| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 3 (0.080) | 47 (1.220) | 28/100 | NT | 94.0% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
TTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748868‑3748799‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > W3110S.gb/4056222‑4056290 TTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGG > 1:3507517/1‑71 TCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTA < 1:3431512/70‑1 GGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGAC > 1:1856803/1‑71 GGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:3144077/68‑1 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGA > 1:2824584/1‑61 ATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTAT > 1:2088415/1‑71 ATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTAT > 1:3269315/1‑71 ATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA < 1:655552/70‑1 TCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT < 1:197233/71‑1 TCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT < 1:2556421/71‑1 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA < 1:1701839/71‑1 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA < 1:688978/71‑1 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA < 1:880026/71‑1 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA < 1:2081261/71‑1 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCAATCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACT > 1:1745631/1‑59 TTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGT < 1:1531055/51‑1 TATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGA > 1:958105/1‑55 ATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:3359129/1‑71 ATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:1961561/1‑71 ATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:2346069/1‑71 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT < 1:1302851/71‑1 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT < 1:362127/71‑1 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT < 1:2967948/71‑1 ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGG > 1:587079/1‑44 CCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA < 1:287762/71‑1 CCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTT < 1:112522/70‑1 CCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTT < 1:2226020/70‑1 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:2304332/1‑71 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGT < 1:2259194/70‑1 TTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT > 1:1704736/1‑39 TTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT > 1:3599751/1‑39 TTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT > 1:1966502/1‑39 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:1500287/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:426331/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:3584639/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:799042/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:113165/70‑1 TTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:2885009/40‑1 TCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCC > 1:1020986/1‑71 CATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGC > 1:3267277/1‑68 CATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGC > 1:1386880/1‑68 CCGGTTTATTGTTATTATGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:3116832/1‑54 CCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGA > 1:2920220/1‑71 CCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:3340030/1‑54 CGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGA < 1:1195391/70‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT > 1:1046545/1‑70 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGA > 1:216442/1‑50 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAG < 1:2234903/49‑1 TGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA > 1:2051224/1‑41 TATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > 1:882730/1‑69 TATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:2838428/36‑1 TTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC > 1:1028322/1‑71 GGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC < 1:3435766/70‑1 TTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748868‑3748799‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > W3110S.gb/4056222‑4056290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |