| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 849,377 | T→C | 6.4% | intergenic (‑44/+255) | dps ← / ← rhtA | Fe‑binding and storage protein/threonine and homoserine efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 849,377 | 0 | T | C | 6.4% | 164.7 / 2.9 | 62 | intergenic (‑44/+255) | dps/rhtA | Fe‑binding and storage protein/threonine and homoserine efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/30); new base C (2/2); total (30/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
TAACTAATTTAGCGGTACTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTGGTAACAAGC > W3110S.gb/849312‑849445 | tAACTAATTTAGCGGTACTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAg > 1:4423576/1‑70 (MQ=255) cTAATTTAGCGGTACTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTaa < 1:3237494/66‑1 (MQ=255) aaTTTAGCGGTACTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAg > 1:1726522/1‑70 (MQ=255) aTTTAGCGGTACTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGc < 1:1661386/70‑1 (MQ=255) aTTTAGCGGTACTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGc < 1:3947776/70‑1 (MQ=255) ttAGCGGTACTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCAcc > 1:365238/1‑71 (MQ=255) cGGTACTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCt < 1:4035671/71‑1 (MQ=255) gTACTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTAt < 1:2976690/71‑1 (MQ=255) aCTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGACTAAGt > 1:2003729/1‑55 (MQ=255) cTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAGCGAGATTAAGTATAGCa > 1:1704703/1‑60 (MQ=255) cTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCa > 1:3569129/1‑60 (MQ=255) cTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCa > 1:1497944/1‑60 (MQ=255) tCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGAt < 1:2317012/48‑1 (MQ=255) tCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAg < 1:4260629/52‑1 (MQ=255) cATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGtt > 1:2067736/1‑71 (MQ=255) aTAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTc > 1:536985/1‑71 (MQ=255) aTAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTc > 1:708986/1‑71 (MQ=255) aTAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTc > 1:2050480/1‑71 (MQ=255) tAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAg < 1:1902185/49‑1 (MQ=255) tAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAg < 1:54500/49‑1 (MQ=255) tAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGta < 1:2475819/51‑1 (MQ=255) tAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGta < 1:1434782/51‑1 (MQ=255) aaTTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTa > 1:919336/1‑62 (MQ=255) aTTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGta > 1:1542826/1‑49 (MQ=255) tCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTa < 1:2792427/70‑1 (MQ=255) atatCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTAtgtg > 1:806916/1‑60 (MQ=255) atatCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTAtgtg > 1:2038019/1‑60 (MQ=255) atatCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTAtt < 1:652635/70‑1 (MQ=255) atatCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTc < 1:2827029/71‑1 (MQ=255) ctctTGATGTTATTTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTAtgt > 1:4030484/1‑54 (MQ=255) ctctTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGc < 1:736750/70‑1 (MQ=255) ctctTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCt < 1:507202/71‑1 (MQ=255) ctctTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCt < 1:1719254/71‑1 (MQ=255) ctTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTgg < 1:1646405/67‑1 (MQ=255) ttGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGc < 1:3802541/58‑1 (MQ=255) tGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTc > 1:829199/1‑71 (MQ=255) gATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTc < 1:3333592/70‑1 (MQ=255) aTGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCt < 1:2650919/71‑1 (MQ=255) ttATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGc < 1:712119/40‑1 (MQ=255) aTGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATca < 1:34734/70‑1 (MQ=255) tCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACt < 1:3160547/71‑1 (MQ=255) tCCCAGTAATTAACGAGACTAAGTATAGCACCAGCTATGTGTTCCGCTATTCt > 1:4410017/1‑53 (MQ=255) aGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTTTTCCTATCACACTaa > 1:805707/1‑69 (MQ=255) gTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCt < 1:2946986/43‑1 (MQ=255) aTTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTgg > 1:330027/1‑71 (MQ=255) aTTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTgg < 1:3164643/71‑1 (MQ=255) aTTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTgg > 1:2392631/1‑71 (MQ=255) aTTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTgg > 1:1965976/1‑71 (MQ=255) aTTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTgg > 1:1898641/1‑71 (MQ=255) aTTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTg < 1:723646/70‑1 (MQ=255) ttAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAg < 1:3587158/67‑1 (MQ=255) tAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCt > 1:2806955/1‑43 (MQ=255) tAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTGGt > 1:4269906/1‑70 (MQ=255) aCGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTGGTAAc < 1:2583993/71‑1 (MQ=255) aCGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTGGTAAc < 1:1578683/71‑1 (MQ=255) cGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATc > 1:779545/1‑53 (MQ=255) cGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATa > 1:1173864/1‑62 (MQ=255) cGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTGGTAAc > 1:1648297/1‑70 (MQ=255) cGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTGGTAAc > 1:2432988/1‑70 (MQ=255) cGAGACTAAGTATAGCACCAGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTGGTAACa < 1:944347/71‑1 (MQ=255) cGAGACTAAGTATAGCACCAGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTGGTAACa < 1:4317900/71‑1 (MQ=255) gagaTTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTGGTAAc > 1:3343351/1‑69 (MQ=255) gaTTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTGGTAACAAGc < 1:1384652/71‑1 (MQ=255) | TAACTAATTTAGCGGTACTCATAATTTCATATCCTCTTGATGTTATGTCCCAGTAATTAACGAGATTAAGTATAGCACCGGCTATGTGTTCCGCTATTCTGGCTGTTCCTATCACACTAATAGTGGTAACAAGC > W3110S.gb/849312‑849445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |