| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,326,372 | T→C | 8.5% | L187L (CTT→CTC) | yciO → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,326,372 | 0 | T | C | 8.5% | 152.6 / 5.7 | 59 | L187L (CTT→CTC) | yciO | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/26); new base C (2/3); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
AAAAACAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCTTATAACAAATTGC > W3110S.gb/1326305‑1326440 | aaaaaCAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTAcc < 1:2018746/71‑1 (MQ=255)aaaaaCAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGATATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTAcc < 1:779749/71‑1 (MQ=255) aaaaCAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTAcc > 1:2128220/1‑70 (MQ=255) aaaaCAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCg < 1:3065664/71‑1 (MQ=255) aaaaCAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCg < 1:3374297/71‑1 (MQ=255) aaaaCAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCg < 1:3720123/71‑1 (MQ=255) aaCAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCgat < 1:2020029/71‑1 (MQ=255) aaCAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCgat < 1:3694715/71‑1 (MQ=255) aCAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCgat > 1:3393133/1‑70 (MQ=255) cAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCgatga < 1:3541087/71‑1 (MQ=255) gATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGcc > 1:3205344/1‑71 (MQ=255) aTTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGcc < 1:605027/70‑1 (MQ=255) tttGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTa < 1:4114224/56‑1 (MQ=255) tttGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGCCgg > 1:695915/1‑71 (MQ=255) tttGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGCCgg > 1:1406834/1‑71 (MQ=255) tttGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGCCg > 1:3710994/1‑70 (MQ=255) attattCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGCCGGTCgt < 1:3189288/71‑1 (MQ=255) ttattCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCgatga < 1:2872410/58‑1 (MQ=255) 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cAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTc < 1:2150797/71‑1 (MQ=255) cAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTc < 1:1476534/71‑1 (MQ=255) aaCGGTTATTGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGAtgt < 1:646555/60‑1 (MQ=255) gTTATTGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGa < 1:956686/58‑1 (MQ=255) aTTGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCTTATAAc > 1:2716603/1‑70 (MQ=255) ttGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCt < 1:3219306/63‑1 (MQ=255) ttGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCTTATAACaa < 1:1073400/71‑1 (MQ=255) ttGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCTTATAACa < 1:971093/70‑1 (MQ=255) ttGATCTCACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGAtgtg < 1:156497/53‑1 (MQ=255) cTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCTTATAACAAATTGc > 1:2517068/1‑71 (MQ=255) ttACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAgg < 1:3048869/40‑1 (MQ=255) ttACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCTTATAACaaa > 1:3187120/1‑66 (MQ=255) ttACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCTTATAACaa < 1:2102557/65‑1 (MQ=255) ttACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCTTATAACAAAt < 1:1840511/67‑1 (MQ=255) | AAAAACAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCTTATAACAAATTGC > W3110S.gb/1326305‑1326440 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |