| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,770,916 | G→A | 8.1% | T43T (ACG→ACA) | ydiK → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,770,916 | 0 | G | A | 8.1% | 144.0 / 2.7 | 49 | T43T (ACG→ACA) | ydiK | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/21); new base A (2/2); total (26/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
GCCATCATGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGTTTGGCCGCCGCTCTCTCGC > W3110S.gb/1770848‑1770984 | gCCATCATGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACggt < 1:617152/71‑1 (MQ=255)gCCATCATGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACgg < 1:688763/70‑1 (MQ=255)gCCATCATGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACgg < 1:2318919/70‑1 (MQ=255) atcatGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACggtggt < 1:3072207/71‑1 (MQ=255) tcatGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGtt < 1:3347816/71‑1 (MQ=255) catGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTa > 1:900150/1‑71 (MQ=255) catGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTa > 1:743279/1‑71 (MQ=255) atGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTa < 1:327188/70‑1 (MQ=255) tgtgGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGACGGTACGGTGGTTATCGCCa > 1:4317346/1‑71 (MQ=255) tgGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCAcc < 1:2619568/71‑1 (MQ=255) gTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTAt > 1:1184771/1‑58 (MQ=255) gTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCg > 1:833224/1‑71 (MQ=255) tCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGTGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCgg < 1:3692661/71‑1 (MQ=255) tCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCgg < 1:3626969/71‑1 (MQ=255) cTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCt > 1:3488582/1‑64 (MQ=255) cTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCgg > 1:3749050/1‑70 (MQ=255) tgGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTAtt > 1:1282260/1‑71 (MQ=255) gATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGTTATTGt < 1:579646/71‑1 (MQ=255) aTTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACggtg > 1:846635/1‑45 (MQ=255) aTTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGtt < 1:2918816/71‑1 (MQ=255) tGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTAc > 1:1717059/1‑71 (MQ=255) ttCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTgg < 1:1435353/56‑1 (MQ=255) ttCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTgg < 1:1468120/56‑1 (MQ=255) tCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGtt > 1:2160671/1‑71 (MQ=255) cAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGttt > 1:478229/1‑71 (MQ=255) cAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGttt > 1:2792486/1‑71 (MQ=255) cccTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACAGTGGTTATCGCCAc > 1:8331/1‑47 (MQ=255) cccTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACAGTGGTTATCGCCAc > 1:3087401/1‑47 (MQ=255) tttATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCaa < 1:135335/69‑1 (MQ=255) ttATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGcc < 1:846200/41‑1 (MQ=255) ttATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTa > 1:1315840/1‑53 (MQ=255) tATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCaaaa < 1:417676/69‑1 (MQ=255) aTTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGt > 1:959019/1‑60 (MQ=255) aTTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTCGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCaa > 1:4153246/1‑66 (MQ=255) ttCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGAt < 1:3819886/70‑1 (MQ=255) ttCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATc < 1:1892853/71‑1 (MQ=255) tcGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTTGTTATCGCCa > 1:2660585/1‑36 (MQ=255) ggCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATg < 1:2308809/69‑1 (MQ=255) ggCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGtt < 1:3292659/71‑1 (MQ=255) ggCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGt < 1:179680/70‑1 (MQ=255) ggCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGt < 1:184781/70‑1 (MQ=255) ggCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGt < 1:2381978/70‑1 (MQ=255) cTTTGCATTGGCCGGTACAGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGt < 1:285716/68‑1 (MQ=255) cTTTGCATGGTCCGGTACAGTGGTTATCGCCAACTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGt < 1:1716945/68‑1 (MQ=255) gCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTa < 1:3196164/39‑1 (MQ=255) ggTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGTTTGGCCGCCGctctct < 1:805326/71‑1 (MQ=255) ggTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGTTTGGCCGCCGctctct > 1:1758105/1‑71 (MQ=255) ggTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGTTTGGCCGCCGctctct > 1:3153828/1‑71 (MQ=255) tACGGTGGTTATCGTCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCa > 1:2112796/1‑50 (MQ=255) tACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCa > 1:714859/1‑50 (MQ=255) tACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCa > 1:2437810/1‑50 (MQ=255) tACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCa > 1:2752253/1‑50 (MQ=255) aCGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGTTTGGCCGCCGCTCTCTCGc > 1:634397/1‑71 (MQ=255) aCGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGTTTGGCCGCCGCTCTCTCGc > 1:2832126/1‑71 (MQ=255) | GCCATCATGATTGTGGCATGTCTGTGGATTGTTCAACCCTTTATTCTCGGCTTTGCATGGGCCGGTACGGTGGTTATCGCCACCTGGCCGGTATTGTTACGTTTGCAAAAGATCATGTTTGGCCGCCGCTCTCTCGC > W3110S.gb/1770848‑1770984 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |