| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,056,856 | T→C | 7.2% | Y58Y (TAT→TAC) | torT → | periplasmic sensory protein associated with the TorRS two‑component regulatory system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,056,856 | 0 | T | C | 7.2% | 148.2 / 3.2 | 57 | Y58Y (TAT→TAC) | torT | periplasmic sensory protein associated with the TorRS two‑component regulatory system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/21); new base C (2/2); total (33/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
CCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGG > W3110S.gb/1056786‑1056923 | ccTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCatat > 1:3800199/1‑71 (MQ=255) tACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGt > 1:1908343/1‑71 (MQ=255) tACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGt > 1:1597254/1‑71 (MQ=255) tACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGt > 1:1878303/1‑71 (MQ=255) aCGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGt > 1:826842/1‑70 (MQ=255) aCGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGt > 1:2672041/1‑70 (MQ=255) aCGCCGATTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGt > 1:567179/1‑70 (MQ=255) cgccgcTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTa > 1:527819/1‑71 (MQ=255) cgcTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCg > 1:365178/1‑71 (MQ=255) aGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACt < 1:490865/71‑1 (MQ=255) aGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACt < 1:2732328/71‑1 (MQ=255) cATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCag < 1:758775/71‑1 (MQ=255) aTGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGtt < 1:1679683/48‑1 (MQ=255) aTGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGtt < 1:4106002/48‑1 (MQ=255) tGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATAATGGTTATCGTTGAACt < 1:2012237/58‑1 (MQ=255) gAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGtt > 1:2809799/1‑51 (MQ=255) gAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAAc > 1:3143908/1‑55 (MQ=255) gAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCaggagg > 1:1666864/1‑71 (MQ=255) gAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCag > 1:2838686/1‑67 (MQ=255) aaaCTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGgc > 1:4248507/1‑71 (MQ=255) cTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCg < 1:2478412/45‑1 (MQ=255) tgtgCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGCAGgctgct > 1:3908782/1‑71 (MQ=255) tgtgCGCGCTTTATCCCAGCATGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTg < 1:3864961/47‑1 (MQ=255) gtgCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTc > 1:3531068/1‑71 (MQ=255) tgCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATgg < 1:3315723/53‑1 (MQ=255) tgCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGgctgct < 1:277673/69‑1 (MQ=255) gcgcgcTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTAt > 1:3992706/1‑50 (MQ=255) cgcgcTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTcgcc > 1:3482187/1‑71 (MQ=255) gcgcTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCTTATTGGTTATCGTTGAACt < 1:3309743/46‑1 (MQ=255) gcgcTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTc < 1:3108559/67‑1 (MQ=255) gcTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCa < 1:2702095/54‑1 (MQ=255) gcTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTcgccgc > 1:2881151/1‑70 (MQ=255) tttATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTAc > 1:666980/1‑71 (MQ=255) tATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGtt > 1:3067334/1‑35 (MQ=255) tATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGtt > 1:1089555/1‑35 (MQ=255) tATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGtt > 1:3243576/1‑35 (MQ=255) tATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACgg > 1:1563449/1‑71 (MQ=255) tATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACgg > 1:3012305/1‑71 (MQ=255) tCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACgg < 1:3194515/69‑1 (MQ=255) tCCCAGCCTGAAAGATTCATACTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGgt < 1:926141/70‑1 (MQ=255) tCCCAGCCTGAAAGATTCATACTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGgt < 1:1308639/70‑1 (MQ=255) ccAGCCTGAAAGATTCATACTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCa > 1:2140287/1‑46 (MQ=255) ccAGCCTGAAAGATTCATACTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCa > 1:3817312/1‑46 (MQ=255) aGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGa > 1:532437/1‑71 (MQ=255) ccTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGgt < 1:619775/64‑1 (MQ=255) cTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGgt < 1:624574/63‑1 (MQ=255) aaaGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTAt < 1:2832306/35‑1 (MQ=255) aaaGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATg < 1:3455311/36‑1 (MQ=255) aaaGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTaa < 1:2712014/70‑1 (MQ=255) aaaGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTaa < 1:3797721/70‑1 (MQ=255) aaaGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTaa > 1:885737/1‑70 (MQ=255) aaGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCaggagg > 1:1998191/1‑42 (MQ=255) gATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTaa < 1:3098013/67‑1 (MQ=255) aTTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCagga > 1:2999999/1‑37 (MQ=255) aTTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCagga > 1:3494815/1‑37 (MQ=255) aTTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCagga > 1:2232336/1‑37 (MQ=255) ttCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGc < 1:1399136/71‑1 (MQ=255) tCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTaa > 1:3153997/1‑64 (MQ=255) atatTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTgg < 1:928399/71‑1 (MQ=255) atatTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTg < 1:3721140/70‑1 (MQ=255) atatTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTg < 1:1600737/70‑1 (MQ=255) | CCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGG > W3110S.gb/1056786‑1056923 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |