| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,058,034 | C→T | 25.3% | G279G (GGC→GGT) | amn → | AMP nucleosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,058,034 | 0 | C | T | 25.3% | 134.9 / 46.0 | 71 | G279G (GGC→GGT) | amn | AMP nucleosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/27); new base T (12/6); total (38/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
AAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTTGATGA > W3110S.gb/2057964‑2058104 | aaaaaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGc < 1:1443783/71‑1 (MQ=255) aaaaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACAGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGATTATTGGCg > 1:3318928/1‑71 (MQ=255) aaaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGt < 1:3063030/71‑1 (MQ=255) aaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGGCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGtgtg > 1:1479677/1‑71 (MQ=255) aaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGtgtg > 1:483108/1‑71 (MQ=255) aaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTg > 1:2318592/1‑71 (MQ=255) aaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTg > 1:2457610/1‑71 (MQ=255) aTCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGa < 1:4083266/71‑1 (MQ=255) tGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCa < 1:3015253/71‑1 (MQ=255) tGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCa < 1:966811/71‑1 (MQ=255) tGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCa < 1:2438761/71‑1 (MQ=255) gCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCa > 1:1116789/1‑70 (MQ=255) ccAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCaa < 1:1185249/70‑1 (MQ=255) cATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGc > 1:4261054/1‑70 (MQ=255) aTGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATg > 1:134861/1‑68 (MQ=255) aTGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTa < 1:3909651/71‑1 (MQ=255) aTGGCAATTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATg > 1:1469/1‑68 (MQ=255) aTTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAAcc < 1:3348787/71‑1 (MQ=255) 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1:816491/1‑70 (MQ=255) ggTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTgg > 1:4477531/1‑70 (MQ=255) aGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGa > 1:3804945/1‑58 (MQ=255) aGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAg > 1:2952967/1‑69 (MQ=255) aGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTg > 1:3552910/1‑71 (MQ=255) aGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTg > 1:1547278/1‑71 (MQ=255) gTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCa < 1:4461521/35‑1 (MQ=255) aTTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCt < 1:768599/68‑1 (MQ=255) aTTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTAc > 1:1783065/1‑70 (MQ=255) ttACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCt < 1:3825521/67‑1 (MQ=255) aCTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCa > 1:469781/1‑60 (MQ=255) aCTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCa > 1:4592455/1‑60 (MQ=255) aCTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGccc > 1:2291553/1‑71 (MQ=255) aCTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGccc > 1:1073464/1‑71 (MQ=255) tGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATc < 1:3442248/41‑1 (MQ=255) tGGTGAATATTGGCGTGCGACCGTCAAATGCTAAAAcc < 1:2274093/38‑1 (MQ=255) gTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTa < 1:2864481/60‑1 (MQ=255) gTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGAt < 1:2620619/69‑1 (MQ=255) tGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGt < 1:645639/70‑1 (MQ=255) gAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGatcatc > 1:4606207/1‑47 (MQ=255) gAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGat > 1:3389217/1‑43 (MQ=255) gAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCt > 1:2188762/1‑71 (MQ=255) aaTATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCt > 1:580537/1‑70 (MQ=255) 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cGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGTCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTtgatga < 1:1781907/71‑1 (MQ=255) | AAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTTGATGA > W3110S.gb/2057964‑2058104 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |