Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 567,798 C→T A87A (GCC→GCT)  emrE → multidrug resistance protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb567,7980CT99.8% 1070.5 / NA 559A87A (GCC→GCT) emrEmultidrug resistance protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base T (558/0);  minor base A (1/0);  total (559/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 559 total aligned reads displayed.

TGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGC  >  W3110S.gb/567746‑567807
                                                    |         
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:198942/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:323770/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:320837/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:228869/1‑61 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:160450/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:151730/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:241490/1‑61 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:95009/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:109331/1‑61 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:293980/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:31619/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:313397/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:278286/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:305737/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:276478/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:71882/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:6673/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:65313/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:56528/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:34742/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:34509/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:342680/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:337790/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:187090/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:155826/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:148345/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:146081/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:143380/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:268495/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:137793/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:134337/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:132/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:12767/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:125226/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:121631/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:117604/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:115916/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:113546/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:103211/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:208884/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:192164/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTATGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:183541/1‑62 (MQ=255)
tGAATAGTTTGCTTTCCTGGGGATATTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:189206/1‑61 (MQ=255)
                                                    |         
TGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGC  >  W3110S.gb/567746‑567807

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑