| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,195,173 | A→G | 30.2% | *118* (TAA→TGA) | rplR → | 50S ribosomal subunit protein L18 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,195,173 | 0 | A | G | 30.2% | 85.7 / 53.6 | 63 | *118* (TAA→TGA) | rplR | 50S ribosomal subunit protein L18 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/20); new base G (11/8); total (35/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGTTCCAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGATCGCGGT > W3110S.gb/4195106‑4195241 | gggTTCCAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAgg < 1:457486/71‑1 (MQ=255)gggTTCCAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAgg < 1:2746066/71‑1 (MQ=255) ggTTCCAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAgg > 1:2924197/1‑70 (MQ=255) ccAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTagag > 1:1399586/1‑71 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAg > 1:4477709/1‑59 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAg < 1:1565945/59‑1 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGgtgt > 1:3818414/1‑69 (MQ=255) aTGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTagag > 1:4142621/1‑63 (MQ=255) aTGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:538772/69‑1 (MQ=255) gtgtCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTaa < 1:2108844/63‑1 (MQ=255) gtgtCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCt < 1:1989049/70‑1 (MQ=255) tgtCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATgg < 1:359425/67‑1 (MQ=255) tCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTcac > 1:2164498/1‑70 (MQ=255) tCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:4391934/60‑1 (MQ=255) cAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGa > 1:492164/1‑60 (MQ=255) cAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAg > 1:1696043/1‑46 (MQ=255) cAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTa < 1:2174435/57‑1 (MQ=255) gCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGaa < 1:2441333/71‑1 (MQ=255) gCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGa > 1:3838596/1‑70 (MQ=255) gCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:3500785/49‑1 (MQ=255) gCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGa > 1:1768512/1‑51 (MQ=255) gCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACaa < 1:3874800/71‑1 (MQ=255) aGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGc > 1:1597745/1‑71 (MQ=255) aTGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTaa < 1:73682/45‑1 (MQ=255) aTGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTag < 1:2322309/37‑1 (MQ=255) aTGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTag < 1:1158159/37‑1 (MQ=255) aTGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:3791253/45‑1 (MQ=255) tgctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTaga > 1:3402282/1‑37 (MQ=255) tgctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTaga > 1:1567789/1‑37 (MQ=255) tgctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTaga > 1:2126697/1‑37 (MQ=255) tgctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTg > 1:2325310/1‑70 (MQ=255) gctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGa > 1:3758372/1‑45 (MQ=255) gctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGc > 1:3372301/1‑71 (MQ=255) gctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACa > 1:4195720/1‑64 (MQ=255) gctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTgg > 1:3814300/1‑70 (MQ=255) gctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGc > 1:4253262/1‑71 (MQ=255) ctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCg < 1:4401691/71‑1 (MQ=255) ctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCg < 1:216416/71‑1 (MQ=255) gcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCt > 1:320734/1‑65 (MQ=255) gcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGa > 1:1022619/1‑70 (MQ=255) cccGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGa < 1:4077750/69‑1 (MQ=255) tGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAg < 1:896197/58‑1 (MQ=255) aaGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAg > 1:804632/1‑70 (MQ=255) tGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGaa > 1:721546/1‑69 (MQ=255) ggCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAg > 1:59818/1‑71 (MQ=255) gCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGc > 1:3375527/1‑71 (MQ=255) ccTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAAc < 1:3517217/46‑1 (MQ=255) cTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTg < 1:1071196/71‑1 (MQ=255) cTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCt > 1:4392831/1‑70 (MQ=255) ttCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACaa > 1:3102760/1‑46 (MQ=255) ttCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTg > 1:1094355/1‑70 (MQ=255) tCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGa < 1:3502926/38‑1 (MQ=255) cAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGAt < 1:848966/70‑1 (MQ=255) cAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGaaa > 1:340503/1‑39 (MQ=255) cAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGaaa > 1:86675/1‑39 (MQ=255) cAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGaaa > 1:367036/1‑39 (MQ=255) cAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGAt < 1:3321543/70‑1 (MQ=255) cAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGAt < 1:618239/70‑1 (MQ=255) aGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGATcg < 1:1641087/71‑1 (MQ=255) aGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGaaa > 1:2579337/1‑38 (MQ=255) aGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGATcg < 1:1170445/71‑1 (MQ=255) cTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGATCGCgg > 1:4192343/1‑70 (MQ=255) tAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGATCGCGGt > 1:2809183/1‑70 (MQ=255) aaGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAAc < 1:4226429/35‑1 (MQ=255) | GGGTTCCAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAAAGCTGATCGCGGT > W3110S.gb/4195106‑4195241 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |