Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	966,241	2 bp→AG	coding (1500‑1501/2265 nt)	ycaI →	conserved inner membrane protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	966,241	0	G	A	100.0%	99.7 / NA	51	Q500Q (CAG→CAA)	ycaI	conserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/51);  total (0/51)
*	W3110S.gb	966,242	0	C	G	100.0%	100.1 / NA	51	L501V (CTG→GTG)	ycaI	conserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base G (0/51);  total (0/51)

AAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATGG  >  W3110S.gb/966217‑966278                         ||                                     aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTGGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:15019/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGGAATgg  <  1:2541/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:48739/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:30754/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:11575/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:34288/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:34511/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:38284/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:39047/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:39164/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:4434/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:4450/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:46068/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:31401/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:48929/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:49101/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:51152/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:52379/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:53959/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:5450/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:5601/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:5974/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:8088/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:9898/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:28681/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:12839/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:13145/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:13864/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:16621/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:20391/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:20824/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:2134/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:21370/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:22616/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:22746/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:22890/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:23865/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:23933/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:24752/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:24906/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:25600/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:28340/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:29538/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGCCTGGCAATgg  <  1:43515/62‑1 (MQ=255) aaaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGACAAGGGCTGGCAATgg  <  1:31555/62‑1 (MQ=255)  aaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:4504/61‑1 (MQ=255)  aaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:46196/61‑1 (MQ=255)  aaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:43092/61‑1 (MQ=255)  aaaCCTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:35241/61‑1 (MQ=255)      cTCGACCTGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGTGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:25441/57‑1 (MQ=255)             tGACGAGTGGCAAGTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATgg  <  1:16693/50‑1 (MQ=255)                         ||                                     AAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATGG  >  W3110S.gb/966217‑966278

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑