGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACt > 1:2495245/1‑43 (MQ=255) tGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACt > 1:1152488/1‑43 (MQ=255) tGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACt > 1:3283654/1‑43 (MQ=255) tGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGtt > 1:2745693/1‑71 (MQ=255) tGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGtt > 1:1472121/1‑71 (MQ=255) ggCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATg < 1:344103/62‑1 (MQ=255) gCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTTGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTtgt < 1:2776078/71‑1 (MQ=255) gCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTa < 1:2604509/59‑1 (MQ=255) gCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGa > 1:2377882/1‑63 (MQ=255) gCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTtg < 1:1460860/70‑1 (MQ=255) cTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGAtt < 1:3514406/56‑1 (MQ=255) cTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTtgtg < 1:3704478/71‑1 (MQ=255) cTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTtgtg < 1:2503151/71‑1 (MQ=255) | TGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCATGTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTG > W3110S.gb/756175‑756314 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |